Table 2

List of the significantly dysregulated NF-KB-related genes in IBCs relative to non IBCs

GENES

non IBC (n = 22)

IBC (n = 35)

pb

Metastases (n = 24)

pc


Upregulated genes in IBC

CXCL12

1,0 (0,3–8,1)a

6,2 (0,3–1)

0,0000048

1,5 (0,1–20,1)

0,2 (NS)

PTGS2/COX2

1,0 (0,2–28,7)

8,1 (0,2–62,6)

0,000013

8,9 (0,1–397,2)

0,000018

CCND2

1,0 (0,2–4,8)

2,8 (0,5–15,3)

0,000025

0,7 (0,1–15,3)

0,14 (NS)

MCL1L

1,0 (0,5–7,8)

2 (0,6–5,8)

0,000035

1,1 (0,2–4,7)

0,74 (NS)

TNFAIP3/A20

1,0 (0,4–2,7)

2,6 (0,3–12,8)

0,000042

0,9 (0,2–9,1)

0,83 (NS)

GADD45B

1,0 (0,1–12,4)

2,9 (0,1–7,3)

0,000059

1,1 (0,2–7,5)

0,19 (NS)

FASLG

1,0 (0,1–2,5)

1,8 (0,3–5,6)

0,00011

0,7 (0,1–7,2)

0,28 (NS)

CXCL1/GRO1

1,0 (0,1–108,7)

5,8 (0,2–73,4)

0,00016

5,3 (0,1–149,2)

0,0026

MCL1S

1,0 (0,3–3,1)

2,5 (0,5–9,2)

0,00018

1,4 (0,3–7,0)

0,12 (NS)

NFKB1

1,0 (0,4–11,1)

2,1 (0,2–8,0)

0,00025

0,8 (0,2–2,9)

0,92 (NS)

CCND3

1,0 (0,5–3,5)

1,5 (0,7–24,4)

0,00038

0,8 (0,3–3,3)

0,22 (NS)

SELE

1,0 (0,1–3,5)

3,4 (0,2–212,0)

0,00053

0,7 (0,0–21,7)

0,15 (NS)

TNC

1,0 (0,1–30,3)

2,9 (0,3–33,4)

0,00051

0,8 (0,1–16,2)

0,29 (NS)

VCAM1

1,0 (0,4–4,0)

2,1 (0,9–16,3)

0,00051

1,1 (0,1–7,0)

0,92 (NS)

CD40

1,0 (0,3–4,0)

2,7 (0,2–48,0)

0,00076

0,7 (0,1–9,6)

0,07 (NS)

CSF1R

1,0 (0,2–3,8)

2,1 (0,3–25,4)

0,0012

0,6 (0,1–3,1)

0,028

CD48

1,0 (0,06–8,39)

3,07 (0,05–46,98)

0,0017

0,54 (0,02–6,41)

0,036

TNFSF11/RANKL

1,0 (0,10–6,0)

4,2 (0,3–358,3)

0,0019

0,9 (0,1–19,1)

0,86 (NS)

IER3L

1,0 (0,1–4,8)

2,7 (0,2–19,2)

0,0022

1,1 (0,1–27,6)

0,80 (NS)

TNFRSF11A/RANK

1,0 (0,2–3,4)

1,7 (0,1–30,1)

0,003

1,2 (0,1–14,2)

0,66 (NS)

RELA

1,0 (0,3–4,5)

1,3 (0,6–4,5)

0,0031

0,9 (0,3–2,3)

0,65 (NS)

CCL2/MCP-1

1,0 (0,2–3,6)

2,1 (0,5–8,0)

0,0039

1,4 (0,1–10,5)

0,21 (NS)

IKBKG

1,0 (0,4–10,2)

1,4 (0,6–5,2)

0,0057

0,7 (0,2–3,7)

0,039

TNFRSF10B/TRAILR2

1,0 (0,2–2,8)

1,4 (0,3–5,2)

0,0067

1,1 (0,1–12,3)

0,76 (NS)

NFKBIB

1,0 (0,5–6,7)

1,6 (0,4–7,0)

0,0074

0,8 (0,3–5,3)

0,58 (NS)

ICAM1

1,0 (0,2–4,3)

1,9 (0,2–19,0)

0,0083

0,9 (0,1–28,1)

0,38 (NS)

CD40LG

1,0 (0,1–5,0)

2,6 (0,1–30,3)

0,0096

0,7 (0,1–3,1)

0,03

CSF1

1,0 (0,1–3,9)

1,8 (0,3–11,7)

0,0096

0,6 (0,1–2,9)

0,044

PLAU/UPA

1,0 (0,2–16,2)

2,0 (0,4–17,6)

0,011

0,7 (0,1–18,7)

0,21 (NS)

NFKB2

1,0 (0,3–3,2)

1,4 (0,4–10,8)

0,018

0,6 (0,2–4,7)

0,07(NS)

IL15

1,0 (0,00–7,08)

1,72 (0,12–9,67)

0,021

1,40 (0,06–8,48)

0,20 (NS)

GBP1

1,0 (0,17–3,71)

1,35 (0,34–7,06)

0,032

0,78 (0,13–9,64)

0,99 (NS)

REL

1,0 (0,3–3,3)

1,4 (0,2–6,6)

0,039

0,5 (0,2–1,5)

0,002

SOD2

1,0 (0,43–3,89)

1,34 (0,26–7,96)

0,042

1,16 (0,40–4,01)

0,38 (NS)

CHUK

1,0 (0,4–2,4)

1,1 (0,5–4,6)

0,048

0,7 (0,2–2,1)

0,25 (NS)


Downregulated gene in IBC

BIRC4/XIAP

1,0 (0,2–4,0)

0,6 (0,1–1,7)

0,026

0,9 (0,2–15,0)

0,56 (NS)


MKI67

1,0 (0,4–2,8)

1,1 (0,2–9,4)

0,37 (NS)

1,1 (0,1–1327,8)

0,46 (NS)

ESR1/ERa

1,0 (0,0–23,2)

0,2 (0,0–7,9)

0,070 (NS)

0,1 (0,0–163,5)

0,13 (NS)


a Median (range) of gene mRNA levels

b Mann-Whitney U test: IBC vs non IBC

C Mann-Whitney U test: Metastases vs non IBC

Lerebours et al. BMC Cancer 2008 8:41   doi:10.1186/1471-2407-8-41

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