Table 1

Overlap Ratios for discriminating transmembrane segments from non-transmembrane segments in membrane proteins as a function of window length (W.L.).

W.L.

HKD

HEi

HEn

HLD

PG

PZ

Bulk.

Flex.

Elec.


31

0.249

0.221

0.260

0.198

0.249

0.211

0.423

0.294

0.504

29

0.232

0.197

0.241

0.183

0.223

0.223

0.397

0.278

0.499

27

0.231

0.203

0.213

0.194

0.232

0.232

0.412

0.266

0.462

25

0.238

0.198

0.227

0.178

0.215

0.269

0.393

0.269

0.411

23

0.217

0.204

0.219

0.177

0.208

0.233

0.385

0.258

0.434

21

0.209

0.204

0.215

0.166

0.216

0.197

0.370

0.252

0.379

19

0.214

0.222

0.220

0.199

0.224

0.235

0.415

0.259

0.389

17

0.201

0.252

0.218

0.199

0.219

0.206

0.393

0.259

0.442

15

0.191

0.195

0.201

0.214

0.224

0.193

0.356

0.283

0.456

13

0.216

0.203

0.217

0.178

0.203

0.189

0.325

0.283

0.500

11

0.210

0.199

0.228

0.185

0.204

0.168

0.346

0.277

0.493

9

0.231

0.205

0.222

0.200

0.232

0.280

0.396

0.299

0.562


Here HKD, HEi, HEn, HLD indicate the Kyte-Doolittle, Eisenberg-Schwarz-Komaromy-Wall, Engelman-Steitz-Goldman, and Liu-Deber hydropathy scales, respectively, PG, Pz indicate the Grantham and Zimmerman-Eliezer-Simha polarity scales, respectively, Bulk. = bulkiness, Flex. = flexibility, and Elec. = electronic effects.

Reproduced with permission from [38]

Yang et al. BMC Genomics 2008 9(Suppl 1):S7   doi:10.1186/1471-2164-9-S1-S7

Open Data