Table 1

Summary of the SNP markers analyzed and average linkage disequilibrium (r2and |D'|) between synthetic adjacent markers obtained for each autosome (BTA)1
BTA Size (Mb) SNP (n) Mean distance ±SD (kb) Mean r2±SD Median r2 Mean |D'| ±SD Median |D'| Mean MAF ±SD
1 158.5 28,569 5.0±2.9 0.12±0.22 0.015 0.38±0.34 0.26 0.25±0.13
2 136.8 23,866 5.1±2.9 0.19±0.25 0.077 0.57±0.32 0.60 0.25±0.13
3 121.4 22,592 5.1±2.9 0.19±0.25 0.081 0.57±0.32 0.60 0.25±0.13
4 120.6 20,907 5.1±2.9 0.18±0.24 0.071 0.56±0.32 0.59 0.25±0.13
5 121.1 20,092 5.1±2.9 0.20±0.25 0.086 0.58±0.32 0.62 0.26±0.13
6 119.4 23,500 5.1±2.9 0.19±0.25 0086 0.57±0.32 0.62 0.27±0.13
7 112.6 20,181 5.1±2.9 0.20±0.25 0.082 0.56±0.32 0.60 0.25±0.13
8 113.3 21,667 5.2±2.8 0.20±0.25 0.097 0.59±0.32 0.64 0.26±0.13
9 105.6 20,593 5.1±2.9 0.19±0.25 0.078 0.56±0.32 0.59 0.26±0.13
10 104.2 17,213 5.0±2.9 0.18±0.25 0.064 0.57±0.32 0.55 0.25±0.13
11 107.2 18,477 5.0±2.9 0.19±0.25 0.070 0.56±0.32 0.59 0.24±0.13
12 91.1 15,556 5.1±2.9 0.18±0.24 0.070 0.55±0.32 0.57 0.24±0.13
13 84.2 14,145 5.1±2.9 0.21±0.26 0.094 0.59±0.32 0.65 0.25±0.13
14 83.9 16,909 5.2±2.8 0.18±0.24 0.079 0.56±0.32 0.59 0.26±0.13
15 85.2 14,669 5.0±2.9 0.18±0.24 0.067 0.54±0.32 0.56 0.24±0.13
16 81.7 14,715 5.0±2.9 0.18±0.24 0.072 0.56±0.32 0.59 0.25±0.13
17 75.1 14,108 5.1±2.9 0.19±0.26 0.068 0.55±0.32 0.58 0.24±0.13
18 65.9 11,461 5.0±2.9 0.15±0.22 0.051 0.52±0.31 0.52 0.24±0.13
19 63.9 9,889 5.0±2.9 0.20±0.26 0.088 0.59±0.32 0.63 0.24±0.13
20 71.9 12,734 5.0±2.9 0.18±0.24 0.067 0.54±0.32 0.55 0.25±0.13
21 71.6 12,882 5.1±2.9 0.17±0.24 0.064 0.55±0.32 0.57 0.24±0.13
22 61.3 10,442 5.0±2.9 0.16±0.23 0.061 0.54±0.32 0.55 0.25±0.13
23 52.5 9,369 5.1±2.9 0.17±0.24 0.063 0.55±0.32 0.58 0.25±0.13
24 62.3 11,300 5.1±2.9 0.17±0.23 0.063 0.54±0.32 0.56 0.25±0.13
25 42.8 7,537 5.1±2.9 0.16±0.22 0.058 0.55±0.32 0.56 0.23±0.13
26 51.6 9,503 5.0±2.9 0.17±0.23 0.062 0.54±0.31 0.56 0.24±0.13
27 45.4 7,963 5.0±2.9 0.09±0.18 0.020 0.42±0.31 0.36 0.25±0.13
28 46.2 7,858 4.9±2.9 0.02±0.07 0.003 0.25±0.25 0.16 0.25±0.13
29 51.1 8,289 4.9±2.9 0.003±0.01 0.001 0.12±0.14 0.07 0.24±0.13

SNP: single-nucleotide polymorphism; MAF: minor allele frequency; SD: Standard deviation. 1Data in the table is based on the UMD 3.1 assembly.

Espigolan et al.

Espigolan et al. BMC Genomics 2013 14:305   doi:10.1186/1471-2164-14-305

Open Data