Table 2

Conserved and non-conserved miRNAs and their expression profiles at different tomato fruit ripening stages

MiRNA

family

References

Relative number of reads found in tomato


Mature green

Breaker stage

Red ripe


Conserved miRNAs

miR156

Zhang J et al, 2008; Yin Z et al, 2008; Moxon S et al, 2008.

115.99

31.95

15.14

miR157

Zhang J et al, 2008; Yin Z et al, 2008; Moxon S et al, 2008.

349.64

154.19

137.34

miR159

Pilcher et al, 2007; Zhang J et al, 2008; Moxon S et al, 2008.

59.89

48.06

82.55

miR160

Pilcher et al, 2007; Yin Z et al, 2008; Moxon S et al, 2008.

46.06

30.28

1.44

miR162

Pilcher et al l, 2007; Yin Z et al, 2008; Moxon S et al, 2008.

878.08

929.27

167.99

miR164

Pilcher et al, 2007; Moxon S et al, 2008

996.58

496.45

188.53

miR165

Moxon S et al, 2008

38.94

24.73

3.60

miR166

Pilcher et al, 2007; Moxon S et al, 2008

2750.64

2154.69

523.78

miR167

Zhang J et al, 2008; Yin Z et al, 2008; Moxon S et al, 2008.

265.06

209.19

8.29

miR168

Pilcher et al, 2007; Yin Z et al, 2008; Moxon S et al, 2008.

4967.40

3130.92

62.36

miR169

Zhang J et al, 2008; Yin Z et al, 2008; Moxon S et al, 2008.

0.84

0

0

miR171

Pilcher et al, 2007; Zhang J et al, 2008; Moxon S et al, 2008.

19.68

53.61

2.16

miR172

Zhang J et al, 2008; Yin Z et al, 2008; Moxon S et al, 2008; Itaya et al, 2008.

2993.09

2733.37

798.11

miR319

Zhang J et al, 2008; Yin Z et al, 2008; Moxon S et al, 2008.

0.42

0

0

miR390

Moxon S et al, 2008; Itaya et al, 2008.

97.98

46.67

2.16

miR394

Moxon S et al, 2008.

6.70

4.44

2.16

miR395

Zhang J G et al 2008; Moxon S et al, 2008.

0.41

0

0

miR396

Moxon S et al, 2008.

1300.58

2175.81

334.89

miR397

Moxon S et al, 2008.

0.42

0

0

miR399

Zhang J et al, 2008; Yin Z et al, 2008; Moxon S et al, 2008.

44.38

17.50

1.08

miR408

Pilcher et al, 2007, Moxon S et al, 2008

0.42

0.28

0

miR472

Itaya et al, 2008; Moxon S et al, 2008.

19.26

12.78

0.36

miR482

Pilcher et al, 2007.

1.67

2.51

0

miR827

http://ted.bti.cornell.edu/cgi-bin/TFGD/sRNA/miRNA.cgi webcite

2.09

6.39

14.78

Non-conserved miRNAs

miR158

2.93

1.67

0

miR161

0.42

0

0

miR173

0.41

0

0

miR393

0.42

0

0

miR398

0.40

0

0

miR403

210.20

138.91

27.04

miR414

0.42

0

0

miR828

Moxon S et al, 2008.

0

0

0

miR858

Moxon S et al, 2008.

5.19

12.31

1.22

miR894

Moxon S et al, 2008.

10.05

5.00

0.36


Zuo et al. BMC Genomics 2012 13:7   doi:10.1186/1471-2164-13-7

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