Table 3

Gene selection stability according to stability index (lower = better)
gene selection method GSE2034 GSE11121 GSE1456 GSE2990 GSE4922 GSE7390 Median
PAM 0.237 0.282 0.259 0.302 0.281 0.277 0.279
sigGenNB 0.209 0.193 0.173 0.289 0.208 0.272 0.208
sigGenSVM 0.209 0.193 0.173 0.289 0.208 0.272 0.208
SCAD 0.245 0.265 0.268 0.232 0.229 0.251 0.247
HHSVM 0.212 0.191 0.210 0.199 0.197 0.205 0.202
RFE 0.285 0.298 0.295 0.287 0.293 0.291 0.292
RRFE 0.224 0.240 0.211 0.246 0.209 0.248 0.232
graphK 0.276 0.290 0.295 0.285 0.283 0.285 0.285
graphkKp 0.269 0.281 0.276 0.271 0.273 0.276 0.274
networkSVM 0.021 0.027 0.018 0.026 0.014 0.018 0.020
PAC 0.249 0.257 0.245 0.259 0.158 0.181 0.248
aveExpPath 0.189 0.192 0.156 0.294 0.190 0.237 0.191
HubClassify 0.215 0.095 0.073 0.106 0.138 0.120 0.113
pathBoost 0.200 0.206 0.247 0.199 0.235 0.213 0.210

Cun and Fröhlich

Cun and Fröhlich BMC Bioinformatics 2012 13:69   doi:10.1186/1471-2105-13-69

Open Data