Table 3

Summary of cladistic relationships of the polyploid alleles that are highly supported at the species level (mapped in Figures2,3,4and5)
Species Number of accessions/species examined Clade 1 + 2 Clade 3 Clade 4
Solanum acaule 310923, 472648, 473485 No allele from clade 1 + 2 with BS = 0.85 Precise origin not identified, but at least 1 allele with BS = 0.96. S. lignicaule; S. candolleanum and S. raphanifolium clade
S. albicans 230494, 365305, 365376 No allele with BS ≥ 0.70 S. hypacrarthrum S. candolleanum and S. raphanifolium clade
561642 No allele with BS = 0.84 S. chilliasense and S. piurae clade; S. chomatophilum S. candolleanum and S. raphanifolium clade
S. demissum 225711, 275206, 275211, 498012, 545763, 558482 No allele with BS ≥ 0.82 Precise origin not identified, but at least 1 allele with BS > 0.96 for all accessions S. berthaultii; S. verrucosum; S. candolleanum and S. raphanifolium clade
161719 S. trifidum Precise origin not identified, but at least 1 allele with BS = 0.95 S. berthaultii, S. verrucosum, S. candolleanum and S. raphanifolium clade
S. agrimonifolium, S. colombianum 243350, 558372, 561633, 583325 No allele with BS ≥ 0.91 S. andreanum and S. albornozii clade S. laxissimum, S. limbaniense, and S. violaceimarmoratum clade
S. moscopanum 567812, 567843 No allele with BS ≥ 0.92 S. andreanum and S. albornozii clade; S. chomatophilum S. laxissimum, S. limbaniense, and S. violaceimarmoratum clade
S. hougasii 161174, 161726, 558402, 558422, 239423 S. stenophyllidium; S. trifidum (ambiguous for 239423) S. andreanum and S. albornozii clade S. berthaultii, S. verrucosum
S. iopetalum 275181, 275182, 498021, 498251, 558405, 558409, 607850 No allele with BS ≥ 0.90 S. andreanum and S. albornozii clade S. berthaultii, S. verrucosum; S. laxissimum, S. limbaniense, and S. violaceimarmoratum clade
S. schenckii 275261, 498040, 498250, 558458, S. polyadenium; S. stenophyllidium; S. trifidum S. andreanum and S. albornozii clade S. berthaultii; S. verrucosum
545733 S. polyadenium; S. trifidum S. andreanum and S. albornozii clade S. berthaultii; S. verrucosum
558456 S. stenophyllidium No allele from clade 3 with BS = 0.99 S. berthaultii; S. verrucosum
S. hjertingii 186559, 251067, 498019, 498050, 545713, 570625 S. stenophyllidium No allele with BS ≥ 0.84 S. berthaultii; S. verrucosum
S. stoloniferum 275252, 283101, 497994, 498028, 545740, 558395, 558453 No allele with BS ≥ 0.84 S. berthaultii; S. verrucosum
S. stoloniferum 558454, 545787 No allele with BS ≥ 0.83 S. chomatophilum (species origin within the clade ambiguous for 545787) S. candolleanum and S. raphanifolium clade
S. stoloniferum 558466 S. polyadenium, S. trifidum S. andreanum and S. albornozii clade S. berthaultii; S. verrucosum

The origin placements that are ambiguous at the species level but well supported at the clade level are also indicated.

Cai et al.

Cai et al. BMC Evolutionary Biology 2012 12:70   doi:10.1186/1471-2148-12-70

Open Data