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Transcriptome database resource and gene expression atlas for the rose

Annick Dubois1, Sebastien Carrere23, Olivier Raymond1, Benjamin Pouvreau1, Ludovic Cottret23, Aymeric Roccia14, Jean-Paul Onesto5, Soulaiman Sakr6, Rossitza Atanassova7, Sylvie Baudino4, Fabrice Foucher6, Manuel Le Bris8, Jérôme Gouzy23 and Mohammed Bendahmane1*

Author Affiliations

1 Reproduction et Développement des Plantes UMR INRA-CNRS- Université Lyon 1-ENSL, Ecole Normale Supérieure, 46 allée d'Italie, Lyon Cedex 07, 69364, France

2 INRA, Laboratoire des Interactions Plantes-Microorganismes (LIPM), UMR441, Castanet-Tolosan, F-31326, France

3 CNRS, Laboratoire des Interactions Plantes-Microorganismes (LIPM), UMR2594, Castanet-Tolosan, F-31326, France

4 Laboratoire BVpam, EA2061, Université de Saint-Etienne, Université de Lyon, rue du Dr Michelon, Saint-Etienne, F-42023, France

5 INRA, Unité de Recherches Intégrées en Horticulture, 400 route des Chappes BP 167, Sophia Antipolis Cedex, 06903, France

6 Institut de Recherche en Horticulture et Semences (INRA, Agrocacmpus-Ouest, Université d’Angers), SFR 149 QUASAV, Beaucouzé cedex, BP 60057-49071, France

7 Université de Poitiers, UMR CNRS 7267 Écologie et Biologie des Interactions, 40 Av. du Recteur Pineau, Poitiers Cedex, 86022, France

8 Institut Méditerranéen de Biodiversité et d’Ecologie marine et continentale, UMR Université d'Aix-Marseille- CNRS 7263, Université d’Aix-Marseille, IRD 237, Université d’Avignon, Avenue Escadrille Normandie-Niemen, Marseille, F-13397, France

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BMC Genomics 2012, 13:638  doi:10.1186/1471-2164-13-638

Published: 20 November 2012

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Figure S1. Reads distribution among the 80714 rose clusters.

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Figure S2. Expression analyses of selected transcripts in silico (RPKM values) and using qPCR.

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Table S1. In silico and qPCR Pearson correlation.

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Table S2. Genes used for rose in silico expression validation.

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Table S3. Primers used in qPCR validation.

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