Table 1

Paired Fst values using 93 AIMs and random sets of 3500 SNPsa

CHB

YAK

FIL

AJA

IRISH

SWED

PAL

MAYA

COL

PYG

YRI

BAL

BUR

KAL

UYG

MEL

PAP


CHBb

0.040

0.012

0.260

0.311

0.310

0.246

0.223

0.191

0.461

0.470

0.176

0.142

0.221

0.074

0.147

0.186

YAK

0.029

0.040

0.198

0.249

0.247

0.187

0.268

0.224

0.503

0.506

0.118

0.083

0.153

0.041

0.152

0.162

FIL

0.014

0.043

0.234

0.285

0.289

0.219

0.248

0.217

0.440

0.452

0.149

0.110

0.199

0.062

0.124

0.153

AJA

0.108

0.087

0.106

0.014

0.017

0.014

0.459

0.450

0.487

0.504

0.027

0.061

0.035

0.091

0.250

0.234

IRISH

0.112

0.089

0.111

0.011

0.007

0.033

0.492

0.493

0.520

0.539

0.059

0.096

0.069

0.129

0.308

0.294

SWED

0.109

0.087

0.108

0.012

0.002

0.030

0.492

0.492

0.527

0.467

0.069

0.102

0.066

0.129

0.317

0.302

PAL

0.111

0.091

0.108

0.010

0.019

0.020

0.459

0.443

0.467

0.484

0.022

0.051

0.051

0.084

0.240

0.236

MAYA

0.109

0.104

0.119

0.133

0.131

0.128

0.140

0.030

0.598

0.602

0.398

0.380

0.432

0.308

0.408

0.415

COL

0.125

0.120

0.137

0.146

0.143

0.141

0.152

0.035

0.672

0.661

0.373

0.352

0.420

0.268

0.407

0.415

PYG

0.217

0.214

0.221

0.173

0.184

0.182

0.160

0.260

0.276

0.031

0.471

0.503

0.511

0.496

0.481

0.497

YRI

0.191

0.186

0.192

0.146

0.159

0.156

0.133

0.232

0.247

0.048

0.483

0.497

0.522

0.504

0.477

0.495

BAL

0.093

0.074

0.091

0.018

0.021

0.021

0.016

0.125

0.136

0.168

0.138

0.013

0.014

0.040

0.176

0.169

BUR

0.082

0.065

0.083

0.027

0.030

0.029

0.027

0.122

0.136

0.183

0.152

0.008

0.041

0.017

0.170

0.172

KAL

0.116

0.100

0.116

0.047

0.046

0.044

0.049

0.145

0.159

0.201

0.172

0.035

0.040

0.065

0.233

0.226

UYG

0.035

0.028

0.042

0.035

0.035

0.034

0.036

0.095

0.109

0.182

0.152

0.021

0.017

0.049

0.141

0.158

MEL

0.139

0.149

0.140

0.153

0.157

0.155

0.156

0.208

0.232

0.259

0.232

0.146

0.146

0.169

0.130

0.088

PAP

0.170

0.177

0.175

0.169

0.173

0.170

0.172

0.228

0.258

0.271

0.245

0.164

0.168

0.186

0.155

0.105


a. The Paired Fst value were determined using the Weir and Cockerham algorithm [9]. Above the diagonal of identity the Fst values were determined using the 93 SNP AIMs. Below the diagonal is the mean determined from three nonoverlapping sets of 3500 SNPs.

b. Population group abreviations included Chinese from Beijing (CHB) from HapMap data, Yakut (YAK), Filipino (FIL), Ashkenazi American (AJA), Swedish (SWED), Maya (MAYA), Palestinian (PAL), Columbian (COL), Mbuti Pygmy (PYG), YRI (Yorubon, HapMap data), Balochi (BAL), Burusho (BUR), Kalash (KAL), Uygur (UYG), Melanesian (MEL) and Papuan (PAP).

Nassir et al. BMC Genetics 2009 10:39   doi:10.1186/1471-2156-10-39

Open Data