Table 3

p-values for Evaluated SNPs Showing Association (p < 0.01) with NTDs
Gene/SNP TDT LL CC Rec LL CC Dom LR CC Cont LR CC Rec LR CC Dom LL Mat 2DOF LL Mat Rec LL Mat Dom LR MC Cont LR MC Rec LR MC Dom
*MFTC rs17803441 0.0300 0.1456 0.0098 0.0003 0.0013 0.0146 0.4634 0.6352 0.2195 0.1928 0.2373 0.3535
CDKN2A rs3218009 0.1284 0.9996 0.1786 0.0426 0.9775 0.1009 .** 0.2734 0.0004 0.3032 0.5724 0.3296
*ADA rs2299686 0.8288 0.7819 0.5289 0.2994 0.3991 0.3958 0.2165 0.1923 0.1183 0.0010 0.0479 0.0005
*PEMT rs4646402 0.0009 0.1861 0.0005 0.1374 0.3728 0.1348 0.7219 0.5709 0.7630 0.7482 0.5319 0.9693
*MFTC rs3134260 0.0225 0.1301 0.0059 0.0006 0.0021 0.0141 0.4213 0.4460 0.2195 0.2102 0.2594 0.3484
*PEMT rs1108579 0.0006 0.0463 0.0014 0.0462 0.0482 0.1846 0.7076 0.4098 0.8059 0.9490 0.9274 0.9873
*PEMT rs11656215 0.0053 0.0008 0.3818 0.2070 0.1461 0.5412 0.7689 0.5639 0.8703 0.8211 0.3273 0.5520
*CUBN rs7070148 0.4864 0.4012 0.6033 0.0909 0.8065 0.0746 0.4458 0.4235 0.2551 0.0010 0.1735 0.0013
*ADA rs406383 0.0590 0.0311 0.3102 0.8420 0.7244 0.6858 0.1205 0.4468 0.0398 0.0012 0.0021 0.0136
*GART rs2070388 0.0012 0.5668 0.0012 0.0724 0.1415 0.1209 0.4526 0.2734 0.4332 0.5831 0.1515 0.8478
*ADA rs6031682 0.5166 0.6123 0.6101 0.0052 0.9578 0.0016 0.8837 0.8085 0.6321 0.0048 0.8196 0.0019
*ADA rs427483 0.6597 0.8842 0.3286 0.2509 0.1948 0.7039 0.4568 0.3370 0.2699 0.0018 0.0137 0.0063
DNMT3A rs7560488 0.1538 0.0021 0.6359 0.8325 0.8348 0.8823 0.5544 0.3633 0.3848 0.7779 0.9764 0.6509
*CUBN rs2273737 0.5067 0.7062 0.5487 0.0780 0.3584 0.0936 0.4034 0.4843 0.1971 0.0021 0.2034 0.0026
MTHFD1 rs2236225 0.1505 0.9554 0.0257 0.2570 0.3372 0.3869 0.8915 0.6549 1.0000 0.0139 0.2593 0.0022
*T rs10806845 0.2894 0.3889 0.4518 0.0830 0.0370 0.4302 0.2438 0.1204 0.2378 0.0033 0.0023 0.0701
FOLH1 rs383028 0.2073 0.4975 0.2542 0.0050 0.3617 0.0051 0.1033 1.0000 0.0359 0.0054 0.9171 0.0024
*CUBN rs1801222 1.0000 0.5013 0.4017 0.1514 0.7600 0.0181 0.2822 0.1682 0.2448 0.0091 0.1439 0.0024
*ADA rs6094017 0.2199 0.6211 0.2009 0.3960 0.8060 0.3126 0.7449 0.5105 0.5466 0.0026 0.0479 0.0046
*ARID1A rs11247593 0.0154 0.0502 0.0747 0.0027 0.0090 0.0265 0.1455 0.4060 0.1491 0.0615 0.0458 0.5659
COMT rs174675 0.0795 0.7444 0.0028 0.8722 0.5266 0.4898 0.9321 0.7778 0.7457 0.3665 0.2494 0.9574
*ENOSF1 rs1059384 0.6886 0.3493 0.9141 0.0333 0.0028 0.2734 0.9279 0.8084 0.8226 0.0848 0.0063 0.4655
*GART rs4817580 0.0029 0.9996 0.0042 0.0849 0.9745 0.1174 . 0.9996 0.9223 0.4818 0.9747 0.6024
*DNMT3B rs6058896 0.0029 0.0052 . 0.0167 0.0244 0.9744 . 0.2022 . 0.0905 0.1265 0.9744
MTHFD1L rs12199063 0.2857 0.3198 0.5830 0.1248 0.3647 0.0575 0.0855 0.0437 0.7457 0.0035 0.0029 0.1898
MTHFD1L rs6923486 0.1738 0.3458 0.1249 0.1348 0.1283 0.5396 0.2973 0.2651 0.1785 0.0030 0.0090 0.0348
COMT rs737865 0.0112 0.0149 0.1106 0.5284 0.3462 0.2354 0.1983 0.1326 0.1587 0.0852 0.0031 0.5815
*MTR rs10925260 0.0290 0.0031 0.9246 0.6329 0.4355 0.8813 0.4513 0.7071 0.2073 0.1865 0.2408 0.3423
*ADA rs452159 0.0577 0.5282 0.0047 0.7260 0.9583 0.4298 0.1675 0.0627 0.3633 0.0059 0.0578 0.0032
TFAP2A rs17635655 0.8108 0.6367 0.7196 0.0116 0.0236 0.0813 0.1688 0.0876 0.8527 0.0037 0.0075 0.0645
CUBN rs11591606 0.1808 0.2426 0.4253 0.4459 0.6193 0.2639 0.8403 0.6321 0.6380 0.3280 0.9827 0.0058
MTHFD1L rs2295083 0.6044 0.2928 0.2330 0.0168 0.0038 0.7292 0.2734 0.1752 0.5943 0.0558 0.0342 0.7136
*PEMT rs16961845 0.5691 0.4101 0.2719 0.4982 0.4864 0.9363 . 0.0082 . 0.0072 0.0048 0.9255
*ALDH1A2 rs7169289 0.1063 0.6803 0.0967 0.0214 0.5178 0.0043 0.4346 0.2067 0.6266 0.0633 0.6737 0.0513
*MTR rs10733117 0.0099 0.4520 0.0043 0.6020 0.7559 0.6099 0.2998 0.1791 0.2388 0.1436 0.3788 0.1542
MTHFD1L rs17080476 0.0233 0.9996 0.0949 0.0070 0.0244 0.0320 . 0.5299 0.9136 0.1357 0.0994 0.2676
MAT2B rs17535909 0.0102 0.0045 0.5083 0.2745 0.1949 0.7860 0.2061 0.3321 0.2406 0.8030 0.6685 0.8863
GNMT rs9462856 0.0601 0.9187 0.0048 0.7463 0.7773 0.3914 0.8419 0.5788 1.0000 0.6497 0.8424 0.5744
*CTH rs12733999 0.1546 0.1603 0.7406 0.0051 0.0048 0.6384 . 0.1477 0.3414 0.0167 0.0285 0.1264
CDKN2A rs7041637 0.4033 0.0881 0.3011 0.0048 0.0067 0.1269 0.3323 0.2793 0.1978 0.1369 0.3445 0.0716
*RAI1 rs9914733 0.2215 0.1984 0.4266 0.8834 0.4610 0.6300 0.0980 0.6952 0.0320 0.0133 0.8111 0.0049
*FTCD rs2839127 0.2296 0.0301 0.7043 0.8551 0.2725 0.8462 0.0195 0.2266 0.0053 0.1576 0.0483 0.3997
PDGFRA rs9993187 0.3615 0.0802 0.7374 0.0639 0.1576 0.0123 0.4850 0.4235 0.2999 0.0083 0.8603 0.0054
MTHFD1L rs4869987 0.1603 0.6351 0.0458 0.1693 0.2368 0.2939 0.0284 0.3579 0.0511 0.0167 0.1767 0.0061
*ARID1A rs11247594 0.0376 0.0989 0.1141 0.0059 0.0159 0.0438 0.2152 0.2972 0.3060 0.0758 0.0601 0.5558
*ARID1A rs11247596 0.0059 0.1178 0.0151 0.0570 0.2900 0.0682 0.6110 0.3713 0.8781 0.5223 0.0978 0.9777
FOLH1 rs16906205 0.2509 0.5003 0.3078 0.0993 0.9856 0.0730 . 0.9996 0.0060 0.0160 0.9856 0.0102
*FTCD rs7280485 0.5455 1.0000 0.2928 0.9719 0.9612 1.0000 0.0402 0.2205 0.0796 0.1847 0.9315 0.0062
ENOSF1 rs10502289 0.4050 0.0606 0.9176 0.2608 0.0084 0.8743 0.9012 0.6553 0.8231 0.7398 0.4196 0.9254
*MFTC rs10112450 0.0065 0.0154 0.1380 0.1077 0.0765 0.7454 0.4967 0.2680 0.4937 0.5459 0.7307 0.3836
*MFTC rs1865855 0.0339 0.2226 0.0596 0.0066 0.2347 0.0091 0.4858 0.3270 0.3615 0.3489 0.3248 0.2103
MTHFD1 rs11627525 0.7010 0.9468 . 0.7285 0.5723 0.9802 . 0.0067 1.0000 0.5750 0.9194 0.1216
GGH rs11988534 0.0409 0.0067 0.6955 0.2427 0.1156 0.8060 0.6044 0.6257 0.4665 0.9112 0.8775 0.5796
MTHFR rs17037425 1.0000 0.8419 0.6233 0.4158 0.2803 0.6769 0.0149 0.0068 0.7817 0.1828 0.0796 0.4756
MTHFD1L rs487637 0.1946 0.4121 0.0364 0.0162 0.5831 0.0069 0.8861 0.7152 0.8488 0.2125 0.5912 0.2003
DMGDH rs663646 0.2749 0.0070 0.8907 0.7786 0.1838 0.7429 0.8537 0.5782 0.9263 0.5080 0.1877 0.8789
NNMT rs10400393 0.0074 0.1090 0.0203 0.8395 0.6189 0.9926 0.9369 0.7317 1.0000 0.5062 0.4840 0.6355
*CUBN rs11254375 0.3772 0.5709 0.4612 0.6008 0.1449 0.7839 0.0331 0.6321 0.0097 0.0274 0.0074 0.2404
MTHFD1L rs11155772 0.1876 0.1492 0.8084 0.5140 0.8021 0.2358 0.2306 0.0932 1.0000 0.0126 0.0075 0.5404
ALDH1A2 rs6493978 0.5450 0.0984 0.5323 0.1136 0.6939 0.0308 0.9785 0.9093 0.8399 0.0333 0.4523 0.0076
RAI1 rs11658846 0.2504 1.0000 0.2329 0.1382 0.6534 0.1409 0.3954 0.9994 0.1351 0.0104 0.6431 0.0088
LRP2 rs3914468 0.8840 0.1061 0.1878 0.2044 0.0181 0.7696 0.1386 0.7577 0.0734 0.2555 0.0080 0.9562
PDGFRA rs2114039 0.0081 0.1297 0.0185 0.9479 1.0000 0.9317 0.7483 0.4513 0.9146 0.5652 0.7360 0.5786
MTHFR rs17367504 0.7868 0.3302 0.9193 0.7251 0.6814 0.5857 0.0174 0.7817 0.0081 0.2908 0.4835 0.1536
*EHMT1 rs7039441 0.4612 0.3106 0.8211 0.9611 0.8037 0.9150 0.0319 0.2588 0.0090 0.0981 0.8608 0.0282
*MFTC rs750606 0.0378 0.7460 0.0220 0.0091 0.3426 0.0090 0.2301 0.0994 0.3619 0.3230 0.3719 0.1578
MTHFD1L rs12524884 0.6841 0.7842 0.6630 0.2910 0.5126 0.1146 0.2320 0.0876 0.7633 0.0094 0.0142 0.1789
*RAI1 rs11654526 0.1373 0.0904 0.3348 0.9082 0.6677 0.7709 0.1313 0.4417 0.0450 0.0099 0.2692 0.0106

* Indicates SNP was genotyped in the full cohort (570 triads, 999 controls). Otherwise SNP was genotyped in the primary sample set (320 triads, 341 controls).

** (.) = Failure to converge (no result).

Note: MTHFD1 rs2236225 and all MTHFD1L SNPs in this table were previously examined for NTD association in this dataset [23,25,27].

Pangilinan et al.

Pangilinan et al. BMC Medical Genetics 2012 13:62   doi:10.1186/1471-2350-13-62

Open Data