Table 3

Sequences analysis of V3 region of 16S rRNA gene from PCR-DGGE
OL group CS group
Band No Nearest cultured relative (GenBank accession No) %a Band No Nearest cultured relative (GenBank accession No) %a
O-1 C. populeti (NR026103) 99 C-1 P. ruminicola (NR044632) 98
O-2 P. salivae (NR024816) 93 C-2 P. loescheii (NR043216) 96
O-3 St. pasteurianus (NR043660) 100 C-3 C. populeti (NR026103) 98
O-4 P. dentalis (NR029284) 94 C-4 P. pleuritidis (NR041541) 94
O-5 P. salivae (NR024816) 96 C-5 C. populeti (NR026103) 98
O-6 P. denticola (NR042842) 95 C-6 P. pleuritidis (NR041541) 94
O-7 P. oulorum (NR029147) 94 C-7 P. corporis (NR044627) 94
O-8 P. buccalis (NR044630) 94 C-8 P. buccalis (NR044630) 94
O-9 E. cellulosolvens (NR026106) 98 C-9 P. dentalis (NR029284) 95
O-10 S. dextrinosolvens (NR026476) 98 C-10 S. dextrinosolvens (NR026476) 98
O-11 P. salivae (NR024816) 95 C-11 P. dentalis (NR029284) 93
O-12 M. indoligenes (NR043775) 97 C-12 P. melaninogenica (NR042843) 95
O-13 Ps. ruminis (NR026315) 99 C-13 G. mesophilus (NR041450) 88
O-14 P. oulorum (NR029147) 94 C-14 E. cellulosolvens (NR026106) 98
O-15 P. dentalis (NR029284) 94 C-15 P. dentalis (NR029284) 95
O-16 P. histicola (NR044407) 95 C-16 P. loescheii (NR043216) 93
O-17 P. dentalis (NR029284) 95 C-17 P. salivae (NR024816) 88
O-18 St. pasteurianus (NR043660) 100 C-18 Cp. utactus (NR044049) 98
O-19 P. dentalis (NR029284) 96 C-19 D. acidaminovorans (NR029034) 92
O-20 P. dentalis (NR029284) 96 C-20 D. acidaminovorans (NR029034) 92
C-21 E. ruminantium (NR024661) 93
C-22 G. esophilus (NR041450) 91
C-23 P. copri (NR040877) 92
C-24 Ca. cynodegmi (NR043063) 88
C-25 P. copri (NR040877) 93
C-26 P. dentalis (NR029284) 94
C-27 B. uniformis (NR040866) 94

C Clostridium, E Eubacterium, P Prevotella, S Succinivibrio, St Streptococcus, M Moryella, Ps Pseudobutyrivibrio, Cp Coprococcus, G Galbibacter, Ca Capnocytophaga, B Bacteroides, D Dethiosulfovibrio, a sequence similarity.

Li et al.

Li et al. BMC Microbiology 2013 13:151   doi:10.1186/1471-2180-13-151

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