<mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML">
<mml:mtable class="eqnarray" columnalign="left"> <mml:mtr> <mml:mtd> <mml:mspace width="1em"/>
<mml:mtext mathvariant="italic">score</mml:mtext>
<mml:mo>(</mml:mo>
<mml:mtext mathvariant="italic">idx</mml:mtext>
<mml:mo>)</mml:mo>
<mml:mo>=</mml:mo>
</mml:mtd>
<mml:mtd> <mml:mtext mathvariant="italic">pscore</mml:mtext>
<mml:mo>(</mml:mo>
<mml:mtext mathvariant="italic">read</mml:mtext>
<mml:mn>1</mml:mn>
<mml:mo>[</mml:mo>
<mml:mtext mathvariant="italic">idx</mml:mtext>
<mml:mo>&#8230;</mml:mo>
<mml:mtext mathvariant="italic">readLen</mml:mtext>
<mml:mo>&#8722;</mml:mo>
<mml:mn>1</mml:mn>
<mml:mo>]</mml:mo>
<mml:mo>,</mml:mo>
<mml:mtext mathvariant="italic">adapter</mml:mtext>
<mml:mn>1</mml:mn>
<mml:mo>)</mml:mo>
</mml:mtd>
</mml:mtr>
<mml:mtr> <mml:mtd/>
<mml:mtd> <mml:mo>+</mml:mo>
<mml:mtext mathvariant="italic">pscore</mml:mtext>
<mml:mo>(</mml:mo>
<mml:mtext mathvariant="italic">read</mml:mtext>
<mml:mn>2</mml:mn>
<mml:mo>[</mml:mo>
<mml:mtext mathvariant="italic">idx</mml:mtext>
<mml:mo>&#8230;</mml:mo>
<mml:mtext mathvariant="italic">readLen</mml:mtext>
<mml:mo>&#8722;</mml:mo>
<mml:mn>1</mml:mn>
<mml:mo>]</mml:mo>
<mml:mo>,</mml:mo>
<mml:mtext mathvariant="italic">adapter</mml:mtext>
<mml:mn>2</mml:mn>
<mml:mo>)</mml:mo>
</mml:mtd>
</mml:mtr>
<mml:mtr> <mml:mtd/>
<mml:mtd> <mml:mo>+</mml:mo>
<mml:mtext mathvariant="italic">pscore</mml:mtext>
<mml:mo>(</mml:mo>
<mml:mtext mathvariant="italic">read</mml:mtext>
<mml:mn>1</mml:mn>
<mml:mo>[</mml:mo>
<mml:mn>0</mml:mn>
<mml:mo>&#8230;</mml:mo>
<mml:mtext mathvariant="italic">idx</mml:mtext>
<mml:mo>&#8722;</mml:mo>
<mml:mn>1</mml:mn>
<mml:mo>]</mml:mo>
<mml:mo>,</mml:mo>
</mml:mtd>
</mml:mtr>
<mml:mtr> <mml:mtd/>
<mml:mtd> <mml:mtext mathvariant="italic">revComp</mml:mtext>
<mml:mo>(</mml:mo>
<mml:mtext mathvariant="italic">read</mml:mtext>
<mml:mn>2</mml:mn>
<mml:mo>[</mml:mo>
<mml:mn>0</mml:mn>
<mml:mo>&#8230;</mml:mo>
<mml:mtext mathvariant="italic">idx</mml:mtext>
<mml:mo>&#8722;</mml:mo>
<mml:mn>1</mml:mn>
<mml:mo>]</mml:mo>
<mml:mo>)</mml:mo>
<mml:mo>)</mml:mo>
</mml:mtd>
</mml:mtr>
</mml:mtable>
</mml:math>