Table 1

General overview of metabolic differences within the AMD plasmas
Function APL EPL GPL FER1 FER2 IPL
Aerobic metabolisms
Aerobic respiration Y Y Y Y Y Y
Fe oxidation (blue-copper protein) Y N Y Y Y N
Aerobic CODH N N N Y Y Y
Anaerobic CODH N N N N Y N
Anaerobic metabolisms
Formate dehydrogenase Y Y N Y Y Y
Putative hydrogenase complex Y Y Y Y Y N
Fermentation to acetate Y Y Y Y Y Y
Carbon catabolism
Glycolysis Y Y Y Y Y Y
Entner-Doudoroff pathway Y Y Y Y Y Y
Beta oxidation Y Y Y Y Y Y
Methylotrophy Y Y Y Y Y Y
Biosynthesis
Cobalamin biosynthesis N N N Y Y N
Molybdopterin biosynthesis Y N N Y Y Y
Histidine synthesis Y N Y Y Y N
Leucine/Isoleucine synthesis Y N Y Y Y N
Glyoxylate shunt N Y N N N N
Motility
Flagella Y Y N N N N
Chemotaxis N N N N N N
Toxic metal resistance
Arsenic resistance Y Y Y Y Y Y
Copper resistance Y Y Y Y Y Y
Mercury resistance Y Y Y Y N Y
Structure/Motility
S-layer Y Y Y N Y Y
Ether-linked lipids Y Y Y Y Y Y
Cellulose/cell wall polysaccharides N N N N N N
Pili N Y Y N N Y

APL is Aplasma. EPL is Eplasma. GPL is Gplasma. FER1 and FER2 are Ferroplasma acidarmanus type I and type II. IPL is Iplasma. Y indicates that the pathway is found in the genome, whereas N indicates that it is not.

Yelton et al.

Yelton et al. BMC Genomics 2013 14:485   doi:10.1186/1471-2164-14-485

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