Table 6

Detailed overview of the supervised analysis using CGH test.

cytoband

region start (bp)

region end (bp)

p-value

fdr

cytoband

region start (bp)

region end (bp)

p-value

fdr


1p36.33

672780

1359795

0.04

0.15

11p14.2-p14.1

27033269

27371257

0.05

0.15

1p36.32-p36.31

3386389

6294064

0.03

0.12

11q13.3

68509550

69323966

0.04

0.14

1p36.21-p36.13

12798944

15683816

0.03

0.12

11q13.3-q13.4

69314721

70472869

0.04

0.14

1p31.2

67178936

69303906

0.04

0.14

11q22.1-q22.2

98930611

101405228

0.03

0.12

1p31.1

69815162

76679895

0.01

0.06

11q22.2-q22.3

102010610

102424014

0.03

0.12

1p31.1

77428804

77820126

<0.01

0.04

12q21.2

76570565

78724263

0.04

0.14

1p21.2-p21.1

101684496

104502748

0.03

0.12

13q21.31-q21.33

61335626

69275204

0.04

0.14

1q31.1-q31.2

184717073

188976520

0.01

0.09

14q21.1

39694531

42171623

0.02

0.10

1q31.2-q31.3

189822405

193082884

0.02

0.10

14q21.2

42965408

44043547

0.01

0.09

1q31.3

193336091

194242465

0.01

0.08

14q21.2-q21.3

45258184

48298851

0.03

0.12

1q31.3

195068870

195629725

0.03

0.12

15q14

33841939

35953471

0.04

0.14

3p26.3

46140

2377366

<0.01

0.03

15q22.2

57373165

61214280

0.02

0.09

3p24.3

17181327

18148477

<0.01

0.03

15q23

65816865

68768615

0.02

0.09

3p24.3

19033520

21742232

<0.01

0.03

15q23-q24.2

69188639

73645336

0.05

0.15

3p24.3-p24.1

22747912

27531283

0.02

0.10

15q24.2-q25.2

74334873

81024206

0.03

0.12

3p21.31

46545403

47371983

0.05

0.15

16p13.2-p13.12

8777494

12522798

0.05

0.15

3p21.31

47384745

50114898

0.04

0.14

16p11.2

28675396

31163676

<0.01

0.04

3p21.31-p21.2

50533656

51418837

0.01

0.09

16q24.1

82993991

83622386

0.05

0.15

3p21.31-p21.2

51390596

52007218

0.02

0.09

16q24.1

84123856

84922042

0.02

0.09

3p21.1

52658450

53621497

0.01

0.09

16q24.2-q24.3

86986672

87452904

0.03

0.12

3p12.3

76450939

79097142

0.02

0.09

16q24.3

87848795

88465228

0.02

0.09

3p12.3-p12.2

79197544

82066233

<0.01

0.04

16q24.3

88398231

88613383

0.01

0.07

3p12.2-p12.1

82657794

84801874

<0.01

0.03

17p13.3

427024

1071560

<0.01

0.03

3p12.1-p11.2

85234579

87730259

<0.01

0.03

17p13.3-p13.2

2026966

4169913

0.04

0.14

3p11.1

88915283

89771786

<0.01

0.04

17p13.2

4810523

5166678

0.01

0.09

3q11.2

95569618

96250439

0.01

0.05

17p13.1

6780962

7477414

<0.01

0.03

3q25.1-q25.33

151508469

161536133

0.03

0.12

17p13.1

7436435

7682367

<0.01

0.03

3q25.33-q26.1

162044657

164516640

0.03

0.12

17p11.2

17343389

19251691

0.04

0.14

3q26.1

165289729

167697600

0.05

0.15

17q11.2

23133763

28423820

0.02

0.09

3q26.31-q26.32

174848631

180449332

0.05

0.15

17q11.2-q12

28664889

29147086

0.02

0.09

4p15.32-p14

17799729

36260048

0.02

0.11

17q25.1

69709369

71238958

0.01

0.09

4p14

36998587

37497326

0.01

0.09

17q25.1-q25.3

71406319

77588058

0.03

0.12

4p14

37851044

38103870

0.02

0.11

18q11.2

21431314

21774952

0.01

0.05

4p14-p12

38087293

46781512

0.01

0.09

18q11.2

22104619

22931012

<0.01

0.04

4q12

58332155

59148507

0.04

0.14

18q12.1

23970882

24526449

0.02

0.10

4q12-q13.1

59679465

62653308

0.02

0.10

18q12.1

25034674

26878315

0.01

0.08

4q13.3

74322497

76429795

0.03

0.12

18q12.1

27447009

28415095

0.01

0.09

4q13.3-q21.21

76495364

79353372

0.02

0.09

18q12.1

29409483

30219417

0.01

0.09

4q21.21

79222718

80683287

0.03

0.12

18q12.1-q12.2

30773824

31588529

0.01

0.06

4q33-q34.3

172094999

178721484

0.02

0.10

18q22.1

60340433

61310295

0.03

0.12

4q34.3

178969859

179599683

0.01

0.09

18q22.1

61623805

62645202

0.03

0.12

4q34.3

180819690

183096645

0.02

0.10

18q22.1-q22.3

63092764

68041625

0.03

0.12

4q35.1

184503994

186178296

0.03

0.12

19p13.3

134914

913289

0.01

0.08

5q11.2

50971745

52055659

0.04

0.14

19p13.3

902641

5009969

<0.01

0.04

5q11.2

52909242

56437163

0.03

0.12

19p13.3

5663923

6519297

<0.01

0.01

5q11.2-q12.1

56921490

58947885

0.02

0.09

19p13.3-p13.2

6523443

9826740

<0.01

<0.01

5q14.3

82802677

86118543

0.05

0.15

19p13.2-p13.12

10248852

15116365

<0.01

0.03

5q23.2

122463056

123527915

0.05

0.15

19p13.12-p13.11

15415833

17777501

<0.01

0.01

7p22.1-p21.3

6983150

7932634

<0.01

0.02

19p13.11

18202507

19023254

<0.01

0.03

7p21.3-p21.2

9256088

14085902

<0.01

<0.01

19p12

19877150

21504328

0.01

0.05

7p21.2-p21.1

14342152

19957111

<0.01

0.01

19p12

22133662

22949959

0.01

0.05

7q22.1

98651132

100929260

<0.01

0.03

19q12

33315121

33507712

0.02

0.10

8q24.21

130562467

131126185

0.05

0.15

19q12

34159370

34664148

0.02

0.11

8q24.22

131641447

133561490

0.01

0.09

19q12

34960906

35766560

0.02

0.11

8q24.22

134537164

136154996

0.02

0.11

19q12-q13.11

36958851

37518517

0.05

0.15

8q24.22-q24.23

136472354

138543270

0.04

0.14

19q13.12-q13.13

40883472

43004503

0.03

0.13

8q24.3

141395868

142790557

0.01

0.05

19q13.2-q13.32

46498596

50725496

0.03

0.12

8q24.3

144790054

145357620

0.01

0.09

19q13.32-q13.33

52665374

54718281

0.03

0.12

8q24.3

145585590

145953950

0.02

0.11

19q13.33-q13.43

55461670

63771717

<0.01

0.01

8q24.3

145893230

146238749

0.04

0.14

21q11.2-q21.1

13857799

18774434

<0.01

0.03

9p24.1-p23

8398601

9689968

0.04

0.14

21q21.1

20982315

21411332

<0.01

0.03

9p23

9684353

10554235

0.04

0.14

21q21.1-q21.2

22151920

22943367

<0.01

0.03

10q22.1

70824040

71674097

0.03

0.12

21q21.2

23491399

25568510

<0.01

0.01

10q22.1

72033907

73573433

0.02

0.09

21q21.3

26174732

26923374

0.02

0.09

10q26.3

135110821

135301208

0.03

0.12

21q21.3-q22.11

28596969

30855176

0.03

0.12

11p15.5

178227

626401

0.01

0.05

22q13.33

48473404

49397088

0.04

0.15

11p15.5

1299306

1785278

<0.01

0.03


In total, 133 regions were significantly different (p < 0.05 and fdr≤0.15) between UK and native SA tumors. The chromosomal regions, including the start and end positions, and the fdr rates are listed.

Buffart et al. BMC Medical Genomics 2011 4:7   doi:10.1186/1755-8794-4-7

Open Data