Table 4

Overall performance of patch prediction and protein-protein docking methods

statistics

ProMate

PPI-PRED 1st patch

PPI-PRED best patch

PatchDock 1st model

PatchDock best model of 10

ClusPro (DOT) 1st model

ClusPro (DOT) best model of 10

CEP

DiscoTope (-7.7)


sensitivity

0.091

0.153

0.331

0.300

0.425

0.258

0.453

0.310

0.416

1-specificity

0.083

0.161

0.135

0.135

0.114

0.079

0.067

0.223

0.214

PPV

0.101

0.083

0.188

0.175

0.262

0.235

0.390

0.110

0.155

accuracy

0.841

0.780

0.819

0.816

0.846

0.863

0.892

0.739

0.754

AUC

0.504

0.496

0.598

0.583

0.656

0.589

0.693

0.544

0.601


P-value

0.27

1.0

7.8E-30

9.0E-23

<1.0E-50

7.9E-34

<1.0E-50

4.3E-06

4.1E-25


Statistics averaged over epitopes

sensitivity

0.09 ± 0.17

0.15 ± 0.24

0.34 ± 0.32

0.27 ± 0.24

0.42 ± 0.29

0.25 ± 0.31

0.46 ± 0.28

0.34 ± 0.28

0.43 ± 0.31

1-specificity

0.08 ± 0.03

0.16 ± 0.07

0.14 ± 0.07

0.15 ± 0.06

0.13 ± 0.07

0.10 ± 0.07

0.08 ± 0.05

0.28 ± 0.20

0.22 ± 0.15

PPV

0.11 ± 0.20

0.10 ± 0.17

0.21 ± 0.24

0.18 ± 0.19

0.30 ± 0.25

0.25 ± 0.33

0.41 ± 0.29

0.11 ± 0.08

0.18 ± 0.12

accuracy

0.83 ± 0.05

0.77 ± 0.07

0.81 ± 0.08

0.80 ± 0.08

0.83 ± 0.09

0.84 ± 0.09

0.88 ± 0.07

0.69 ± 0.17

0.74 ± 0.12

AUC

0.51 ± 0.09

0.50 ± 0.13

0.60 ± 0.17

0.56 ± 0.11

0.64 ± 0.17

0.58 ± 0.17

0.69 ± 0.15

0.53 ± 0.08

0.60 ± 0.13


Ponomarenko and Bourne BMC Structural Biology 2007 7:64   doi:10.1186/1472-6807-7-64

Open Data