Table 3

Allele frequencies of the polymorphisms associated with prostate cancer.

Prostate Cancer

Polymorphism:

DG8S737

rs1447295

Nucleotide Change:

MS

C>A


n

-10

-9

-8

-7

-6

-5

-4

-3

-2

-1

0

+1

+2

+3

+4

+5

+6

+7

A


Mother Tongue

Assamese

26

0.000

0.040

0.000

0.000

0.000

0.020

0.120

0.020

0.060

0.180

0.220

0.100

0.060

0.080

0.080

0.020

0.000

0.000

0.120

Bengali

27

0.017

0.000

0.000

0.000

0.000

0.000

0.034

0.121

0.155

0.190

0.103

0.155

0.052

0.121

0.052

0.000

0.000

0.000

0.121

Gujarati

181

0.000

0.042

0.000

0.000

0.042

0.000

0.021

0.042

0.229

0.188

0.188

0.042

0.042

0.125

0.042

0.000

0.000

0.000

0.125

Hindi

29

0.023

0.023

0.000

0.012

0.012

0.012

0.128

0.035

0.151

0.209

0.116

0.093

0.035

0.070

0.023

0.035

0.023

0.000

0.186

Kannada

24

0.000

0.071

0.000

0.000

0.018

0.000

0.089

0.036

0.161

0.268

0.125

0.036

0.000

0.143

0.054

0.000

0.000

0.000

0.125

Kashmiri

24

0.000

0.000

0.000

0.000

0.000

0.000

0.060

0.060

0.120

0.220

0.120

0.200

0.040

0.120

0.060

0.000

0.000

0.000

0.040

Konkani

43

0.000

0.019

0.000

0.000

0.019

0.019

0.077

0.115

0.135

0.173

0.192

0.058

0.135

0.019

0.019

0.019

0.000

0.000

0.192

Malayalam

25

0.000

0.000

0.000

0.000

0.000

0.000

0.093

0.037

0.167

0.204

0.111

0.185

0.019

0.148

0.000

0.019

0.000

0.019

0.074

Marathi

26

0.000

0.000

0.000

0.000

0.037

0.000

0.074

0.037

0.093

0.278

0.111

0.130

0.056

0.093

0.056

0.037

0.000

0.000

0.111

Marwari

25

0.000

0.008

0.003

0.000

0.008

0.022

0.110

0.028

0.116

0.293

0.122

0.077

0.058

0.105

0.041

0.006

0.003

0.000

0.141

Oriya

27

0.000

0.000

0.019

0.019

0.058

0.038

0.058

0.135

0.077

0.173

0.173

0.096

0.038

0.077

0.019

0.019

0.000

0.000

0.308

Parsi

25

0.000

0.000

0.020

0.000

0.040

0.000

0.020

0.020

0.380

0.220

0.100

0.140

0.020

0.020

0.020

0.000

0.000

0.000

0.040

Punjabi

28

0.000

0.000

0.000

0.000

0.017

0.000

0.052

0.069

0.121

0.345

0.121

0.086

0.086

0.069

0.034

0.000

0.000

0.000

0.034

Tamil

29

0.000

0.000

0.000

0.000

0.018

0.018

0.161

0.018

0.125

0.143

0.143

0.143

0.054

0.107

0.054

0.018

0.000

0.000

0.161

Telugu

28

0.000

0.021

0.000

0.000

0.000

0.000

0.042

0.104

0.188

0.375

0.083

0.021

0.042

0.042

0.021

0.042

0.000

0.021

0.104

FST

0.007

0.020

p-value

1

1


Gender

Female

237

0.002

0.021

0.004

0.002

0.019

0.011

0.078

0.044

0.146

0.251

0.129

0.099

0.057

0.078

0.049

0.011

0.000

0.000

0.120

Male

339

0.003

0.009

0.001

0.001

0.013

0.013

0.091

0.052

0.140

0.242

0.133

0.094

0.049

0.105

0.032

0.013

0.004

0.003

0.136

FST

0

0

p-value

1

1


Population

Cohort

576

0.003

0.014

0.003

0.002

0.016

0.012

0.085

0.050

0.142

0.245

0.130

0.098

0.052

0.094

0.039

0.012

0.003

0.002

0.129

Standard Error

0.002

0.006

0.002

0.001

0.005

0.003

0.011

0.010

0.020

0.017

0.010

0.014

0.008

0.010

0.005

0.004

0.002

0.002

0.018

HWE Constant

0.003

0.002

p-value

0.433

0.580

Welch modified t-test:

Africa

Europe

0.091

Asia

0.486

Americas


Alleles of DG8S737 were assigned based upon the change in the number of repeats away from that of the reference sequence in the NCBI database (23 AC dinucleotide repeats). Allele -1 is equivalent to the prostate cancer risk-associated -8 allele reported by Amundadottir et al. that had 22 repeats [58]. P-values significant at <0.05 are shown in bold.

Pemberton et al. BMC Genetics 2008 9:13   doi:10.1186/1471-2156-9-13

Open Data