Table 1

TE families analysed in this study

Class

Family

% genome

Copy number

Total Size

LTR size

ESTs


CACTA

En/Spm

n.a.

n.a.

8270

-

46

Misfit

n.a.

n.a.

10630

-

430

Yote

n.a.

n.a.

12259

-

267


DNA Transposon

Ac/Ds

n.a.

n.a.

4565

-

28

Doppia

n.a.

n.a.

8463

-

218

Jittery

n.a.

n.a.

3916

-

6

Mutator

n.a.

n.a.

4998

-

30

Mx

n.a.

n.a.

3731

-

3

PIF

n.a.

n.a.

3712

-

71

rDT

n.a.

n.a.

704

-

12

Shooter

n.a.

n.a.

5060

-

54


LINE

Cin4

n.a.

n.a.

6822

-

34

Colonist1

n.a.

n.a.

1658

-

37

Colonist2

n.a.

n.a.

2575

-

42


MITE

Frequent flyer

n.a.

n.a.

526

-

119

Heart breaker

n.a.

n.a.

315

-

55

Heart healer

n.a.

n.a.

185

-

122

mPIF

n.a.

n.a.

343

-

55

Pangrangja

n.a.

n.a.

607

-

18

Stowaway

n.a.

n.a.

178

-

2

Tourist

n.a.

n.a.

150

-

4


LTR retrotransposon (Copia)

Bs1

n.a.

n.a.

3.203

302

15

Eninu

n.a.

n.a.

7.219

1.386

102

Fourf

0.69

293

6.888

1.210

133

Giepum

0.55

233

11.756

1.689

559

Hopscotch

n.a.

n.a.

4.884

227

1

Ji

18

7650

12085

1.481

209

Machiavelli

0.48

204

6.153

857

81

Milt

2

850

9.344

729

424

Opie

16

6800

8880

1.256

1488

Raider

n.a.

n.a.

5.865

465

34

Rire1

0.48

204

7.815

1.270

176

Ruda

1.64

697

6.431

1.415

507

Stonor

0.07

29

4.542

560

42

Victim

0.14

59

5.427

101

6


LTR retrotransposon (gypsy)

CentA

n.a.

n.a.

4.634

1.303

147

Cinful

5

2125

9.568

653

2181

CRM

n.a.

n.a.

7.571

930

1078

Dagaf

1.17

497

10.197

3.579

612

Danelle

4

1700

15.397

4.602

2601

Diguus

0.69

293

11.679

4.366

634

Flip

0.62

263

13.555

5.928

704

Grande

3

1275

13.769

631

365

Gyma

3

1275

12.246

3.850

520

Huck

15

6375

11312

1.800

322

Jaws

0.14

59

6.074

384

1

Kake

0.07

29

5.914

173

39

Prem

5

2125

9.469

1.314

3806

Prem1

1.37

582

10.397

3.383

2198

Shadowspawn

2

850

11.526

469

399

Tekay

1.17

497

12.786

3.396

395

Xilon

4

1700

11.514

2.467

1865

Zeon

8

3400

7.459

698

1930


TRIM

Cassandra/TIM-1

1.10

467

734

260

18

Magellan

n.a.

n.a.

1313

-

1

ZmTRIM

n.a.

n.a.

809

-

36


Vicient BMC Genomics 2010 11:601   doi:10.1186/1471-2164-11-601

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