Table 3

AUC values for representative epitopes

antigen

epitope

PIER

ConSurf

ConSurf (confidence score)

ProMate (score)

ProMate (patch)

PPI-PRED (1st patch)

PPI-PRED (best patch)

PatchDock 1st model

PatchDock best model of 10

ClusPro (DOT) 1st model

ClusPro (DOT) best model of 10

CEP

DiscoTope (score)

DiscoTope (-7.7)

Is in training set?&


2ADF:A

2adf_A_HL

0.01

0.62

0.62

0.88

NA

0.88

0.88

0.45

0.66

0.81

0.81

0.57

0.53

0.51

-

2ADF:A

1fe8_B_IM

0.16

0.67

0.67

0.65

NA

0.62

0.62

0.45

0.67

0.79

0.79

0.60

0.81

0.56

*

1AFV:A

1afv_A_HL

0.78

0.48

0.41

0.60

0.49

0.62

0.62

0.65

0.65

0.43

0.43

0.63

0.53

0.52

-

1BGX:T

1bgx_T_HL

0.39

0.48

0.50

0.56

NA

0.42

0.58

0.89

0.89

NA

NA

0.52

0.74

0.62

-

1E6J:P

1e6j_P_HL

0.51

0.43

0.39

0.41

NA

0.46

0.96

0.43

0.67

0.47

0.67

0.55

0.23

0.30

-

1EGJ:A

1egj_A_HL

0.09

NA

NA

0.84

0.59

0.77

0.77

0.50

0.50

0.85

0.85

0.61

0.88

0.67

*

1FSK:A

1fsk_A_CB

0.85

0.31

0.33

0.54

0.44

0.62

0.62

0.72

0.72

0.44

0.70

0.50

0.82

0.71

*

1H0D:C

1h0d_C_BA

0.25

0.51

0.51

0.97

0.82

0.43

0.80

0.38

0.73

0.76

0.76

0.55

0.50

0.49

*

1I9R:A

1i9r_A_HL

0.47

0.72

0.74

0.43

0.45

0.45

0.45

0.51

0.86

0.51

0.66

0.48

0.71

0.55

-

1IQD:C

1iqd_C_BA

0.10

0.80

0.81

0.74

0.56

0.44

0.44

0.55

0.96

0.64

0.64

0.45

0.78

0.71

*

1JRH:I

1jrh_I_HL

0.57

0.62

NA

0.49

0.49

0.79

0.79

0.67

0.67

0.72

0.72

0.53

0.62

0.67

-

1LK3:A

1lk3_A_HL

0.71

0.72

0.76

0.38

0.45

0.40

0.40

0.49

0.81

0.57

0.76

0.52

0.81

0.72

*

1MHP:B

1mhp_B_XY

0.15

0.44

0.42

0.88

NA

0.42

0.68

0.85

0.85

0.83

0.83

0.52

0.81

0.69

-

1NL0:G

1nl0_G_HL

0.23

NA

NA

0.16

0.45

0.42

0.42

0.58

0.58

0.46

0.95

0.78

0.61

0.69

-

1NSN:S

1nsn_S_HL

0.76

0.75

0.78

0.26

0.45

0.40

0.64

0.71

0.71

0.44

0.59

0.41

0.58

0.53

-

1OAZ:A

1oaz_A_HL

0.17

0.33

0.25

0.85

0.65

0.70

0.70

0.77

0.77

0.90

0.90

0.64

0.61

0.55

*

1ORQ:C

1orq_C_BA

0.65

0.60

0.61

0.55

0.44

0.33

0.64

0.42

0.70

0.63

0.63

0.60

0.48

0.44

-

1ORS:C

1ors_C_BA

0.59

NA

NA

0.96

0.77

0.39

0.78

0.51

0.72

0.65

0.65

0.66

0.50

0.42

*

1PKQ:E

1pkq_E_BA

0.48

0.69

0.70

0.76

0.65

0.60

0.60

0.59

0.79

0.46

0.60

0.56

0.71

0.63

-

1RJL:C

1rjl_C_BA

0.64

0.51

0.48

0.33

0.48

0.37

0.37

0.55

0.76

0.39

0.39

0.53

0.73

0.62

-

1SY6:A

1sy6_A_HL

0.83

0.45

NA

0.54

0.49

0.43

0.43

0.43

0.43

0.45

0.68

0.58

0.82

0.80

-

1TZI:V

1tzi_V_BA

0.20

0.49

0.55

0.56

0.45

0.37

0.84

0.36

0.36

0.64

0.78

0.60

0.52

0.54

-

1WEJ:F

1wej_F_HL

0.67

0.82

0.83

0.33

0.44

0.45

0.45

0.50

0.81

0.68

0.68

0.39

0.47

0.45

-

1YJD:C

1yjd_C_HL

0.44

0.53

0.54

0.80

0.53

0.73

0.73

0.73

0.73

0.44

0.74

0.52

0.58

0.54

-

1YNT:F

1ynt_F_BA

0.31

NA

NA

0.69

NA

0.44

0.87

0.44

0.44

0.87

0.87

0.51

0.49

0.46

-

1YY9:A

1yy9_A_DC

0.46

0.74

0.75

0.20

0.45

0.46

0.46

0.47

0.47

NA

NA

0.48

0.68

0.55

-

1ZA3:R

1za3_R_HL

0.29

0.72

0.77

0.61

0.53

0.69

0.69

0.80

0.80

0.45

0.99

0.65

0.69

0.54

-

1ZTX:E

1ztx_E_HL

0.73

0.63

0.63

0.37

0.48

0.43

0.43

0.59

0.66

0.39

0.72

0.54

0.47

0.54

-

2JEL:P

2jel_P_HL

0.58

0.70

0.70

0.59

NA

0.41

0.41

0.36

0.63

0.40

0.65

0.44

0.66

0.51

-

1A14:N

1a14_N_HL

0.69

0.75

0.76

0.38

0.45

0.46

0.64

0.56

0.72

0.47

0.47

0.47

0.87

0.81

*

1A14:N

1nca_N_HL

0.56

0.67

0.69

0.30

0.45

0.46

0.73

0.46

1.00

0.47

0.93

0.47

0.84

0.74

*

1RJC:B

1bvk_C_BA

0.61

0.62

0.61

0.66

0.44

0.47

0.69

0.44

0.44

0.44

0.85

0.46

0.66

0.57

*

1RJC:B

1jhl_A_HL

0.45

0.73

0.73

0.51

0.44

0.55

0.55

0.42

0.84

0.44

0.68

0.39

0.79

0.55

*

1RJC:B

1ndg_C_BA

0.46

0.66

0.65

0.66

0.61

0.62

0.62

0.74

0.74

0.40

0.60

0.57

0.74

0.60

*

1RJC:B

1p2c_C_BA

0.70

0.55

0.57

0.48

0.51

0.49

0.49

0.57

0.61

0.54

0.80

0.65

0.74

0.69

*

1JPS:T

1jps_T_HL

0.49

0.63

0.72

0.77

0.50

0.49

0.49

0.46

0.72

0.92

0.92

0.54

0.62

0.59

*

1AR1:B

1ar1_B_CD

0.87

0.62

0.64

0.15

0.46

0.48

0.48

0.49

0.49

0.47

0.47

0.49

0.57

0.45

*

1EO8:A

1eo8_A_HL

0.43

0.64

0.65

0.67

0.49

0.42

0.87

0.45

0.45

0.48

0.48

0.48

0.27

0.39

*

1EO8:A

1ken_A_HL

0.32

0.61

0.62

0.59

0.49

0.79

0.79

0.44

0.44

0.49

0.49

0.51

0.76

0.68

-

1EO8:A

1qfu_A_HL

0.54

0.64

0.64

0.60

0.49

0.42

0.86

0.45

0.58

0.48

0.59

0.50

0.38

0.44

*

1EO8:A

2vit_C_BA

0.51

0.56

0.63

0.48

0.49

0.60

0.60

0.29

0.68

0.48

0.59

0.54

0.58

0.48

-

1EZV:E

1ezv_E_XY

0.84

0.62

0.64

0.23

0.44

0.42

0.42

0.50

0.74

0.48

0.48

0.47

0.85

0.88

*

1OSP:O

1osp_O_HL

0.90

0.41

0.38

0.82

NA

0.40

0.40

0.46

0.76

0.48

0.48

0.49

0.76

0.66

*

1OSP:O

1fj1_F_BA

0.17

0.50

0.50

0.62

NA

0.37

0.77

0.45

0.75

0.64

0.64

0.54

0.68

0.63

*

1FNS:A

1fns_A_HL

0.50

0.57

0.57

0.40

NA

0.45

0.45

0.52

0.66

0.45

0.63

0.44

0.92

0.78

*

1G9M:G

1g9m_G_HL

0.17

0.49

0.48

0.68

0.45

0.74

0.74

0.47

0.61

0.73

0.73

0.53

0.44

0.43

*

1G9M:G

2b4c_G_HL

0.13

0.46

0.44

0.68

0.45

0.78

0.78

0.79

0.79

0.62

0.62

0.48

0.43

0.43

-

1R3J:C

1r3j_C_BA

0.84

0.81

0.81

0.53

0.45

0.42

0.42

0.56

0.92

0.92

0.92

0.52

0.72

0.49

*

1N8Z:C

1n8z_C_BA

0.30

0.46

0.46

0.82

0.57

0.64

0.64

0.59

0.59

NA

NA

0.57

0.59

0.53

*

1N8Z:C

1s78_B_FE

0.16

0.56

0.57

0.60

0.45

0.49

0.49

0.47

0.47

NA

NA

0.50

0.55

0.58

-

1NFD:D

1nfd_D_HG

0.90

0.73

0.71

0.34

0.46

0.43

0.90

0.51

0.51

0.46

0.62

0.55

0.88

0.77

*

1TQB:A

1tqb_A_BC

0.44

0.42

0.44

0.33

0.43

0.57

0.78

0.73

0.73

0.51

0.70

0.41

0.59

0.57

*

1TXV:A

1txv_A_HL

0.64

0.88

0.89

0.59

0.45

0.43

0.43

0.47

0.47

0.47

0.75

0.52

0.87

0.71

*

1V7M:V

1v7m_V_HL

0.67

0.59

NA

0.37

0.48

0.45

0.63

0.67

0.67

0.64

0.64

0.56

0.47

0.50

-

1XIW:A

1xiw_A_DC

0.85

0.76

0.90

0.31

0.44

0.41

0.41

0.99

0.99

0.89

0.89

0.45

0.87

0.83

-

1XIW:F

1xiw_F_DC

0.69

0.65

0.74

0.60

0.51

0.41

0.41

0.42

0.71

0.45

0.45

0.48

0.59

0.66

-

1Z3G:A

1z3g_A_HL

0.48

0.65

0.59

0.34

0.51

0.59

0.59

0.70

0.70

0.43

0.59

0.53

0.66

0.64

-

2AEP:A

2aep_A_HL

0.68

0.50

0.51

0.43

0.45

0.46

0.71

0.46

0.46

0.50

0.50

0.52

0.70

0.49

-

1R0A:B

1r0a_B_HL

0.12

0.51

0.54

0.02

NA

0.76

0.76

0.65

0.65

0.47

0.47

0.45

0.94

0.79

*


'NA' means that results for the epitope/protein were not obtained.

& – Epitopes used in the DiscoTope training set are indicated by an asterisk; those not used in the training set are indicated by a hyphen.

Ponomarenko and Bourne BMC Structural Biology 2007 7:64   doi:10.1186/1472-6807-7-64

Open Data