Table 2

List of pairs in RIPC set

SCOP Domains

Lengths

SCOP Classification

Type

Dom1

Dom2

L1

L2

SeqID

Dom1

Dom2

Ref


I R

d1he9a_

d1nfn__

134

132

22.6

a.24.11.1

a.24.1.1

no

I C

d1hcy_2

d1lnlb1

263

307

13.9

a.86.1.1

a.86.1.1

yes

I R

d1afra_

d1jkua_

345

266

19.2

a.25.1.2

a.25.1.3

no

I

d1ay9b_

d1b12a_

108

239

20.0

b.87.1.1

b.87.1.2

yes

I

d1hx6a1

d1p2za2

230

312

16.5

b.121.2.1

b.121.2.2

no

I

d1b09a_

d1dy4a_

206

434

18.4

b.29.1.5

b.29.1.10

no

I R

d1olza2

d2trcb_

474

340

17.8

b.69.12.1

b.69.4.1

no

I

d1gbg__

d1ovwa_

214

398

19.5

b.29.1.2

b.29.1.10

yes

I

d1ed9a_

d1p49a_

449

548

18.8

c.76.1.1

c.76.1.2

no

I R

d1xyza_

d2hvm__

320

273

17.7

c.1.8.3

c.1.8.5

no

I

d1crl__

d1ede__

534

310

22.0

c.69.1.17

c.69.1.8

yes

I R

d1cpo_1

d1cpo_2

120

179

14.8

a.39.3.1

a.39.3.1

no

I C

d1jj7a_

d1lvga_

251

190

21.1

c.37.1.12

c.37.1.1

yes

I

d2adma_

d2hmyb_

386

327

15.3

c.66.1.27

c.66.1.26

yes

I C

d1lzy__

d148le_

129

162

18.1

d.2.1.2

d.2.1.3

no

I

d1an9a1

d1npx_1

247

198

19.3

c.4.1.2

c.3.1.5

yes

I C

d1dmaa_

d1lt3a_

204

226

21.3

d.166.1.1

d.166.1.1

no

I

d1bmld3

d2sak__

88

121

22.2

d.15.5.1

d.15.5.1

no

I

d1ng4a2

d3cox_2

88

130

17.7

d.16.1.3

d.16.1.1

no

I

d1aqza_

d1a2pa_

142

108

16.0

d.1.1.3

d.1.1.2

no

P R

d1nk1__

d1qdma1

78

77

24.3

a.64.1.1

a.64.1.2

yes

P

d1d5ra1

d1rsy__

133

135

21.8

b.7.1.1

b.7.1.2

no

P

d1nls__

d2bqpa_

237

228

43.9

b.29.1.1

b.29.1.1

yes

P

d1qasa2

d1rsy__

126

135

26.4

b.7.1.1

b.7.1.2

yes

P C

d1b6a_1

d1bia_1

74

63

25.7

a.4.5.25

a.4.5.1

no

P R

d1b5ta_

d1k87a2

275

351

17.5

c.1.23.1

c.1.23.2

yes

P I

d1jwyb_

d1puja_

281

261

20.2

c.37.1.8

c.37.1.8

yes

P I

d1jwyb_

d1u0la2

281

212

19.5

c.37.1.8

c.37.1.8

yes

P I

d1nw5a_

d2adma_

270

386

16.4

c.66.1.11

c.66.1.27

yes

P C

d1gsa_1

d2hgsa1

122

102

15.6

c.30.1.3

c.30.1.4

yes

P I

d1qq5a_

d3chy__

245

128

20.2

c.108.1.1

c.23.1.1

yes

P I

d1kiaa_

d1nw5a_

275

270

19.9

c.66.1.5

c.66.1.11

yes

C R

d1aj3__

d2spca_

98

107

22.2

a.7.1.1

a.7.1.1

no

C R

d2bbma_

d4cln__

148

148

100.0

a.39.1.5

a.39.1.5

yes

C R

d1dlia1

d1mv8a1

98

98

26.3

a.100.1.4

a.100.1.4

yes

I C

d1hava_

d1kxf__

216

159

20.1

b.47.1.4

b.47.1.3

yes

C

d1l5ba_

d1l5ea_

101

101

100.0

b.89.1.1

b.89.1.1

yes

I C

d1adl__

d1mup__

131

157

14.1

b.60.1.2

b.60.1.1

no

C

d1ggga_

d1wdna_

220

223

100.0

c.94.1.1

c.94.1.1

yes

I C

d1d5fa_

d1nd7a_

350

374

34.6

d.148.1.1

d.148.1.1

yes


Type: Type of difficulty for alignment algorithms. R: Repetitions, I: Insertions, P: Permutation, C: Conformational changes. SeqID: Sequence identity in percent. Ref: A reference alignment is available to evaluate alignment accuracy.

Mayr et al. BMC Structural Biology 2007 7:50   doi:10.1186/1472-6807-7-50

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