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List of the significantly dysregulated NF-KB-related genes in IBCs relative to non IBCs |
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| GENES |
non IBC (n = 22) |
IBC (n = 35) |
pb |
Metastases (n = 24) |
pc |
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| Upregulated genes in IBC |
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| CXCL12 |
1,0 (0,3–8,1)a |
6,2 (0,3–1) |
0,0000048 |
1,5 (0,1–20,1) |
0,2 (NS) |
| PTGS2/COX2 |
1,0 (0,2–28,7) |
8,1 (0,2–62,6) |
0,000013 |
8,9 (0,1–397,2) |
0,000018 |
| CCND2 |
1,0 (0,2–4,8) |
2,8 (0,5–15,3) |
0,000025 |
0,7 (0,1–15,3) |
0,14 (NS) |
| MCL1L |
1,0 (0,5–7,8) |
2 (0,6–5,8) |
0,000035 |
1,1 (0,2–4,7) |
0,74 (NS) |
| TNFAIP3/A20 |
1,0 (0,4–2,7) |
2,6 (0,3–12,8) |
0,000042 |
0,9 (0,2–9,1) |
0,83 (NS) |
| GADD45B |
1,0 (0,1–12,4) |
2,9 (0,1–7,3) |
0,000059 |
1,1 (0,2–7,5) |
0,19 (NS) |
| FASLG |
1,0 (0,1–2,5) |
1,8 (0,3–5,6) |
0,00011 |
0,7 (0,1–7,2) |
0,28 (NS) |
| CXCL1/GRO1 |
1,0 (0,1–108,7) |
5,8 (0,2–73,4) |
0,00016 |
5,3 (0,1–149,2) |
0,0026 |
| MCL1S |
1,0 (0,3–3,1) |
2,5 (0,5–9,2) |
0,00018 |
1,4 (0,3–7,0) |
0,12 (NS) |
| NFKB1 |
1,0 (0,4–11,1) |
2,1 (0,2–8,0) |
0,00025 |
0,8 (0,2–2,9) |
0,92 (NS) |
| CCND3 |
1,0 (0,5–3,5) |
1,5 (0,7–24,4) |
0,00038 |
0,8 (0,3–3,3) |
0,22 (NS) |
| SELE |
1,0 (0,1–3,5) |
3,4 (0,2–212,0) |
0,00053 |
0,7 (0,0–21,7) |
0,15 (NS) |
| TNC |
1,0 (0,1–30,3) |
2,9 (0,3–33,4) |
0,00051 |
0,8 (0,1–16,2) |
0,29 (NS) |
| VCAM1 |
1,0 (0,4–4,0) |
2,1 (0,9–16,3) |
0,00051 |
1,1 (0,1–7,0) |
0,92 (NS) |
| CD40 |
1,0 (0,3–4,0) |
2,7 (0,2–48,0) |
0,00076 |
0,7 (0,1–9,6) |
0,07 (NS) |
| CSF1R |
1,0 (0,2–3,8) |
2,1 (0,3–25,4) |
0,0012 |
0,6 (0,1–3,1) |
0,028 |
| CD48 |
1,0 (0,06–8,39) |
3,07 (0,05–46,98) |
0,0017 |
0,54 (0,02–6,41) |
0,036 |
| TNFSF11/RANKL |
1,0 (0,10–6,0) |
4,2 (0,3–358,3) |
0,0019 |
0,9 (0,1–19,1) |
0,86 (NS) |
| IER3L |
1,0 (0,1–4,8) |
2,7 (0,2–19,2) |
0,0022 |
1,1 (0,1–27,6) |
0,80 (NS) |
| TNFRSF11A/RANK |
1,0 (0,2–3,4) |
1,7 (0,1–30,1) |
0,003 |
1,2 (0,1–14,2) |
0,66 (NS) |
| RELA |
1,0 (0,3–4,5) |
1,3 (0,6–4,5) |
0,0031 |
0,9 (0,3–2,3) |
0,65 (NS) |
| CCL2/MCP-1 |
1,0 (0,2–3,6) |
2,1 (0,5–8,0) |
0,0039 |
1,4 (0,1–10,5) |
0,21 (NS) |
| IKBKG |
1,0 (0,4–10,2) |
1,4 (0,6–5,2) |
0,0057 |
0,7 (0,2–3,7) |
0,039 |
| TNFRSF10B/TRAILR2 |
1,0 (0,2–2,8) |
1,4 (0,3–5,2) |
0,0067 |
1,1 (0,1–12,3) |
0,76 (NS) |
| NFKBIB |
1,0 (0,5–6,7) |
1,6 (0,4–7,0) |
0,0074 |
0,8 (0,3–5,3) |
0,58 (NS) |
| ICAM1 |
1,0 (0,2–4,3) |
1,9 (0,2–19,0) |
0,0083 |
0,9 (0,1–28,1) |
0,38 (NS) |
| CD40LG |
1,0 (0,1–5,0) |
2,6 (0,1–30,3) |
0,0096 |
0,7 (0,1–3,1) |
0,03 |
| CSF1 |
1,0 (0,1–3,9) |
1,8 (0,3–11,7) |
0,0096 |
0,6 (0,1–2,9) |
0,044 |
| PLAU/UPA |
1,0 (0,2–16,2) |
2,0 (0,4–17,6) |
0,011 |
0,7 (0,1–18,7) |
0,21 (NS) |
| NFKB2 |
1,0 (0,3–3,2) |
1,4 (0,4–10,8) |
0,018 |
0,6 (0,2–4,7) |
0,07(NS) |
| IL15 |
1,0 (0,00–7,08) |
1,72 (0,12–9,67) |
0,021 |
1,40 (0,06–8,48) |
0,20 (NS) |
| GBP1 |
1,0 (0,17–3,71) |
1,35 (0,34–7,06) |
0,032 |
0,78 (0,13–9,64) |
0,99 (NS) |
| REL |
1,0 (0,3–3,3) |
1,4 (0,2–6,6) |
0,039 |
0,5 (0,2–1,5) |
0,002 |
| SOD2 |
1,0 (0,43–3,89) |
1,34 (0,26–7,96) |
0,042 |
1,16 (0,40–4,01) |
0,38 (NS) |
| CHUK |
1,0 (0,4–2,4) |
1,1 (0,5–4,6) |
0,048 |
0,7 (0,2–2,1) |
0,25 (NS) |
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| Downregulated gene in IBC |
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| BIRC4/XIAP |
1,0 (0,2–4,0) |
0,6 (0,1–1,7) |
0,026 |
0,9 (0,2–15,0) |
0,56 (NS) |
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| MKI67 |
1,0 (0,4–2,8) |
1,1 (0,2–9,4) |
0,37 (NS) |
1,1 (0,1–1327,8) |
0,46 (NS) |
| ESR1/ERa |
1,0 (0,0–23,2) |
0,2 (0,0–7,9) |
0,070 (NS) |
0,1 (0,0–163,5) |
0,13 (NS) |
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a Median (range) of gene mRNA levels b Mann-Whitney U test: IBC vs non IBC C Mann-Whitney U test: Metastases vs non IBC | |||||
Lerebours et al. BMC Cancer 2008 8:41 doi:10.1186/1471-2407-8-41 |
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