Table 1

Overall performance of ElliPro in comparison with other methods^#.

ElliPro (radius 6Å)

PPI-PRED

PatchDock

ClusPro (DOT)

Best prediction (score 0.5)

Average (score 0.5)

1st prediction (score 0.7)

ProMate (patch)

1st patch

best patch

1st model

best model of top 10

1st model

best model of top 10

CEP (average)

DiscoTope (-7.7)

Overall statistics

sensitivity

0.601

0.165

0.093

0.091

0.153

0.331

0.300

0.425

0.258

0.453

0.310

0.416

1-specificity

0.138

0.109

0.047

0.083

0.161

0.135

0.135

0.114

0.079

0.067

0.223

0.214

precision

0.291

0.119

0.158

0.101

0.083

0.188

0.175

0.262

0.235

0.390

0.110

0.155

accuracy

0.840

0.832

0.879

0.841

0.780

0.819

0.816

0.846

0.863

0.892

0.739

0.754

AUC

0.732

0.528

0.523

0.504

0.496

0.598

0.583

0.656

0.589

0.693

0.544

0.601

P-value

0.00E+00

1.37E-04

9.52E-06

2.74E-01

1.0E+00

7.8E-30

9.0E-23

0.0E+00

7.9E-34

0.0E+00

4.3E-06

4.1E-25

Statistics averaged over epitopes

sensitivity

0.58 ± 0.25

0.17 ± 0.10

0.10 ± 0.20

0.09 ± 0.17

0.15 ± 0.24

0.34 ± 0.32

0.29 ± 0.26

0.42 ± 0.29

0.25 ± 0.31

0.46 ± 0.28

0.34 ± 0.28

0.43 ± 0.31

1-specificity

0.12 ± 0.10

0.11 ± 0.04

0.05 ± 0.03

0.08 ± 0.03

0.16 ± 0.07

0.14 ± 0.07

0.15 ± 0.06

0.13 ± 0.07

0.10 ± 0.07

0.08 ± 0.05

0.28 ± 0.20

0.22 ± 0.15

precision

0.44 ± 0.22

0.13 ± 0.06

0.16 ± 0.28

0.11 ± 0.20

0.10 ± 0.17

0.21 ± 0.24

0.19 ± 0.20

0.30 ± 0.25

0.25 ± 0.33

0.41 ± 0.29

0.11 ± 0.08

0.18 ± 0.12

accuracy

0.85 ± 0.08

0.82 ± 0.05

0.87 ± 0.05

0.83 ± 0.05

0.77 ± 0.07

0.81 ± 0.08

0.80 ± 0.08

0.83 ± 0.09

0.84 ± 0.09

0.88 ± 0.07

0.69 ± 0.17

0.74 ± 0.12

AUC

0.73 ± 0.11

0.53 ± 0.03

0.53 ± 0.10

0.51 ± 0.09

0.50 ± 0.13

0.60 ± 0.17

0.57 ± 0.14

0.64 ± 0.17

0.58 ± 0.17

0.69 ± 0.15

0.53 ± 0.08

0.60 ± 0.13

# – best prediction, patch, or model corresponds to the most significant (minimal P-value) of the predicted epitopes

Ponomarenko et al. BMC Bioinformatics 2008 9:514   doi:10.1186/1471-2105-9-514