Table 5

Conservation of gene-associated repeats

Cytochrome Associated Genes


Organism

rbcS

rps10

atpA

petA

B/D

F

G

J

L

M/N

cssA


Heterosigma akashiwo CCMP452

IR

T/IR

T

IR

IR

IR

IR

IR

-

IR#

IR

Heterosigma akashiwo NIES293

IR

-

T

IR

IR

IR

IR

IR

-

IR#

IR

(C) Odontella sinensis

IR

IR

IR

IR/T*

-

IR/T*

IR/IR

0

-

IR#

-

(C) Thalassiosira pseudonana

-

T/IR

IR/T

IR

-

-

-

0

-

IR

-

(P) Phaeodactylum tricornutum

IR

IR

IR

IR*

IR

IR*

-

0

IR#

-

-

Emiliana huxleyi

IR

IR

-

IR

-

0

IR

0

-

-

IR

Guillardia theta

IR

T/IR*

-

IR

T

T*

IR#

0

-

-

IR#

(F) Graciliaria tenuistipitata

-

IR*

-

-

IR

IR*

-

IR

0

-

-

(F) Porphyra purpurea

-

IR

IR

-

IR

-

IR

IR

-

-

-

(F) Porphyra yezoensis

IR

IR

IR

-

-

-

IR/T

IR

-

-

-

(B) Cyanidium caldarium

IR

-

-

-

-

T

-

-

0

-

-

(B) Cyanidioschyzon merolae

IR

-

T/T

T

-

T#

-

-

-

-

T/T

Cyanophora paradoxa

IR

IR

IR

IR

IR

IR

IR

0

IR

IR

IR


IR: inverted repeat; T: tandem repeat; – no repeat; 0 gene absent from cpDNA ; * shared repeat; # located 5' to the gene. All other repeats are 3' to the gene.

Cattolico et al. BMC Genomics 2008 9:211   doi:10.1186/1471-2164-9-211

Open Data