Table 2

Comparison between microarray and RT-qPCR mRNA levels

Number

Gene sources

Symbol

Microarray(Mean fold change)

RT-qPCR(Mean fold change)


D7

D14

D21

D28

D7

D14

D21

D28


1

profile-1

STAT5A

1.00

0.50

0.99

0.35

1.00

1.18

0.56

0.46

2

profile-1

DBP

1.00

1.13

0.28

0.67

1.00

0.08

0.28

0.48

3

profile-1

FOXQ1

1.00

0.66

0.57

0.54

1.00

0.00

0.05

0.03

4

profile-1

NFIL3

1.00

0.75

0.23

0.19

1.00

0.10

0.35

0.26

5

profile-1

MTF1

1.00

0.66

0.50

0.75

1.00

0.58

0.97

0.82

6

profile-1

JUN

1.00

0.79

0.43

0.68

1.00

0.05

1.10

0.22

7

profile-1

KLF2

1.00

0.86

0.20

0.18

1.00

0.08

0.11

0.11

8

profile-1

CEBPA

1.00

1.20

0.09

0.10

1.00

0.02

0.18

0.17

9

profile-1

CREBBP

1.00

0.85

0.70

0.99

1.00

0.81

0.65

0.61

10

profile-1

SP3

1.00

0.84

0.88

0.87

1.00

0.98

0.85

0.47

11

profile-1

SATB1

1.00

0.94

0.28

0.26

1.00

0.80

0.24

0.15

12

profile-1

c-Myc

1.00

0.95

1.05

0.62

1.00

11.9

14.63

11.95

13

profile-1

GATA2

1.00

1.87

0.95

0.59

1.00

4.00

1.20

1.20

14

profile-1

KLF11

1.00

1.22

0.58

0.70

1.00

2.16

0.58

0.70

15

profile-2

FOG1

1.00

0.96

3.64

4.63

1.00

0.99

3.70

4.70

16

profile-2

USF1

1.00

1.01

0.85

1.26

1.00

0.71

1.45

2.02

17

profile-2

SP1

1.00

0.86

1.20

1.55

1.00

1.16

1.02

1.39

18

profile-2

KLF3

1.00

0.95

1.45

1.86

1.00

0.95

1.83

1.72

19

profile-2

KLF1

1.00

1.75

80.72

108.50

1.00

2.22

6.70

13.80

20

profile-2

POU2F1

1.00

0.91

1.28

1.90

1.00

0.57

1.23

1.16

21

profile-2

KLF13

1.00

0.98

1.12

1.83

1.00

2.16

0.58

8.70

22

profile-2

GATA1

1.00

1.83

94.63

112.31

1.00

1.80

7.40

8.40

23

profile-2

NF-E2

1.00

1.53

10.98

17.47

1.00

17.6

85.80

776.40

24

profile-2

ATF2

1.00

1.25

1.69

2.03

1.00

2.70

1.50

2.40

25

profile-2

FGFR3

1.00

1.20

47.87

39.77

1.00

8.22

956.

923.45

26

profile-2

MAPKK6

1.00

1.01

1.65

2.07

1.00

1.39

1.13

2.12

27

profile-2

HSP90kDa

1.00

0.95

1.65

1.75

1.00

0.63

1.50

8.57

28

profile-2

v-Myc

1.00

1.03

1.70

2.49

1.00

30.5

0.45

2.44

29

profile-2

CUTL1

1.00

1.02

1.58

2.20

1.00

1.02

0.42

2.06

30

Reference 1

ACTB

1.00

1.05

0.84

0.91

1.00

1.00

1.00

1.00

31

Reference 2

18 S

1.00

0.96

1.00

1.06

1.00

0.68

1.62

1.41


Li et al. BMC Genomics 2012 13:153   doi:10.1186/1471-2164-13-153

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