Table 1 |
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Acid/base expression ratios under oxygen limitation (4-fold or higher) |
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Acid up-regulated: log2 ratio |
Base up-regulated: log2 ratio |
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|
|
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|
pH 5.7/7.0 |
pH 7.0/8.5 |
pH 5.7/8.5 |
pH 5.7/7.0 |
pH 7.0/8.5 |
pH 5.7/8.5 |
||||||
|
|
|||||||||||
|
gadA |
4.89 |
tdcB2 |
3.17 |
hycA |
4.75 |
ompF2 |
-3.71 |
gadA |
-3.46 |
cpxP2 |
-4.32 |
|
aidB |
4.56 |
srlA1 |
3.16 |
adiC |
4.52 |
proV2 |
-2.77 |
cpxP2 |
-3.29 |
b3913 |
-4.07 |
|
yhiM |
4.55 |
tdcD |
3.15 |
hycE |
3.70 |
yfdI1 |
-2.72 |
b39132 |
-3.14 |
sdhC1 |
-3.36 |
|
adiC |
4.10 |
srlB1 |
3.06 |
adiA |
3.67 |
borD2 |
-2.71 |
bdm |
-2.98 |
mutL2 |
-3.17 |
|
sufB |
3.84 |
cadB |
3.02 |
citE |
3.60 |
sdaC2 |
-2.57 |
rmf2 |
-2.57 |
proV2 |
-3.11 |
|
gadC |
3.73 |
mdtJ1 |
2.91 |
yagU1 |
3.60 |
sdhD1 |
-2.47 |
gadB |
-2.50 |
borD2 |
-2.94 |
|
adiA |
3.67 |
srlD1 |
2.87 |
citD |
3.49 |
nmpC2 |
-2.40 |
gadC |
-2.44 |
yfdI1 |
-2.66 |
|
sufC |
3.61 |
srlE1 |
2.86 |
hydN |
3.41 |
b2974 |
-2.28 |
gadE |
-2.23 |
yccA2 |
-2.64 |
|
slp |
3.47 |
lacA |
2.53 |
yeiA |
3.38 |
pppA2 |
-2.10 |
rcsA1 |
-2.23 |
ymgB |
-2.62 |
|
cbpM |
3.45 |
tdcC |
2.50 |
gatD1 |
3.29 |
ymgB |
-2.19 |
ymgD |
-2.49 |
||
|
gadB |
3.21 |
gatD1 |
2.45 |
gatC1 |
3.12 |
ycfS2 |
-2.17 |
rcsA1 |
-2.43 |
||
|
narH |
3.20 |
fimA1 |
2.38 |
yeiT |
3.12 |
yjbJ |
-2.16 |
ycfS2 |
-2.42 |
||
|
cbpA |
3.19 |
hycA |
2.30 |
cadB |
3.08 |
osmB2 |
-2.12 |
dctA |
-2.41 |
||
|
gadE |
3.19 |
cadA1 |
2.28 |
adiY |
3.06 |
glpD |
-2.05 |
tgt2 |
-2.39 |
||
|
mdtE |
3.17 |
fimC1 |
2.18 |
cadA1 |
3.06 |
katE |
-2.01 |
yeaC1 |
-2.35 |
||
|
narG |
3.12 |
ykgA1 |
2.09 |
mdtJ1 |
3.02 |
mutL2 |
-1.99 |
yebE2 |
-2.31 |
||
|
yegP |
3.07 |
argO1 |
2.08 |
aidB |
3.01 |
htpX2 |
-2.27 |
||||
|
ybaS |
2.88 |
tdcF |
2.05 |
yhiM |
2.89 |
malM |
-2.24 |
||||
|
cfa1 |
2.83 |
nrfB |
2.05 |
appC |
2.88 |
mltD |
-2.22 |
||||
|
hyaF |
2.82 |
ompF2 |
2.04 |
appB |
2.75 |
oppB1 |
-2.19 |
||||
|
ygeW |
2.82 |
yagU1 |
2.03 |
ygeW |
2.73 |
aceA |
-2.15 |
||||
|
gadW |
2.70 |
gatC1 |
2.03 |
ykgA1 |
2.68 |
bdm |
-2.14 |
||||
|
citE |
2.69 |
nrfB |
2.62 |
b1172 |
-2.07 |
||||||
|
gadX |
2.66 |
hyaF |
2.58 |
fdoG1 |
-2.04 |
||||||
|
citD |
2.65 |
yccD |
2.55 |
ompT1 |
-2.03 |
||||||
|
ybeL |
2.65 |
gatA1 |
2.46 |
||||||||
|
fbaB |
2.62 |
hycD |
2.45 |
||||||||
|
dctR |
2.60 |
gatB1 |
2.37 |
||||||||
|
mdtF |
2.58 |
appY |
2.33 |
||||||||
|
narJ |
2.58 |
appA |
2.32 |
||||||||
|
sufA |
2.55 |
gatR |
2.32 |
||||||||
|
yccJ |
2.54 |
nemA1 |
2.31 |
||||||||
|
ybaT |
2.49 |
yjdK |
2.31 |
||||||||
|
dps1 |
2.47 |
cfa |
2.27 |
||||||||
|
hyaD |
2.47 |
hyaD |
2.27 |
||||||||
|
hycA |
2.45 |
hyaA |
2.26 |
||||||||
|
appB |
2.44 |
cbpA |
2.23 |
||||||||
|
appC |
2.44 |
uspD1 |
2.23 |
||||||||
|
yjbJ |
2.42 |
lysC1 |
2.20 |
||||||||
|
hyaC |
2.41 |
hycF |
2.19 |
||||||||
|
flgD1 |
2.40 |
gatZ |
2.16 |
||||||||
|
wrbA |
2.39 |
hyaC |
2.16 |
||||||||
|
adiY |
2.37 |
hyaB |
2.14 |
||||||||
|
hyaE |
2.36 |
hycB |
2.11 |
||||||||
|
yhcO |
2.36 |
nrfA |
2.06 |
||||||||
|
sufD |
2.35 |
srlD1 |
2.06 |
||||||||
|
hyaA |
2.33 |
hyaE |
2.02 |
||||||||
|
hyaB |
2.32 |
yiiS1 |
2.02 |
||||||||
|
uspB |
2.32 |
||||||||||
|
yeiA |
2.32 |
||||||||||
|
hdeD |
2.30 |
||||||||||
|
yjbQ1 |
2.30 |
||||||||||
|
yeiT |
2.28 |
||||||||||
|
ivy |
2.26 |
||||||||||
|
yhiD |
2.26 |
||||||||||
|
yjjU1 |
2.26 |
||||||||||
|
appA |
2.24 |
||||||||||
|
yebV |
2.24 |
||||||||||
|
ybhE |
2.20 |
||||||||||
|
psiF2 |
2.19 |
||||||||||
|
sra1 |
2.13 |
||||||||||
|
hycE |
2.10 |
||||||||||
|
yqjE |
2.08 |
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|
yehE |
2.06 |
||||||||||
|
ydiH1 |
2.03 |
||||||||||
|
yqjD2 |
2.03 |
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|
yjdI |
2.02 |
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|
hydN |
2.01 |
||||||||||
|
yeaQ1 |
2.01 |
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1Acid-induced with aeration [2] 2Base-induced with aeration [2] |
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Hayes et al. BMC Microbiology 2006 6:89 doi:10.1186/1471-2180-6-89 |
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