Table 1 |
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|
Antimicrobial susceptibility, QRDR mutations and sequence types of quinolone-resistant E. coli isolates |
||||||||||||||
|
Strains |
Nali-dixic acid MIC mg/L |
Resistance pattern* |
QRDR mutations |
Horizontally acquired quinolone resistance genes |
Allelic profile |
Sequence type (ST) |
ST complex |
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|
|
|
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|
Δ GyrA |
Δ ParC |
adk |
fumC |
gyrB |
icd |
mdh |
purA |
recA |
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|
|
||||||||||||||
|
2006 |
||||||||||||||
|
|
||||||||||||||
|
06/073 |
64 |
AC NSLTR |
none |
none |
none |
6 |
19 |
15 |
16 |
9 |
8 |
7 |
443 |
205 |
|
|
||||||||||||||
|
06/079 |
128 |
AC NSLTR |
none |
none |
none |
6 |
65 |
2 |
25 |
5 |
5 |
2 |
1466 |
none |
|
|
||||||||||||||
|
06/137 |
128 |
AC NSLTR |
none |
none |
none |
6 |
65 |
2 |
25 |
5 |
5 |
2 |
1466 |
none |
|
|
||||||||||||||
|
06/065 |
128 |
A NSLTR |
none |
none |
qnrS1 |
6 |
7 |
5 |
1 |
8 |
18 |
2 |
206 |
206 |
|
|
||||||||||||||
|
06/036 |
256 |
AC NSLTR |
none |
none |
none |
6 |
8 |
4 |
1 |
9 |
48 |
7 |
210 |
none |
|
|
||||||||||||||
|
06/027 |
64 |
C N |
S83L |
none |
qnrB2 |
10 |
11 |
4 |
8 |
8 |
8 |
2 |
10 |
10 |
|
|
||||||||||||||
|
06/045 |
64 |
A NSLTR |
S83L |
none |
none |
10 |
174 |
4 |
8 |
8 |
8 |
2 |
1286 |
10 |
|
|
||||||||||||||
|
06/056 |
128 |
A NSLTR |
S83L |
none |
none |
112 |
11 |
5 |
12 |
8 |
8 |
86 |
542 |
none |
|
|
||||||||||||||
|
06/068 |
128 |
AC NSLTR |
S83L |
none |
none |
76 |
43 |
19 |
37 |
30 |
1 |
2 |
1465 |
none |
|
|
||||||||||||||
|
06/151 |
>1024 |
ACPNSLTR |
S83L, D87N |
none |
none |
43 |
41 |
15 |
18 |
11 |
7 |
6 |
101 |
101 |
|
|
||||||||||||||
|
06/154 |
>1024 |
ACPN TR |
S83L, D87N |
none |
qnrB1 |
43 |
41 |
15 |
18 |
11 |
7 |
6 |
101 |
101 |
|
|
||||||||||||||
|
06/030 |
>1024 |
ACPN LTR |
S83L, D87N |
S80I |
qnrS1 |
10 |
11 |
4 |
8 |
8 |
13 |
73 |
617 |
10 |
|
|
||||||||||||||
|
06/110 |
>1024 |
ACPNSLTR |
S83L, D87N |
S80I |
none |
92 |
4 |
87 |
96 |
70 |
58 |
2 |
648 |
none |
|
|
||||||||||||||
|
06/148 |
>1024 |
A PNSLTR |
S83L, D87N |
S80I |
none |
92 |
4 |
87 |
96 |
70 |
58 |
2 |
648 |
none |
|
|
||||||||||||||
|
06/026 |
>1024 |
ACPNSLTR |
S83L, D87N |
S80I, N105S |
none |
56 |
6 |
22 |
16 |
11 |
1 |
7 |
455 |
None |
|
|
||||||||||||||
|
06/112 |
>1024 |
ACPN LTR |
S83L, D87N |
S80I, E84K |
none |
6 |
29 |
32 |
16 |
11 |
8 |
44 |
156 |
156 |
|
|
||||||||||||||
|
2007 |
none |
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|
|
||||||||||||||
|
07/16a |
256 |
A PNSLT |
none |
none |
none |
6 |
95 |
4 |
18 |
11 |
7 |
14 |
1304 |
none |
|
|
||||||||||||||
|
07/34 |
128 |
AC N LTR |
none |
none |
none |
10 |
11 |
4 |
12 |
7 |
8 |
2 |
1467 |
none |
|
|
||||||||||||||
|
07/12 |
64 |
NSLT |
S83L |
none |
none |
10 |
11 |
4 |
8 |
8 |
8 |
2 |
10 |
10 |
|
|
||||||||||||||
|
07/37 |
128 |
A N L R |
S83L |
T66I |
none |
10 |
11 |
4 |
8 |
8 |
8 |
2 |
10 |
10 |
|
|
||||||||||||||
|
07/SHA |
>1024 |
A PNSLTR |
S83L, D87N |
none |
none |
6 |
11 |
95 |
104 |
8 |
7 |
2 |
450 |
none |
|
|
||||||||||||||
|
07/375 |
>1024 |
A PNSLTR |
S83L, D87N |
S80I |
qepA |
10 |
11 |
4 |
8 |
8 |
8 |
2 |
10 |
10 |
|
|
||||||||||||||
|
07/337 |
>1024 |
A PN LTR |
S83L, D87N |
S80I |
none |
10 |
11 |
4 |
8 |
8 |
8 |
2 |
10 |
10 |
|
|
||||||||||||||
|
07/282 |
>1024 |
ACPNSLTR |
S83L, D87N |
E84K |
qepA |
6 |
29 |
32 |
16 |
11 |
8 |
44 |
156 |
156 |
|
|
||||||||||||||
|
07/24A |
>1024 |
ACPNSLTR |
S83L, D87N |
S80I, E84G |
qnrB1 |
85 |
88 |
78 |
29 |
59 |
58 |
62 |
354 |
354 |
|
|
||||||||||||||
|
2008 |
||||||||||||||
|
|
||||||||||||||
|
08/54 |
64 |
AC NSLTR |
none |
none |
none |
6 |
99 |
22 |
1 |
8 |
7 |
2 |
1479 |
206 |
|
|
||||||||||||||
|
08/23 |
64 |
ACPNSLTR |
none |
none |
none |
10 |
29 |
4 |
8 |
8 |
8 |
44 |
1473 |
156 |
|
|
||||||||||||||
|
08/43 |
128 |
A NSLTR |
none |
none |
none |
6 |
7 |
14 |
1 |
8 |
18 |
2 |
1471 |
l206 |
|
|
||||||||||||||
|
08/33 |
>1024 |
ACPNSLTR |
none |
none |
qnrS1 |
6 |
11 |
14 |
8 |
8 |
6 |
6 |
1469 |
None |
|
|
||||||||||||||
|
08/91 |
>1024 |
ACPNSLTR |
none |
none |
none |
10 |
11 |
4 |
1 |
8 |
9 |
2 |
227 |
10 |
|
|
||||||||||||||
|
08/101 |
64 |
A NSLTR |
S83A |
none |
qnrS1 |
10 |
11 |
4 |
1 |
8 |
9 |
2 |
227 |
10 |
|
|
||||||||||||||
|
08/78 |
128 |
ACPNSLTR |
S83L |
none |
qnrS1 |
10 |
11 |
4 |
8 |
8 |
8 |
2 |
10 |
10 |
|
|
||||||||||||||
|
08/90 |
256 |
ACPNSLTR |
S83L, D87N |
S80I |
none |
6 |
4 |
12 |
1 |
20 |
18 |
7 |
410 |
23 |
|
|
||||||||||||||
|
08/11 |
>1024 |
A PNSLTR |
S83L, D87N |
S80I |
none |
6 |
6 |
5 |
26 |
11 |
8 |
6 |
1468 |
none |
|
|
||||||||||||||
|
08/26 |
>1024 |
A PN LTR |
S83L, D87N |
S80I |
qnrS1 |
10 |
11 |
4 |
8 |
8 |
8 |
2 |
10 |
10 |
|
|
||||||||||||||
|
08/87 |
>1024 |
A NSLTR |
S83L, D87N |
S80I |
none |
10 |
11 |
4 |
8 |
8 |
8 |
2 |
10 |
10 |
|
|
||||||||||||||
|
08/84 |
>1024 |
A NSLTR |
S83L, D87N |
S80I |
qnrS1 |
10 |
11 |
4 |
8 |
8 |
8 |
2 |
10 |
10 |
|
|
||||||||||||||
|
08/93 |
>1024 |
A PNSLTR |
S83L, D87N |
S80I |
none |
10 |
11 |
4 |
8 |
8 |
8 |
2 |
10 |
10 |
|
|
||||||||||||||
|
08/17 |
>1024 |
ACPNSLTR |
S83L, D87N |
S80I, E84V |
none |
53 |
40 |
47 |
13 |
36 |
28 |
29 |
131 |
none |
|
|
||||||||||||||
|
08/39 |
>1024 |
ACPNSLTR |
S83L, D87N |
S80I, A108V |
none |
92 |
40 |
87 |
96 |
70 |
8 |
29 |
1470 |
none |
|
|
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|
*A = Ampicillin, C = Chloramphenicol, P = Ciprofloxacin, N = Nalidixic acid, S = Streptomycin, L = Sulphonamide, T = Tetracycline R = Trimethoprim |
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|
Namboodiri et al. BMC Microbiology 2011 11:44 doi:10.1186/1471-2180-11-44 |
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