Table 2

Results from real data for given cutoff q-values

q-value

0.01

0.025

0.05

0.075

0.1


p- cutoff

(from "qvalue")

MBIS

0.00685

0.0240

0.0617

0.108

0.162

T

0.00144

0.0155

0.0613

0.123

0.192

SAM

0

0

0.00741

0.0560

0.0969


# DE genes

MBIS

3075

4306

5550

6458

7276

T

561

2402

4748

6345

7435

SAM

0

0

3695

4734

5335


# common

DE genes

MBIS, T

459

1954

3861

5261

6330

MBIS, SAM

0

0

3694

4734

5335

T, SAM

0

0

3327

4504

5228


Est. FDR

MBIS

0.0177

0.0443

0.0884

0.133

0.177

T

0.0186

0.0468

0.0937

0.141

0.187


Chen et al. BMC Genomics 2011 12(Suppl 5):S7   doi:10.1186/1471-2164-12-S5-S7

Open Data