Table 2

Allele frequencies of the polymorphisms associated with the metabolic disorders of diabetes, hypertension, and atherosclerosis.

Diabetes

Hypertension

Atherosclerosis

Gene Name:

PTPN22

CAPN10

TCF7L2

CYP3A5

AGT

GNB3

ALOX5

ALOX5

ALOX5

ALOX5

Nucleotide Change:

g.36677C>T

g.4834T>C

g.98386G>T

g.6980G>A

g.802C>T

g.4423C>T

MS (5'-GGGCGG-3' starting at -145)

g.20C>T

g.8322G>A

g.50778G>A


n

°N

T

C

T

A

T

T

3

4

5

6

7

8

T

A

A


Mother Tongue

Assamese

26

26.00

0.000

0.220

0.280

0.220

0.400

0.280

0.000

0.160

0.800

0.040

0.000

0.000

0.140

0.000

0.020

Bengali

27

23.00

0.017

0.224

0.138

0.207

0.414

0.293

0.000

0.276

0.655

0.069

0.000

0.000

0.276

0.017

0.000

Gujarati

181

23.00

0.000

0.167

0.167

0.313

0.229

0.396

0.000

0.167

0.792

0.042

0.000

0.000

0.188

0.000

0.000

Hindi

29

30.30

0.012

0.209

0.244

0.221

0.395

0.279

0.000

0.186

0.767

0.047

0.000

0.000

0.186

0.012

0.000

Kannada

24

15.00

0.000

0.268

0.214

0.339

0.339

0.411

0.000

0.179

0.732

0.089

0.000

0.000

0.179

0.036

0.000

Kashmiri

24

32.44

0.000

0.320

0.480

0.080

0.480

0.420

0.000

0.180

0.800

0.020

0.000

0.000

0.160

0.020

0.000

Konkani

43

15.00

0.000

0.115

0.192

0.346

0.308

0.288

0.000

0.080

0.860

0.060

0.000

0.000

0.096

0.058

0.000

Malayalam

25

10.00

0.000

0.130

0.222

0.333

0.426

0.315

0.000

0.148

0.759

0.093

0.000

0.000

0.148

0.000

0.000

Marathi

26

20.00

0.000

0.278

0.315

0.481

0.333

0.259

0.000

0.111

0.778

0.111

0.000

0.000

0.111

0.000

0.000

Marwari

25

27.00

0.006

0.265

0.243

0.265

0.423

0.296

0.008

0.186

0.758

0.044

0.000

0.003

0.193

0.019

0.003

Oriya

27

20.00

0.019

0.192

0.231

0.250

0.308

0.346

0.000

0.231

0.692

0.077

0.000

0.000

0.231

0.000

0.000

Parsi

25

19.00

0.020

0.280

0.180

0.240

0.320

0.440

0.000

0.240

0.660

0.100

0.000

0.000

0.240

0.020

0.000

Punjabi

28

30.40

0.017

0.155

0.241

0.259

0.379

0.345

0.034

0.259

0.690

0.017

0.000

0.000

0.241

0.000

0.017

Tamil

29

11.00

0.018

0.161

0.321

0.143

0.429

0.393

0.018

0.232

0.714

0.036

0.000

0.000

0.232

0.054

0.018

Telugu

28

16.00

0.000

0.229

0.271

0.167

0.354

0.229

0.000

0.229

0.688

0.063

0.021

0.000

0.229

0.000

0.000

FST

0.016

0.008

0.002

0

0.011

0.010

0.006

0.013

0.009

0.013

p-value

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1


Gender

Female

237

0.002

0.241

0.241

0.295

0.390

0.316

0.008

0.191

0.733

0.066

0.002

0

0.192

0.017

0.006

Male

339

0.013

0.224

0.254

0.236

0.385

0.320

0.004

0.192

0.753

0.049

0

0.001

0.193

0.016

0.003

FST

0

0.041

0.046

0

0.052

0.052

0

0.052

0.052

0.037

p-value

1

0.839

0.830

1

0.820

0.820

1

0.819

0.820

0.847


Population

Cohort

576

0.009

0.231

0.248

0.260

0.387

0.319

0.006

0.192

0.745

0.056

0.001

0.001

0.193

0.016

0.004

Standard Error

0.002

0.016

0.021

0.025

0.017

0.017

0.003

0.014

0.015

0.007

0.001

1.85 × 10-4

0.013

0.005

0.002

HWE Constant

4.98 × 10-5

0.003

0.001

0.013

0.004

0.001

0.009

0.016

2.50 × 10-4

1.94 × 10-5

p-value

1

0.720

1

0.100

0.658

1

0.213

0.014

1

1

Welch modified t-test:

Africa

5.57 × 10-9

8.44 × 10-3

4.55 × 10-10

0.151

0.172

Europe

7.16 × 10-6

0.003

0.790

3.19 × 10-4

1.57 × 10-4

0.036

0.724

0.067

Middle East

1.94 × 10-9

0.007

Central/South Asia

0.006

4.65 × 10-5

1.16 × 10-6

4.89 × 10-14

0.432

1.37 × 10-7

0.007

East Asia

4.64 × 10-10

1.19 × 10-9

Americas

0.029

1.18 × 10-5

1.56 × 10-5

0.136

Oceania

1.17 × 10-8

0.002


P-values significant at <0.05 are shown in bold.

°N = degrees of latitude north of the equator.

Pemberton et al. BMC Genetics 2008 9:13   doi:10.1186/1471-2156-9-13

Open Data