Table 2

Evaluation results for nirS data set

Efficient Discriminability

Discriminability

Efficiency

Weight

Cont

Spaced

Trans

Cont

Spaced

Trans

Cont

Spaced

Trans


7

0.0493

0.05717

0.05845

0.2952

0.3239

0.3327

0.02892

0.03411

0.03505

8

0.07998

0.08818

0.08992

0.4637

0.4877

0.499

0.05206

0.05835

0.05991

9

0.1073

0.1186

0.1191

0.6056

0.6374

0.6399

0.07727

0.08782

0.08781

10

0.1263

0.1425

0.1415

0.6991

0.7474

0.7443

0.09885

0.1155

0.1147

11

0.1406

0.1506

0.1528

0.7632

0.7766

0.7884

0.1175

0.1275

0.1315

12

0.1425

0.1558

0.1538

0.7793

0.8008

0.7941

0.1329

0.1379

0.1364

13

0.1438

0.1657

0.1657

0.7866

0.8397

0.8396

0.1449

0.1607

0.1597

14

0.1429

0.1697

0.1629

0.7833

0.8517

0.8278

0.1549

0.1712

0.1691

15

0.1401

0.1627

0.1659

0.7702

0.8193

0.8306

0.163

0.1807

0.182

16

0.138

0.1608

0.1637

0.7581

0.8132

0.8231

0.1687

0.185

0.186

17

0.138

0.1631

0.1647

0.7533

0.8148

0.8216

0.1734

0.1902

0.1913

18

0.1315

0.1622

0.1643

0.7224

0.806

0.8131

0.1754

0.193

0.1932

19

0.1299

0.1634

0.1639

0.711

0.7965

0.7985

0.178

0.1991

0.1987

20

0.1293

0.1513

0.1513

0.7037

0.7414

0.7419

0.1808

0.2003

0.2006

21

0.129

0.1536

0.1578

0.6972

0.7428

0.7569

0.1833

0.2041

0.2048

22

0.1284

0.1487

0.1491

0.6894

0.7169

0.719

0.185

0.2054

0.2057

23

0.1295

0.1504

0.151

0.6883

0.7014

0.7033

0.1873

0.2133

0.2136

24

0.1274

0.1538

0.1591

0.6747

0.6959

0.7036

0.1883

0.2193

0.2253

25

0.128

0.1496

0.1533

0.6714

0.6716

0.6727

0.1902

0.2224

0.2268


Cont indicates the continuous seed type, Spaced indicates the spaced seed type, and Trans indicates the transition-constrained seed type.

Chung and Park BMC Genomics 2009 10(Suppl 3):S3   doi:10.1186/1471-2164-10-S3-S3

Open Data