Table 3

Experimental design of microarray hybridizations

Array Nr.

Cy3 RNA source*

Cy5 RNA source*

Array Nr.

Cy3 RNA source*

Cy5 RNA source*

Array Nr.

Cy3 RNA source*

Cy5 RNA source*


1

b

a

24

a

A2

47

B1

B2

2

b

a

25

b

B1

48

B1

B3

3

c

b

26

b

B1

49

B1

B4

4

c

b

27

b

B2

50

d

pla

5

ref2

pla

28

b

B2

51

d

pla

6

ref2

pla

29

a

A3

52

d

pla

7

ref2

pla

30

a

A3

53

d

pla

8

ref2

d

31

a

A4

54

D

PLA

9

ref2

d

32

b

B3

55

D

PLA

10

ref2

d

33

b

B3

56

D

PLA

11

B1

A1

34

b

B4

57

D

PLA

12

B1

A1

35

b

B4

58

REF1

A1

13

C4

B4

36

A1

A1

59

REF1

A2

14

C4

B4

37

A2

A2

60

REF1

A3

15

REF2

PLA

38

A3

A3

61

REF1

A4

16

REF2

PLA

39

A4

A4

62

REF1

A1

17

REF2

PLA

40

B1

B1

63

REF1

A1

18

REF2

D

41

B2

B2

64

REF1

A2

19

REF2

D

42

B3

B3

65

REF1

A2

20

REF2

D

43

B4

B4

66

REF1

A3

21

a

A1

44

A1

A2

67

REF1

A3

22

a

A1

45

A1

A3

68

REF1

A4

23

a

A2

46

A1

A4

69

REF1

A4


* lowercase letters: total RNA; capital letters: amplified RNA. A, a, B, b, C, c: RNA from human (untreated) mcf7 cell tumours induced in different SCID mice; D, d: adriamycin-treated mcf7 cell tumours grown in a SCID mouse. PLA, pla: human placenta; REF1, ref1, REF2, ref2: different pools of a, b and c.

Schneider et al. BMC Genomics 2004 5:29   doi:10.1186/1471-2164-5-29

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