Table 3

Putative novel sRNA identified in M. haemolytica PHL213

sRNA_ID

Start

End

Length(bp)

Flanking gene (left)

Flanking gene (right)

Promoter (Strand)

BLASTN match


MHS1

219874

219955

82

MHA_0231|-

MHA_0232|lamB

Y(+)

MHS2

309458

309563

106

MHA_0300|-

MHA_0301|-

Y(+)

Haemophilus parasuis SH0165

MHS3

319131

319229

99

MHA_0307|era

MHA_0308|recO

Y(+)

Mannheimia granulomatis str. P1135/26

MHS4

353514

353599

86

MHA_0333|res

MHA_0334|gyrB

Y(+)

MHS5

428735

428820

86

MHA_0405|-

MHA_0406|-

Y(+)

Bacteriophage phi-MhaA1-BAA410

MHS6

601909

601989

81

MHA_0568|-

MHA_0569|-

Y(+)

Haemophilus parasuis SH0165

MHS7

694168

694238

71

MHA_0694|uppS

MHA_0695|-

Y(+)

MHS8

728194

728446

253

MHA_0724|-

MHA_0725|hemL

Y(+)

MHS9

760853

760946

94

MHA_0748|dnaA

MHA_0749|ccmA

Y(+)

MHS10

809903

810012

110

MHA_0806|-

MHA_0807|rluC

Y(+)

MHS11

849372

849453

82

MHA_0843|pstC

MHA_0844|pstS

Y(+)

MHS12

962811

962887

77

MHA_0957|-

MHA_0958|-

Y(+)

MHS13

1004733

1004837

105

MHA_1000|crp

MHA_1001|murB

Y(+)

MHS14

1006880

1006950

71

MHA_1003|-

MHA_1004|hxuA

Y(+)

MHS15

1111723

1111820

98

MHA_1103|-

MHA_1104|-

Y(+)

MHS16

1164081

1164188

108

MHA_1167|-

MHA_1168|-

Y(+)

Histophilus somni 2336

MHS17

1422454

1422537

84

MHA_1444|-

MHA_1445|-

Y(+)

MHS18

1427285

1427368

84

MHA_1449|-

MHA_1450|-

Y(+)

MHS19

1544002

1544093

92

MHA_1562|-

MHA_1563|dapA

Y(+)

MHS20

1576948

1577051

104

MHA_1597|-

MHA_1598|rpmE

Y(+)

MHS21

1580406

1580478

73

MHA_1601|-

MHA_1602|lon

Y(+)

MHS22

1590485

1590566

82

MHA_1610|-

MHA_1611|-

Y(+)

MHS23

1674686

1674757

72

MHA_1690|leuA

MHA_1691|-

Y(+)

MHS24

1705600

1705693

94

MHA_1719|-

MHA_1720|uspA

Y(+)

MHS25

1784761

1784848

88

MHA_1796|-

MHA_1797|-

Y(+)

MHS26

1842730

1842833

104

MHA_1864|rpoZ

MHA_1865|-

Y(+)

MHS27

1861740

1861815

76

MHA_1884|-

MHA_1885|-

Y(+)

MHS28

1872042

1872162

121

MHA_1892|-

MHA_1893|-

Y(+)

MHS29

1902920

1903001

82

MHA_1926|aroE

MHA_1927|uvrD

Y(+,-)

MHS30

1977320

1977411

92

MHA_2021|-

MHA_2022|-

Y(+)

MHS31

2054477

2054562

86

MHA_2099|ansB

MHA_2100|-

Y(+)

MHS32

2087705

2087940

236

MHA_2131|-

MHA_2132|-

Y(+)

MHS33

2135304

2135406

103

MHA_2171|mtlD

MHA_2172|-

Y(+)

Haemophilus ducreyi strain 35000 HP

MHS34

2141830

2141953

124

MHA_2185|tolQ

MHA_2186|tolR

Y(+)

MHS35

2233877

2234009

133

MHA_2261|hmbR2

MHA_2262|-

Y(+)

MHS36

2245148

2245226

79

MHA_2272|-

MHA_2273|purM

Y(+)

MHS37

2333531

2333628

98

MHA_2360|-

MHA_2361|gntK

Y(+)

MHS38

2438972

2439053

82

MHA_2487|nagB

MHA_2488|nagA

Y(+)

MHS39

2623678

2623787

110

MHA_2696|dinJ

MHA_2697|-

Y(+)

MHS40

2624952

2625021

70

MHA_2698|miaA

MHA_2699|hfq

Y(+)

MHS41

2646708

2646793

86

MHA_2712|-

MHA_2713|tpx

Y(+)

MHS42

2691938

2692007

70

MHA_2762|ansB

MHA_2763|pyrG

Y(+,-)

MHS43

2703602

2703676

75

MHA_2776|-

MHA_2777|trmU

Y(+)

Actinobacillus pleuropneumoniae serovar 3 str. JL03

MHS44

2755982

2756108

127

MHA_2824|mgsA

MHA_2825|thrC

Y(+)


Identified potential sRNA, their locus, length (bp), flanking genes, predicted promoter and its strand specificity, top BLASTN hit (if any).

Reddy et al. BMC Bioinformatics 2012 13(Suppl 15):S4   doi:10.1186/1471-2105-13-S15-S4

Open Data