Table 1 |
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Simulation results of numbers of TPs, and FPs from different methods (nde = 1000, rep = 3, b = 1.5, diff = c(3,6)) |
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q-value |
MBIS |
SAM-T |
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S0 = 0 |
20 |
40 |
60 |
80 |
100 |
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0.05 |
TP |
957 |
244 |
0 |
0 |
0 |
0 |
0 |
0 |
|
|
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|
FP |
94 |
19 |
0 |
0 |
0 |
0 |
0 |
0 |
|
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|
Est. FP |
95 |
16 |
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|
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|
Obs. FDR |
0.09 |
0.07 |
0 |
0 |
0 |
0 |
0 |
0 |
|
|
|
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|
0.10 |
TP |
976 |
669 |
0 |
0 |
0 |
0 |
0 |
0 |
|
|
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|
FP |
203 |
99 |
0 |
0 |
0 |
0 |
0 |
0 |
|
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|
Est. FP |
211 |
106 |
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|
Obs. FDR |
0.17 |
0.13 |
0 |
0 |
0 |
0 |
0 |
0 |
|
|
|
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|
0.15 |
TP |
983 |
821 |
0 |
771 |
835 |
821 |
877 |
891 |
|
|
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|
FP |
324 |
228 |
0 |
16 |
26 |
16 |
27 |
26 |
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|
Est. FP |
289 |
232 |
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|
Obs. FDR |
0.25 |
0.22 |
0 |
0 |
0.02 |
0.03 |
0.02 |
0.03 |
|
|
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|
0.20 |
TP |
992 |
896 |
474 |
893 |
910 |
909 |
917 |
932 |
|
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|
FP |
488 |
379 |
44 |
80 |
92 |
81 |
85 |
75 |
|
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|
Est. FP |
474 |
388 |
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|
Obs. FDR |
0.33 |
0.30 |
0.08 |
0.08 |
0.09 |
0.08 |
0.08 |
0.07 |
|
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|
0.25 |
TP |
994 |
924 |
704 |
916 |
926 |
929 |
935 |
949 |
|
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|
FP |
632 |
529 |
116 |
145 |
142 |
134 |
141 |
129 |
|
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|
Est. FP |
620 |
552 |
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|
Obs. FDR |
0.39 |
0.36 |
0.14 |
0.14 |
0.13 |
0.13 |
0.13 |
0.12 |
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Chen et al. BMC Genomics 2011 12(Suppl 5):S7 doi:10.1186/1471-2164-12-S5-S7 |
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