Table 2

Functional domains and motifs of maize Hsfs

Gene name

Group

DBD

OD

NLS

NES

AHA motifs


ZmHsf-01

A2

41-134

167-217

(247) RKRRR

(296) LENLALNI

AHA (336) DDFWEELLNE

ZmHsf-02

A9

48-140

180-230

(254) NRKRR

ZmHsf-04

A2

43-136

168-218

(233) KRK7KKRRR

(344) LAQQLGYL

AHA1 (267) LKMFESGVLN

AHA2 (314) DDFWAELLVE

ZmHsf-05

A2

37-130

159-209

(224) MRK7KKRRRR

AHA (314) DDFWEDLLHE

ZmHsf-06

A1

56-149

186-236

(261) KKRR

(505) IGDLTEQM

AHA (470) DSFWEQFL

ZmHsf-10

A6

137-232

263-313

(337) KRQR

AHA (401) SDVWDELDLD

ZmHsf-12

A1

29-122

159-209

(234) KKRR

(477) LTEQM

AHA (436) NSIWEQFL

ZmHsf-14

A5

66-160

187-237

(261) HKKRR

(387) LNLSL

AHA (479) DKFWEQFLTE

ZmHsf-15

A3

73-166

193-243

(267) KRKFLK

(405) LSPLPDNMG

AHA1 (432) EQIWGVDASA

AHA2 (472) ERFWELDFQA

ZmHsf-16

A4

22-115

145-195

(215) SKKRR

AHA (408) DVFWERFLTD

ZmHsf-17

A2

49-142

172-222

(237) MRK7KKRRRR

(359) LSEKMGYL

AHA (332) DNFWEQLLNE

ZmHsf-20

A4

10-103

133-183

(203) SKKRR

AHA (387) DVFWERFLTD

ZmHsf-22

A4

7-100

130-180

(197) GKKRR

(155) MQELEDKLIF

AHA (368) DGFWQQFLTE

ZmHsf-23

A6

48-141

167-217

(239) RKRR

(257) LDIEELAM

AHA1 (291) DMIWYELLGE

AHA2 (324) AQPWAEMDE

ZmHsf-24

A9

48-141

180-230

(254) NRKRR

ZmHsf-03

B

69-162

231-260

(337) RKRMR

ZmHsf-07

B

19-113

226-255

(276) RKK

(369) LALECAGLSL

ZmHsf-08

B

15-108

175-203

(259) RKRAR

(206) VRQLDLGL

ZmHsf-11

B

34-127

199-228

(297) RKRMR

ZmHsf-18

B

17-110

172-201

(259) RKRGR

(203) VRQLDLRL

ZmHsf-19

B

42-135

217-246

(318) KRMR

ZmHsf-25

B

8-101

161-190

(232) KRLR

(279) LDVLTLSV

ZmHsf-09

C

24-117

171-207

(224) KKRRR

ZmHsf-13

C

12-104

135-171

(202) KRAR

ZmHsf-21

C

32-125

176-212

(229) KKRRR


Numbers in brackets indicate position of the putative nuclear localization signal (NLS), nuclear export signal (NES), and activator (AHA) motifs in the C-terminal domain. Putative NLS can be monopartite (e.g., ZmHsf-01, ZmHsf-09) or bipartite (e.g., ZmHsf-04, ZmHsf-05).

Lin et al. BMC Genomics 2011 12:76   doi:10.1186/1471-2164-12-76

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