<mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
<mml:semantics> <mml:mrow> <mml:msub> <mml:mi>C</mml:mi>
<mml:mrow> <mml:mi>i</mml:mi>
<mml:mi>j</mml:mi>
</mml:mrow>
</mml:msub>
<mml:mo>=</mml:mo>
<mml:mrow> <mml:mo>{</mml:mo>
<mml:mrow> <mml:mtable columnalign="left"> <mml:mtr columnalign="left"> <mml:mtd columnalign="left"> <mml:mn>1</mml:mn>
</mml:mtd>
<mml:mtd columnalign="left"> <mml:mrow> <mml:mtext>if&#160;amino&#160;acid&#160;i&#160;and&#160;j&#160;are&#160;in&#160;contact</mml:mtext>
</mml:mrow>
</mml:mtd>
</mml:mtr>
<mml:mtr columnalign="left"> <mml:mtd columnalign="left"> <mml:mn>0</mml:mn>
</mml:mtd>
<mml:mtd columnalign="left"> <mml:mrow> <mml:mtext>otherwise</mml:mtext>
</mml:mrow>
</mml:mtd>
</mml:mtr>
</mml:mtable>
</mml:mrow>
</mml:mrow>
<mml:mtext>&#160;&#160;&#160;&#160;&#160;</mml:mtext>
<mml:mrow> <mml:mo>(</mml:mo>
<mml:mn>1</mml:mn>
<mml:mo>)</mml:mo>
</mml:mrow>
</mml:mrow>
</mml:semantics>
</mml:math>