Table 2

Haplotype distribution of P. infestans for Avr3a, Ras, β-tubulin and Cox1.

Avr3a

Ras

β-tubulin

Cox 1


Position

1

2

2

2

2

2

2

2

3

4

1

1

1

2

3

3

4

4

4

5

6

1

3

4

4

5

5

7

8

8

8

4

4

6

4

5

8

0

0

2

3

4

6

8

0

1

6

9

0

1

6

0

1

4

6

7

9

8

3

3

6

3

5

2

7

2

4

7

0

0

1

1

2

4

2

3

5

3

0

2

0

8

2

4

4

9

5

3

8

5

2

2

3

2

8

2

1

7

7

5

6

0

3

2

5

0

4

8

9

4

1

2

5

1

5

6

0

Site

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

1

Number

1

2

3

4

5

6

7

8

9

0

1

2

1

2

3

4

5

6

7

8

9

0

1

2

3

1

2

3

4

5

6

7

8

9

0

1

2

3

1

2

3

4

Consensus

A

T

A

A

C

A

A

G

G

A

T

C

C

G

A

A

A

G

G

G

G

T

G

T

T

C

C

C

A

C

T

G

C

T

T

C

A

T

G

A

G

C

Site Type

v

v

v

v

t

t

t

t

v

t

v

v

t

v

v

t

t

t

v

t

v

t

t

t

v

t

t

t

t

t

t

t

t

v

t

t

v

v

v

t

v

t

Character Type

_

i

_

_

_

_

i

_

_

_

i

i

i

-

i

i

i

i

i

i

i

i

i

i

i

i

i

i

i

i

i

i

i

i

i

-

-

i

-

-

-

-

H1

(80)

.

A

.

.

.

.

G

.

.

.

G

A

H1

(19)

T

T

C

G

.

A

.

.

.

.

A

C

A

H1

(68)

.

.

.

.

.

.

.

T

.

C

.

.

.

H2

(1)

C

.

.

.

H2

(1)

T

A

.

.

.

.

G

.

.

.

G

A

H2

(178)

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

H2

(1)

T

T

T

G

T

.

.

.

G

.

.

.

.

H1

(94)

.

.

.

T

H3

(2)

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

H3

(2)

.

.

.

.

.

.

T

A

.

C

.

.

.

H3

(1)

T

T

.

.

.

.

.

.

.

C

.

.

G

H5

(43)

.

.

.

.

H4

(1)

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

A

H4

(14)

.

.

.

.

.

.

.

A

.

.

.

.

.

H4

(1)

T

T

T

G

T

C

A

.

G

.

.

.

G

H4

(1)

.

.

C

.

H5

(2)

.

.

T

C

.

.

.

.

.

.

.

.

H5

(1)

.

.

.

.

.

.

.

A

T

C

.

.

.

H5

(1)

.

.

.

G

.

C

A

.

.

.

.

.

.

H3

(3)

.

G

.

.

H6

(2)

.

.

.

.

T

G

.

A

T

G

.

.

H6

(20)

.

.

.

.

.

.

.

A

.

C

.

.

.

H6

(1)

.

.

.

.

T

.

.

.

.

.

.

.

.

H7

(1)

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

C

.

H7

(11)

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

H8

(1)

T

.

C

G

.

A

.

.

.

.

A

C

A

H8

(3)

.

.

.

.

.

.

.

.

.

C

.

.

.

H9

(1)

.

.

.

.

G

.

.

.

.

.

.

.

.

H9

(11)

.

.

.

.

.

.

.

T

.

.

.

.

.

H10

(1)

.

.

.

.

G

.

.

A

.

C

.

.

.

H10

(3)

.

.

.

.

.

.

.

T

.

C

T

C

.

H11

(1)

.

.

.

.

G

.

.

A

T

.

.

.

.

H11

(2)

.

.

.

.

.

.

.

T

.

C

.

.

G

H12

(2)

.

.

.

.

.

.

T

.

.

.

.

.

.

H13

(10)

.

.

.

.

.

.

.

.

.

.

A

C

A


t: transitions; v: transversions; i: informative sites; -: uninformative sites; H: Haplotype.

Cárdenas et al. BMC Genetics 2011 12:23   doi:10.1186/1471-2156-12-23

Open Data