Table 2

Results after train and test on the two different input coding schemes.

MSA

MSA+SS


Spec

Sens

MCC

FPR

Spec

Sens

MCC

FPR


Oxidoreductase

0.90

0.89

0.87

0.02

0.88

0.88

0.86

0.02

Transferase

0.90

0.89

0.84

0.05

0.90

0.87

0.82

0.06

Hydrolase

0.89

0.92

0.84

0.07

0.87

0.91

0.82

0.08

Lyase

0.91

0.84

0.87

0.00

0.89

0.82

0.85

0.01

Isomerase

0.81

0.72

0.76

0.01

0.84

0.69

0.76

0.00

Ligase

0.89

0.85

0.86

0.01

0.87

0.84

0.85

0.01


GC

0.86

0.84


Q

0.96

0.96


Volpato et al. BMC Bioinformatics 2013 14(Suppl 1):S11   doi:10.1186/1471-2105-14-S1-S11

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