Table 5

Rejection rates of H0 for CADM comparing data sets simulated on identical trees (CMI = 2, M = 2), with different evolutionary parameters (GTR model with different s or α, for each data set).

s = 0.02

s = 0.4

α = 0.06

α = 0.8168

α = 200


n

L

α: 200 vs. 0.06

α: 200 vs. 0.8168

α: 200 vs. 0.06

α: 200 vs. 0.8168

s: 0.02 vs. 0.4

s: 0.02 vs. 0.4

s: 0.02 vs. 0.4


10

1000

0.866

0.939

0.993

1.000

0.949

0.998

0.999

(0.845-0.887)

(0.924-0.954)

(0.988-0.998)

-

(0.935-0.963)

(0.995-1.000)

(0.997-1.000)

5000

1.000

1.000

1.000

1.000

1.000

1.000

1.000

-

-

-

-

-

-

-

10 000

1.000

1.000

1.000

1.000

1.000

1.000

1.000

-

-

-

-

-

-

-

20 000

1.000

1.000

1.000

1.000

1.000

1.000

1.000

-

-

-

-

-

-

-


25

1000

0.927

0.965

1.000

1.000

0.992

1.000

1.000

(0.911-0.943)

(0.954-0.976)

-

-

(0.986-0.998)

-

-

5000

1.000

1.000

1.000

1.000

1.000

1.000

1.000

-

-

-

-

-

-

-

10 000

1.000

1.000

1.000

1.000

1.000

1.000

1.000

-

-

-

-

-

-

-

20 000

1.000

1.000

1.000

1.000

1.000

1.000

1.000

-

-

-

-

-

-

-


50

1000

0.945

0.980

1.000

1.000

0.999

1.000

1.000

(0.931-0.959)

(0.971-0.989)

-

-

(0.997-1.000)

-

-

5000

1.000

1.000

1.000

1.000

1.000

1.000

1.000

-

-

-

-

-

-

-

10 000

1.000

1.000

1.000

1.000

1.000

1.000

1.000

-

-

-

-

-

-

-

20 000

1.000

1.000

1.000

1.000

1.000

1.000

1.000

-

-

-

-

-

-

-


Rejection rates are given at a significance level of 0.05, with 95% confidence intervals in parentheses. Calculated from 1000 replicates.

Campbell et al. BMC Evolutionary Biology 2011 11:64   doi:10.1186/1471-2148-11-64

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