Table 1

Pairwise linkage disequilibrium (r2) for syntetic SNPs at various distanced pooled over all autosomes

Distance

N

Mean

SD

Median

95% CI of the Mean

% (r2 > 0.3)*

% (r2 > 0.15)#


0-40 kb

16,237

0.24

0.26

0.24

0.24

0.25

30

47

40-60 kb

12,683

0.20

0.23

0.19

0.19

0.20

23

40

60-100 kb

25,527

0.16

0.20

0.16

0.15

0.16

17

33

100-200 kb

62,422

0.11

0.15

0.11

0.11

0.12

10

24

200-500 kb

183,089

0.08

0.11

0.08

0.08

0.08

5

17

0.5-1 Mb

299,167

0.07

0.09

0.07

0.07

0.07

3

13

1-2 Mb

583,426

0.06

0.08

0.06

0.06

0.06

2

10

2-5 Mb

1,671,022

0.04

0.06

0.04

0.04

0.04

1

5

5-10 Mb

2,584,922

0.03

0.04

0.03

0.03

0.03

0

2

10-20 Mb

4,615,064

0.02

0.02

0.02

0.02

0.02

0

0

20-50 Mb

9,971,401

0.01

0.01

0.01

0.01

0.01

0

0

50-100 Mb

6,658,292

0.00

0.01

0.24

0.24

0.25

0

0

>100 Mb

988,416

0.00

0.00

0.19

0.19

0.20

0

0


*Percentage of pairs of SNPs with r2> 0.3, #Percentage of pairs of SNPs with r2> 0.15

Bohmanova et al. BMC Genomics 2010 11:421   doi:10.1186/1471-2164-11-421

Open Data