Table 1

Evaluation results for pmoA data set

Efficient Discriminability

Discriminability

Efficiency

Weight

Cont

Spaced

Trans

Cont

Spaced

Trans

Cont

Spaced

Trans


7

0.09071

0.1027

0.1025

0.5341

0.5826

0.5848

0.06188

0.07246

0.07246

8

0.1067

0.1184

0.1167

0.6011

0.6443

0.6382

0.07627

0.08734

0.08568

9

0.122

0.1318

0.1295

0.659

0.6806

0.6728

0.09095

0.0999

0.09755

10

0.1335

0.1437

0.1439

0.6949

0.7161

0.7189

0.1023

0.112

0.1124

11

0.1447

0.1517

0.1532

0.7245

0.7317

0.7378

0.1135

0.1196

0.1214

12

0.1538

0.1611

0.1561

0.7447

0.756

0.738

0.1245

0.1295

0.1244

13

0.1638

0.1788

0.1752

0.7657

0.7997

0.7893

0.135

0.1503

0.146

14

0.174

0.1845

0.1875

0.7839

0.8129

0.8186

0.146

0.1591

0.1606

15

0.1597

0.2016

0.2016

0.7323

0.8374

0.8343

0.1496

0.1797

0.1791

16

0.1633

0.2043

0.2045

0.7356

0.8383

0.8392

0.1584

0.1887

0.1879

17

0.1679

0.2187

0.2161

0.7412

0.8697

0.8605

0.1676

0.2046

0.1998

18

0.1561

0.2259

0.229

0.6971

0.878

0.8857

0.1713

0.2144

0.2125

19

0.1562

0.2323

0.2269

0.6895

0.8697

0.8546

0.1794

0.2285

0.221

20

0.1622

0.2134

0.2148

0.6977

0.796

0.8044

0.1892

0.2349

0.2308

21

0.1575

0.2249

0.2223

0.6741

0.8119

0.8099

0.1955

0.2494

0.2444

22

0.1411

0.2085

0.208

0.6153

0.7535

0.7527

0.1976

0.2514

0.2486

23

0.1414

0.1998

0.2004

0.6087

0.7056

0.7085

0.2071

0.259

0.2616

24

0.1421

0.2209

0.2168

0.6028

0.7285

0.7119

0.2163

0.2855

0.2936

25

0.1318

0.2313

0.2216

0.5627

0.7386

0.7069

0.2188

0.3029

0.2995


Cont indicates the continuous seed type, Spaced indicates the spaced seed type, and Trans indicates the transition-constrained seed type.

Chung and Park BMC Genomics 2009 10(Suppl 3):S3   doi:10.1186/1471-2164-10-S3-S3

Open Data