Table 2

Frequency table (counts and relative proportions) of the ten most common motifs from perfect and imperfect microsatellites under the same minimum length constraints used in Table 1 found in the non-redundant rice genome (IRGSPnr), rice gene index (Osgi), barley gene index (Hvgi) and wheat's gene index (Tagi).

IRGSPnr

Osgi

Hvgi

Tagi


SSRLength

motif

prop.

count

motif

prop.

count

motif

prop.

count

motif

prop.

count


> = 12

CCG

0.18

34238

CCG

0.32

8309

CCG

0.19

3415

CCG

0.20

6643

AG

0.08

14603

AGG

0.10

2501

AGG

0.09

1536

AGG

0.08

2720

AT

0.06

11594

ACG

0.06

1677

AGC

0.07

1250

AGC

0.07

2506

AGG

0.05

10534

AGC

0.06

1583

AAG

0.04

730

AAC

0.05

1805

ACG

0.04

7151

AG

0.04

1074

AG

0.04

714

AG

0.04

1463

AGC

0.03

6576

ACC

0.04

1031

ACG

0.04

668

AAG

0.04

1305

AAG

0.03

4889

AAG

0.04

994

ACC

0.03

604

ACC

0.03

1184

AAAAG

0.02

4809

ATC

0.02

604

ATC

0.03

446

ACG

0.03

1162

AAAT

0.02

4756

ATCG

0.01

341

AGGGG

0.02

426

ATC

0.02

758

ACC

0.02

4517

AAAG

0.01

270

AGGG

0.02

391

AC

0.02

749


> = 14

CCG

0.16

17881

CCG

0.33

4622

CCG

0.18

1717

CCG

0.19

3270

AG

0.09

10293

AGG

0.09

1277

AGG

0.07

716

AGG

0.07

1256

AT

0.08

9385

AG

0.06

822

AGC

0.06

607

AGC

0.07

1190

AGG

0.05

5343

ACG

0.06

776

AG

0.06

543

AG

0.07

1140

AAAAG

0.04

4809

AGC

0.05

774

AGGGG

0.04

426

AAC

0.05

907

AAAAT

0.03

3221

AAG

0.03

482

AAG

0.04

359

AAG

0.03

559

ACG

0.03

3178

ACC

0.03

478

ACG

0.03

287

AC

0.03

530

AGC

0.03

2995

ATC

0.02

273

ACC

0.02

236

ACG

0.03

479

AGAGG

0.02

2627

CCGCG

0.02

249

AC

0.02

231

ACC

0.03

478

AAG

0.02

2448

AGAGG

0.02

248

CCCCG

0.02

224

ATC

0.02

322


> = 16

AT

0.15

8334

CCG

0.32

2238

CCG

0.17

784

CCG

0.17

1452

AG

0.14

7931

AG

0.10

674

AG

0.09

424

AG

0.11

951

CCG

0.14

7820

AGG

0.09

643

AGC

0.07

317

AGC

0.07

560

AGG

0.04

2438

AGC

0.05

354

AGG

0.07

316

AGG

0.06

542

AC

0.03

1714

ACG

0.05

339

AAG

0.04

186

AC

0.05

413

AAAG

0.03

1457

AAG

0.04

249

AC

0.04

175

AAC

0.04

344

AGC

0.03

1421

ACC

0.03

218

AGGG

0.03

154

AAG

0.03

291

AAT

0.02

1403

AT

0.02

127

AGGGG

0.03

150

ACG

0.03

221

AAAT

0.02

1390

ATC

0.02

114

ACC

0.02

115

AGGG

0.02

203

ACG

0.02

1345

ATCG

0.02

112

ACG

0.02

110

ACC

0.02

202


> = 18

CCG

0.19

7820

CCG

0.39

2238

CCG

0.23

784

CCG

0.23

1452

AT

0.17

7103

AGG

0.11

643

AG

0.09

318

AG

0.12

753

AG

0.14

5580

AG

0.09

503

AGC

0.09

317

AGC

0.09

560

AGG

0.06

2438

AGC

0.06

354

AGG

0.09

316

AGG

0.09

542

AGC

0.03

1421

ACG

0.06

339

AAG

0.05

186

AAC

0.05

344

AAT

0.03

1403

AAG

0.04

249

AGGGG

0.04

150

AAG

0.05

291

ACG

0.03

1345

ACC

0.04

218

AC

0.04

124

AC

0.04

267

AAG

0.03

1228

ATC

0.02

114

ACC

0.03

115

ACG

0.04

221

AC

0.03

1133

AT

0.02

100

ACG

0.03

110

ACC

0.03

202

AAAAG

0.03

1131

AGAGG

0.01

66

ATC

0.02

83

ATC

0.02

145


> = 20

AT

0.22

6360

CCG

0.32

1032

CCG

0.16

383

CCG

0.15

625

AG

0.14

4055

AG

0.12

385

AG

0.11

251

AG

0.15

618

CCG

0.12

3431

AGG

0.10

317

AGC

0.07

170

AGG

0.06

262

AGG

0.04

1190

AGC

0.05

156

AGGGG

0.06

150

AGC

0.06

250

AAAAG

0.04

1131

ACG

0.04

143

AGG

0.06

139

AAC

0.06

249

AAT

0.04

1121

AAG

0.04

134

AAG

0.04

101

AC

0.05

195

AC

0.03

806

ACC

0.03

97

AC

0.04

85

AAG

0.04

176

AGAT

0.02

693

AT

0.03

84

ACC

0.03

64

ACC

0.02

92

AAG

0.02

685

AGAGG

0.02

66

CCCCG

0.03

59

ACGAT

0.02

91

AGC

0.02

573

ATC

0.02

57

AGAGG

0.02

52

ACG

0.02

77


> = 24

AT

0.34

5501

CCG

0.29

436

CCG

0.19

180

AG

0.23

484

AG

0.16

2504

AG

0.19

278

AG

0.18

171

CCG

0.13

275

CCG

0.10

1574

AGG

0.10

152

AGC

0.10

93

AAC

0.10

203

AAT

0.05

866

AAG

0.06

83

AGGGG

0.06

56

AGG

0.06

131

AGG

0.04

615

AGC

0.05

69

AAG

0.05

48

AC

0.06

127

AC

0.03

487

ACG

0.04

65

AGG

0.05

47

AAG

0.06

122

AGAT

0.03

486

AT

0.04

65

AC

0.04

41

AGC

0.06

118

AAG

0.03

447

ACC

0.03

48

ACC

0.04

37

ACGAT

0.04

86

AAAAG

0.02

345

ATC

0.02

26

AT

0.03

25

AT

0.03

56

ACAT

0.02

302

AC

0.01

21

ATC

0.02

21

ATC

0.02

39


> = 30

AT

0.54

4680

AG

0.35

184

AG

0.39

133

AG

0.42

368

AG

0.15

1343

CCG

0.17

90

AGGGG

0.09

29

AAC

0.15

132

AAT

0.05

420

AT

0.09

46

CCG

0.07

24

AC

0.08

68

CCG

0.04

310

AGG

0.08

40

AAG

0.07

23

AAG

0.07

59

AGAT

0.03

295

AAG

0.06

32

AGC

0.07

23

AT

0.05

42

AC

0.03

280

AGC

0.05

24

AC

0.05

16

CCG

0.05

42

AAG

0.03

236

ACG

0.03

16

AT

0.04

13

AGC

0.04

37

ACAT

0.02

198

ACC

0.02

13

AAC

0.03

10

AGG

0.03

27

AGG

0.02

176

AAC

0.02

10

ACC

0.03

9

AAT

0.01

13

AAAAG

0.01

119

AGAGG

0.02

9

CCCCG

0.02

8

ATC

0.01

12


> = 40

AT

0.69

3631

AG

0.51

104

AG

0.60

86

AG

0.57

260

AG

0.09

494

AT

0.14

29

AGC

0.07

10

AAC

0.14

62

AAT

0.07

353

AAG

0.08

17

AAG

0.06

9

AC

0.07

31

AGAT

0.04

192

AGC

0.04

8

AT

0.06

8

AAG

0.07

31

AC

0.03

157

CCG

0.03

7

AGGGG

0.05

7

AT

0.06

26

ACAT

0.03

153

ACG

0.03

6

AAC

0.03

4

AGC

0.03

14

AAG

0.02

109

AGG

0.03

6

ACC

0.01

2

ACAT

0.01

5

CCG

0.01

27

AAC

0.02

5

ACAT

0.01

2

AGG

0.01

3

AAC

0.00

24

ATC

0.02

4

ATC

0.01

2

CCG

0.01

3

AGG

0.00

19

ACAT

0.02

4

ACT

0.01

2

AAT

0.01

3


La Rota et al. BMC Genomics 2005 6:23   doi:10.1186/1471-2164-6-23

Open Data