Table 1

Summary of phylogenetic analyses of Rafflesiales using different data partitions and methods of analysis.

3-Gene*

3-Gene

nuSSU rDNA

nuSSU rDNA

matR

matR

atp1

atp1


Parsimony

Bayesian

Parsimony constrained

Likelihood constrained

Parsimony

Likelihood & Bayesian

Parsimony

Likelihood & Bayesian


Mitrastema

Malvales

Ericales

Malvales

Ericales

Ericales

Ericales

    Caryophyllales

    Caryophyllales

Cytinus

Malvales

Malvales

Malvales

Malvales

Malvales

Malvales

Malvales

Malvales

Bdallophyton

Malvales

Malvales

Malvales

Malvales

Malvales

Malvales

Malvales

Malvales

Apodanthes

N/A

N/A

N/A

N/A

    Cucurbitales

    Cucurbitales

    Polemonium

    Polemonium

Pilostyles

Malvales

Malvales

Malvales

Malvales

    Cucurbitales

    Cucurbitales

    Fabales

    Fabales

Berlinianche

N/A

N/A

N/A

N/A

N/A

N/A

    Ericales/Fabales

    Ericales/Fabales

Rafflesia

Malvales

Malpighiales

Malvales

Malpighiales

Malpighiales

Malpighiales

Eudicots

Eudicots

Rhizanthes

Malvales

Malpighiales

Malvales

Malpighiales

Malpighiales

Malpighiales

Eudicots

Eudicots

Sapria

Malvales

Malpighiales

Malvales

Malpighiales

Malpighiales

Malpighiales

Eudicots

Eudicots


*Nuclear SSU rDNA plus chloroplast rbcL &atpB.

    Possible HGT events

Long-branch artifact

Nickrent et al. BMC Evolutionary Biology 2004 4:40   doi:10.1186/1471-2148-4-40

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