Table 2

Results for representative epitope prediction by patch and protein docking methods

ProMate

PPI-PRED (1st patch)

PPI-PRED (best patch)

PatchDock 1st model

PatchDock best model of 10

ClusPro (DOT) 1st model

ClusPro (DOT) best model of 10

CEP

DiscoTope (-7.7)

antigen

epitope

antigen size

epitope size

sensitivity

ppv

sensitivity

ppv

sensitivity

ppv

sensitivity

ppv

Model #

sensitivity

ppv

sensitivity

ppv

Model#

sensitivity

ppv

N predictions

sensitivity

ppv

Sensitivity

ppv

Is in training set?&


2ADF:A

2adf_A_HL

196

15

0

0

0.8

0.67

0.8

0.67

0

0

4

0.4

0.29

0.67

0.5

1

0.67

0.5

7

0.27

0.14

0.07

0.11

-

2ADF:A

1fe8_B_IM

196

20

0

0

0.3

0.33

0.3

0.33

0

0

2

0.4

0.38

0.63

0.57

1

0.63

0.57

7

0.32

0.22

0.15

0.33

*

1AFV:A

1afv_A_HL

151

14

0

0

0.57

0.15

0.57

0.15

0.43

0.25

1

0.43

0.25

0

0

1

0

0

6

0.46

0.18

0.43

0.1

-

1BGX:T

1bgx_T_HL

832

52

0

0

0.02

0.01

0.33

0.11

0.79

0.77

1

0.79

0.77

NA

NA

17

0.08

0.1

0.37

0.16

-

1E6J:P

1e6j_P_HL

210

12

0

0

0.08

0.03

1

0.41

0

0

9

0.42

0.24

0

0

7

0.42

0.26

5

0.33

0.08

0

0

-

1EGJ:A

1egj_A_HL

101

11

0.27

0.27

0.64

0.44

0.64

0.44

0.27

0.11

1

0.27

0.11

0.73

0.8

1

0.73

0.8

1

1

0.13

0.91

0.16

*

1FSK:A

1fsk_A_CB

159

17

0

0

0.59

0.17

0.59

0.17

0.59

0.31

1

0.59

0.31

0

0

8

0.47

0.47

6

0.12

0.11

0.76

0.22

*

1H0D:C

1h0d_C_BA

123

17

0.65

0.85

0.06

0.05

0.59

1

0

0

10

0.53

0.5

0.59

0.56

1

0.59

0.56

5

0.44

0.16

0.35

0.13

*

1I9R:A

1i9r_A_HL

146

18

0

0

0

0

0

0

0.17

0.14

3

0.78

0.61

0.11

0.14

5

0.44

0.33

7

0.11

0.1

0.17

0.23

-

1IQD:C

1iqd_C_BA

156

16

0.19

0.23

0

0

0

0

0.31

0.14

5

0.94

0.83

0.38

0.32

1

0.38

0.32

5

0.07

0.04

0.56

0.3

*

1JRH:I

1jrh_I_HL

108

15

0.07

0.1

0.67

0.56

0.67

0.56

0.53

0.31

1

0.53

0.31

0.47

0.78

1

0.47

0.78

1

0.73

0.15

0.6

0.26

-

1LK3:A

1lk3_A_HL

160

18

0

0

0

0

0

0

0.11

0.1

2

0.67

0.57

0.22

0.27

5

0.56

0.62

5

0.17

0.14

0.61

0.32

*

1MHP:B

1mhp_B_XY

192

19

0

0

0

0

0.47

0.33

0.74

0.61

1

0.74

0.61

0.68

0.76

1

0.68

0.76

2

0.11

0.13

0.53

0.27

-

1NL0:G

1nl0_G_HL

51

7

0

0

0

0

0

0

0.29

0.25

1

0.29

0.25

0.2

0.07

2

1

0.5

1

0.71

0.42

0.57

0.33

-

1NSN:S

1nsn_S_HL

149

18

0

0

0

0

0.39

0.33

0.5

0.45

1

0.5

0.45

0

0

4

0.28

0.28

3

0.06

0.03

0.39

0.14

-

1OAZ:A

1oaz_A_HL

123

17

0.35

0.5

0.59

0.32

0.59

0.32

0.65

0.46

1

0.65

0.46

0.82

0.82

1

0.82

0.82

5

0.59

0.23

0.29

0.2

*

1ORQ:C

1orq_C_BA

223

14

0

0

0

0

0.5

0.14

0

0

7

0.5

0.26

0.29

0.33

1

0.29

0.33

6

0.54

0.09

0

0

-

1ORS:C

1ors_C_BA

132

10

0.6

0.46

0

0

0.7

0.3

0.2

0.08

4

0.6

0.24

0.4

0.24

1

0.4

0.24

4

0.78

0.11

0

0

*

1PKQ:E

1pkq_E_BA

139

17

0.35

0.5

0.3

0.31

0.3

0.31

0.35

0.21

3

0.65

0.55

0.06

0.06

8

0.29

0.29

8

0.44

0.15

0.47

0.24

-

1RJL:C

1rjl_C_BA

95

13

0

0

0

0

0

0

0.31

0.19

6

0.69

0.39

0

0

1

0

0

5

0.58

0.14

0.54

0.23

-

1SY6:A

1sy6_A_HL

204

11

0

0

0

0

0

0

0

0

1

0

0

0

0

3

0.45

0.24

8

0.3

0.1

0.91

0.14

-

1TZI:V

1tzi_V_BA

102

4

0

0

0

0

0.75

0.3

0

0

1

0

0

0.5

0.09

6

0.75

0.14

3

1

0.05

0.5

0.05

-

1WEJ:F

1wej_F_HL

105

11

0

0

0

0

0

0

0.18

0.11

4

0.73

0.44

0.45

0.36

1

0.45

0.36

5

0.1

0.03

0.45

0.09

-

1YJD:C

1yjd_C_HL

140

14

0.14

0.17

0.5

0.64

0.5

0.64

0.57

0.36

1

0.57

0.36

0

0

4

0.64

0.32

6

0.36

0.11

0.21

0.16

-

1YNT:F

1ynt_F_BA

254

19

0

0

0

0

0.79

0.58

0

0

1

0

0

0.74

0.88

1

0.74

0.88

16

0.11

0.1

0

0

-

1YY9:A

1yy9_A_DC

624

20

0

0

0

0

0

0

0

0

1

0

0

NA

NA

22

0

0

0.2

0.07

-

1ZA3:R

1za3_R_HL

134

15

0.13

0.2

0.47

0.41

0.47

0.41

0.73

0.39

1

0.73

0.39

0

0

2

1

0.88

5

0.57

0.2

0.13

0.25

-

1ZTX:E

1ztx_E_HL

108

16

0.06

0.09

0

0

0

0

0.38

0.24

3

0.44

0.37

0

0

3

0.56

0.45

1

0.75

0.16

0.19

0.21

-

2JEL:P

2jel_P_HL

85

15

0

0

0

0

0

0

0

0

3

0.4

0.38

0

0

5

0.47

0.37

5

0.43

0.14

0.07

0.2

-

1A14:N

1a14_N_HL

388

17

0

0

0

0

0.35

0.18

0.18

0.12

6

0.47

0.33

0

0

1

0

0

11

0

0

0.76

0.2

*

1A14:N

1nca_N_HL

388

21

0

0

0

0

0.52

0.33

0

0

4

1

0.81

0

0

5

0.86

0.86

11

0

0

0.62

0.2

*

1RJC:B

1bvk_C_BA

129

17

0

0

0.12

0.09

0.47

0.47

0.06

0.05

1

0.06

0.05

0

0

3

0.76

0.65

3

0.24

0.1

0.29

0.23

*

1RJC:B

1jhl_A_HL

129

11

0

0

0.27

0.13

0.27

0.13

0

0

2

0.82

0.36

0

0

5

0.45

0.33

3

0.1

0.03

0.27

0.14

*

1RJC:B

1ndg_C_BA

129

21

0.29

0.46

0.38

0.35

0.38

0.35

0.57

0.55

1

0.57

0.55

0

0

2

0.33

0.33

3

0.43

0.23

0.33

0.32

*

1RJC:B

1p2c_C_BA

129

18

0.11

0.15

0.17

0.13

0.17

0.13

0.28

0.25

9

0.33

0.33

0.17

0.21

2

0.67

0.6

3

0.56

0.26

0.5

0.41

*

1JPS:T

1jps_T_HL

219

21

0.05

0.1

0.14

0.09

0.14

0.09

0.05

0.04

2

0.57

0.32

0.86

0.9

1

0.86

0.9

7

0.25

0.13

0.33

0.19

*

1AR1:B

1ar1_B_CD

298

16

0

0

0.06

0.03

0.06

0.03

0.06

0.04

1

0.06

0.04

0

0

1

0

0

12

0.13

0.05

0

0

*

1EO8:A

1eo8_A_HL

328

15

0

0

0

0

0.87

0.23

0

0

1

0

0

0

0

1

0

0

14

0.07

0.03

0

0

*

1EO8:A

1ken_A_HL

328

16

0

0

0.69

0.23

0.69

0.23

0

0

1

0

0

0

0

1

0

0

14

0.13

0.06

0.56

0.13

-

1EO8:A

1qfu_A_HL

328

19

0

0

0

0

0.84

0.29

0

0

7

0.21

0.17

0

0

3

0.21

0.27

14

0.11

0.05

0.11

0.03

*

1EO8:A

2vit_C_BA

328

18

0

0

0.33

0.13

0.33

0.13

0.22

0.02

2

1

0.1

0

0

10

0.22

0.33

14

0.18

0.08

0.17

0.04

-

1EZV:E

1ezv_E_XY

185

17

0

0

0

0

0

0

0.18

0.09

7

0.53

0.53

0

0

1

0

0

7

0.31

0.07

1

0.29

*

1OSP:O

1osp_O_HL

257

19

0

0

0.05

0.02

0.05

0.02

0

0

4

0.63

0.31

0

0

1

0

0

14

0.17

0.07

0.53

0.17

*

1OSP:O

1fj1_F_BA

257

17

0

0

0

0

0.71

0.24

0

0

5

0.59

0.3

0.29

0.56

1

0.29

0.56

14

0.25

0.09

0.47

0.14

*

1FNS:A

1fns_A_HL

196

12

0

0

0

0

0

0

0.17

0.07

6

0.42

0.21

0

0

8

0.33

0.22

7

0

0

0.67

0.3

*

1G9M:G

1g9m_G_HL

321

12

0

0

0.67

0.12

0.67

0.12

0.08

0.02

2

0.33

0.1

0.5

0.29

1

0.5

0.29

14

0.18

0.05

0.08

0.01

*

1G9M:G

2b4c_G_HL

321

17

0

0

0.75

0.13

0.75

0.13

0.71

0.21

1

0.71

0.21

0.29

0.21

1

0.29

0.21

14

0.09

0.03

0.08

0.01

-

1R3J:C

1r3j_C_BA

124

13

0

0

0

0

0

0

0.31

0.15

5

0.85

0.85

0.85

0.92

1

0.85

0.92

4

0.42

0.11

0.08

0.09

*

1N8Z:C

1n8z_C_BA

607

17

0.24

0.07

0.3

0.38

0.3

0.38

0.24

0.09

1

0.24

0.09

NA

NA

18

0.18

0.1

0.12

0.05

*

1N8Z:C

1s78_B_FE

607

23

0

0

0

0

0

0

0

0

1

0

0

NA

NA

18

0.05

0.03

0.22

0.12

-

1NFD:D

1nfd_D_HG

239

13

0

0

0

0

0.92

0.32

0.15

0.06

1

0.15

0.06

0

0

5

0.31

0.18

13

0.25

0.08

0.77

0.16

*

1TQB:A

1tqb_A_BC

102

18

0

0

0.28

0.29

0.67

0.57

0.56

0.53

1

0.56

0.53

0.17

0.2

3

0.5

0.53

2

0.11

0.08

0.78

0.21

*

1TXV:A

1txv_A_HL

452

19

0

0

0

0

0

0

0

0

1

0

0

0

0

7

0.53

0.53

18

0.11

0.06

0.53

0.17

*

1V7M:V

1v7m_V_HL

163

17

0

0

0

0

0.35

0.32

0.41

0.39

1

0.41

0.39

0.35

0.38

1

0.35

0.38

6

0.31

0.15

0.06

0.11

-

1XIW:A

1xiw_A_DC

105

18

0

0

0

0

0

0

1

0.86

1

1

0.86

0.83

0.79

1

0.83

0.79

26

0

0

0.88

0.43

-

1XIW:F

1xiw_F_DC

79

10

0.1

0.14

0

0

0

0

0.1

0.05

8

0.6

0.32

0.1

0.07

1

0.1

0.07

26

0

0

0.4

0.44

-

1Z3G:A

1z3g_A_HL

186

19

0.12

0.11

0.35

0.17

0.35

0.17

0.53

0.3

1

0.53

0.3

0

0

8

0.26

0.25

10

0.25

0.11

0.35

0.35

-

2AEP:A

2aep_A_HL

395

21

0

0

0

0

0.48

0.3

0

0

1

0

0

0.05

0.05

1

0.05

0.05

18

0.1

0.07

0.14

0.05

-

1R0A:B

1r0a_B_HL

429

11

0.73

0.08

0.73

0.08

0.36

0.15

1

0.36

0.15

0

0

1

0

0

10

0

0

1

0.06

*


'NA' means that results for the protein were not obtained.

Significant predictions (p ≤ 0.05) are shown in bold.

& – Epitopes used in the DiscoTope training set are indicated by an asterisk; those not used in the training set are indicated by a hyphen.

Ponomarenko and Bourne BMC Structural Biology 2007 7:64   doi:10.1186/1472-6807-7-64

Open Data