Table 2

Overlap Ratios for discriminating intrinsically unstructured segments from intrinsically structured segments in membrane proteins as a function of window length (W.L.).

W.L.

HKD

HEi

HEn

HLD

PG

PZ

Bulk.

Flex.


31

0.318

0.163

0.170

0.243

0.220

0.134

0.349

0.227

29

0.221

0.229

0.167

0.249

0.138

0.161

0.351

0.238

27

0.222

0.150

0.164

0.230

0.170

0.142

0.221

0.263

25

0.216

0.234

0.162

0.241

0.175

0.142

0.364

0.272

23

0.253

0.143

0.160

0.253

0.163

0.157

0.238

0.254

21

0.182

0.139

0.144

0.267

0.176

0.159

0.323

0.271

19

0.285

0.142

0.149

0.257

0.172

0.251

0.337

0.291

17

0.290

0.199

0.148

0.266

0.183

0.307

0.353

0.279

15

0.320

0.170

0.155

0.274

0.182

0.183

0.338

0.361

13

0.264

0.180

0.165

0.284

0.194

0.254

0.358

0.340

11

0.310

0.228

0.195

0.281

0.220

0.446

0.345

0.358

9

0.372

0.230

0.226

0.325

0.269

0.251

0.416

0.401


Here HKD, HEi, HEn, HLD indicate the Kyte-Doolittle, Eisenberg-Schwarz-Komaromy-Wall, Engelman-Steitz-Goldman, and Liu-Deber hydropathy scales, respectively, PG, PZ indicate the Grantham and Zimmerman-Eliezer-Simha polarity scales, respectively, Bulk. = bulkiness, and Flex. = flexibility.

Reproduced with permission from [38]

Yang et al. BMC Genomics 2008 9(Suppl 1):S7   doi:10.1186/1471-2164-9-S1-S7

Open Data