Table 1

WRKY genes in cucumber

Gene

Annotation ID

GenBank accession

Predicted ORF length

Predicted gene length*

EST hits

Expressed**

Obtained CDS sequence***


CsWRKY1

Csa005379

1773

3659

-

CsWRKY2

Csa004516

1731

2527

4

+

CsWRKY3

Csa003764

1839

3302

-

CsWRKY4

Csa016371

GU984009

1521

3200

6

+

+

CsWRKY5

Csa015868

GU984010

828

1150

2

+

+

CsWRKY6

Csa017345

GU984011

858

1027

+

+

CsWRKY7

Csa001650

804

2800

1

+

CsWRKY8

Csa006570

2184

10512

1

+

CsWRKY9

Csa026380

GU984012

1047

1704

+

+

CsWRKY10#

Csa014665

CsWRKY11

Csa005866

768

1648

-

CsWRKY12

Csa005867

GU984014

540

953

1

+

+

CsWRKY13

Csa005948

399

630

+

CsWRKY14

Csa001212

GU984015

882

1364

1

+

+

CsWRKY15

Csa018420

GU984016

681

758

2

+

+

CsWRKY16##

Csa018419

1506

2683

CsWRKY17

Csa020112

GU984017

1581

6663

1

+

+

CsWRKY18

Csa000336

GU984018

1005

1202

1

+

+

CsWRKY19

Csa008740

GU984019

1239

2839

1

+

+

CsWRKY20

Csa019944

849

1123

+

CsWRKY21

Csa004863

GU984020

948

1321

2

+

+

CsWRKY22

Csa004896

GU984021

843

962

2

+

+

CsWRKY23

Csa004828

GU984022

1431

2653

1

+

+

CsWRKY24

Csa004742

GU984023

1473

2219

1

+

+

CsWRKY25

Csa002274

GU984024

939

1614

1

+

+

CsWRKY26

Csa002896

GU984025

645

1198

+

+

CsWRKY27

Csa002813

873

1123

+

CsWRKY28

Csa016219

315

1475

+

CsWRKY29

Csa016218

810

1328

-

CsWRKY30

Csa010443

840

2017

-

CsWRKY31

Csa020355

1068

1737

+

CsWRKY32

Csa014848

GU984026

975

2909

1

+

+

CsWRKY33

Csa009473

GU984027

1152

1559

1

+

+

CsWRKY34

Csa016087

GU984028

822

2410

+

+

CsWRKY35

Csa016061

954

5996

+

CsWRKY36

Csa015442

918

1432

+

CsWRKY37

Csa009672

GU984029

1521

4068

2

+

+

CsWRKY38

Csa019857

GU984030

732

3117

+

+

CsWRKY39

Csa019858

453

592

+

CsWRKY40

Csa019119

522

522

+

CsWRKY41

Csa013101

510

3539

+

CsWRKY42

Csa013154

618

2623

+

CsWRKY43

Csa010294

GU984031

546

2318

1

+

+

CsWRKY44

Csa010089

432

2005

+

CsWRKY45

Csa010221

885

1063

-

CsWRKY46

Csa000701

GU984032

786

1754

3

+

+

CsWRKY47

Csa003388

GU984033

897

2148

1

+

+

CsWRKY48

Csa013553

1449

2980

-

CsWRKY49

Csa013650

GU984034

1302

1983

1

+

+

CsWRKY50

Csa007193

GU984035

876

1554

1

+

+

CsWRKY51

Csa016725

GU984036

1056

1726

1

+

+

CsWRKY52

Csa001863

GU984037

729

2911

+

+

CsWRKY53

Csa018657

GU984038

741

2095

1

+

+

CsWRKY54

Csa018622

GU984039

240

1886

+

+

CsWRKY55

Csa018069

GU984040

807

2807

1

+

+

CsWRKY56

Csa018094

GU984041

498

2565

+

+

CsWRKY57

Csa022995

972

1454

+


Note:

* Include intron length;

** Expression of WRKY genes was detected in a variety of cucumber tissues by RT-PCR. +: expressed WRKY genes, -: no signal was detected;

*** The CDS of WRKY genes obtained by RT-PCR; +: obtained.

# Annotated CsWRKY9 and CsWRKY10 were actually one gene.

## CsWRKY15 and CsWRKY16 were two domains of one WRKY gene.

Ling et al. BMC Genomics 2011 12:471   doi:10.1186/1471-2164-12-471

Open Data