Table 2

Average GC3 levels, standard deviation and gene number of KOG's functional categories

KOG**

BLUE*

BLACK*

RED*


Organism

GC3

s.d.

#

GC3

s.d.

#

GC3

s.d.

#

GC3

s.d.

#


Mammals

H. sapiens

0.584

0.159

12942

0.568

0.154

3564

0.584

0.163

6745

0.604

0.155

2663


G. Gorilla

0.609

0.162

6268

0.593

0.166

1491

0.609

0.166

3357

0.626

0.148

1420


P. pygmaeus

0.594

0.164

7455

0.583

0.167

1766

0.593

0.166

4012

0.611

0.154

1677


M. musculus

0.606

0.114

7505

0.596

0.127

1780

0.605

0.122

4032

0.617

0.101

1693


O. cuniculus

0.630

0.175

5413

0.609

0.179

1296

0.629

0.177

2867

0.653

0.164

1250


S. tridecemilineatus

0.565

0.154

5455

0.542

0.157

1325

0.567

0.155

2900

0.584

0.144

1230


B. taurus

0.630

0.167

7139

0.613

0.171

1706

0.632

0.169

3794

0.642

0.155

1639


E. caballus

0.609

0.164

7102

0.594

0.170

1646

0.608

0.165

3840

0.626

0.153

1613


P. vampyrus

0.605

0.164

6780

0.590

0.170

1638

0.607

0.165

3607

0.619

0.155

1535


T. truncatus

0.618

0.167

6812

0.602

0.172

1635

0.617

0.169

3634

0.635

0.155

1543


L. africana

0.583

0.152

5704

0.575

0.157

1413

0.582

0.153

3007

0.595

0.141

1284


D. novemcinctus

0.585

0.180

5358

0.563

0.181

1310

0.585

0.182

2832

0.607

0.173

1216


O. anatinus

0.648

0.166

5287

0.646

0.169

1319

0.646

0.166

2734

0.657

0.161

1234


M. domestica

0.533

0.145

3598

0.529

0.153

1641

0.531

0.144

3598

0.542

0.137

1578


Reptiles

A. cardiensis

0.539

0.159

5959

0.535

0.158

3063

0.546

0.1655

1498

0.539

0.153

1398

Amphibians

X. tropicalis

0.500

0.112

3584

0.499

0.112

1753

0.499

0.1174

961

0.501

0.108

870


(*) Blue, Black and Red refers to the gene classification of KOG database (see Methods)

(**) Genes orthologous to KOG human genes

(#) Number of genes

BernĂ¡ et al. BMC Genomics 2012 13:174   doi:10.1186/1471-2164-13-174

Open Data