Table 3

The stemloc grammar, part 2 of 3: bulges.

L

R

(L R)


LBulge

xyLBulgeMatch

(1 - loopGapOpen)

|

yLBulgeIns

loopGapOpen/2

|

xLBulgeDel

loopGapOpen/2

LBulgeMatch

xyLBulgeMatch

(1 - loopGapOpen) loopExtend

|

yLBulgeIns

loopGapOpen/2

|

xLBulgeDel

loopGapOpen/2

|

Stem

(1 - loopGapOpen)(1 - loopExtend)

LBulgeIns

xyLBulgeMatch

(1 - loopGapExtend)(1 - loopGapSwap) loopExtend

|

yLBulgeIns

loopGapExtend

|

xLBulgeDel

(1 - loopGapExtend) loopGapSwap

|

Stem

(1 - loopGapExtend)(1 - loopGapSwap) (1 - loopExtend)

LBulgeDel

xyLBulgeMatch

(1 - loopGapExtend)(1 - loopGapSwap) loopExtend

|

xLBulgeDel

loopGapExtend

|

yLBulgeIns

(1 - loopGapExtend) loopGapSwap

|

Stem

(1 - loopGapExtend)(1 - loopGapSwap) (1 - loopExtend)

RBulge

xyRBulgeMatch

(1 - loopGapOpen)

|

yRBulgeIns

loopGapOpen/2

|

xRBulgeDel

loopGapOpen/2

RBulgeMatch

xyRBulgeMatch

(1 - loopGapOpen) loopExtend

|

yRBulgeIns

loopGapOpen/2

|

xRBulgeDel

loopGapOpen/2

|

Stem

(1 - loopGapOpen) (1 - loopExtend)

RBulgeIns

xyRBulgeMatch

(1 - loopGapExtend)(1 - loopGapSwap) loopExtend

|

yRBulgeIns

loopGapExtend

|

xRBulgeDel

(1 - loopGapExtend) loopGapSwap

|

Stem

(1 - loopGapExtend)(1 - loopGapSwap) (1 - loopExtend)

RBulgeDel

xyRBulgeMatch

(1 - loopGapExtend)(1 - loopGapSwap) loopExtend

|

xRBulgeDel

loopGapExtend

|

yRBulgeIns

(1 - loopGapExtend) loopGapSwap

|

Stem

(1 - loopGapExtend)(1 - loopGapSwap) (1 - loopExtend)

LRBulge

xyLRBulgeMatch

(1 - loopGapOpen)

|

yLRBulgeIns

loopGapOpen/2

|

xLRBulgeDel

loopGapOpen/2

LRBulgeMatch

xyLRBulgeMatch

(1 - loopGapOpen) loopExtend

|

yLRBulgeIns

loopGapOpen/2

|

xLRBulgeDel

loopGapOpen/2

|

RBulge

(1 - loopGapOpen) (1 - loopExtend)

LRBulgeIns

xyLRBulgeMatch

(1 - loopGapExtend)(1 - loopGapSwap) loopExtend

|

yLRBulgeIns

loopGapExtend

|

xLRBulgeDel

(1 - loopGapExtend) loopGapSwap

|

RBulge

(1 - loopGapExtend)(1 - loopGapSwap) (1 - loopExtend)

LRBulgeDel

xyLRBulgeMatch

(1 - loopGapExtend)(1 - loopGapSwap) loopExtend

|

xLRBulgeDel

loopGapExtend

|

yLRBulgeIns

(1 - loopGapExtend) loopGapSwap

|

RBulge

(1 - loopGapExtend)(1 - loopGapSwap) (1 - loopExtend)


Holmes BMC Bioinformatics 2005 6:73   doi:10.1186/1471-2105-6-73

Open Data