Table 2

Codon usage in protein-coding genes of T. rubrum, T. mentagrophytes, T. ajelloi, M. canis and M. nanum

Codon

AA

M. canis

M. nanum

T. ajelloi

T. mentagrophytes

T. rubrum


AAA

Lys (K)

173

158

168

170

209


AAG

Lys (K)

2

9

9

3

8


Total K

175

167

177

173

217


AAC

Asn (N)

12

20

15

10

17


AAU

Asn (N)

256

259

246

262

307


Total N

268

279

261

272

324


ACA

Thr (T)

139

129

126

136

146


ACC

Thr (T)

0

0

1

0

0


ACG

Thr (T)

0

0

0

0

0


ACU

Thr (T)

92

100

102

97

101


Total T

231

229

229

233

247


AGC

Ser (S)

7

6

2

5

6


AGU

Ser (S)

144

149

154

152

165


Total S

151

155

156

157

171


AUA

Ile (I)

357

353

336

379

394


AUC

Ile (I)

12

18

11

8

19


AUU

Ile (I)

207

209

247

203

231


Total I

576

580

594

590

644


AUG

Met (M)

114

117

108

116

124


Total M

114

117

108

116

124


CAA

Gln (Q)

95

94

91

100

105


CAG

Gln (Q)

4

4

4

1

3


Total Q

99

98

95

101

108


CAC

His (H)

12

9

5

8

8


CAU

His (H)

70

70

77

70

78


Total H

82

79

82

78

86


CCA

Pro (P)

46

53

38

55

60


CCC

Pro (P)

2

0

1

0

1


CCG

Pro (P)

2

3

0

0

0


CCU

Pro (P)

98

91

106

91

94


Total P

148

147

145

146

155


CGA

Arg (R)

0

1

3

0

1


CGC

Arg (R)

0

0

0

0

0


CGG

Arg (R)

0

0

0

0

0


AGA

Arg (R)

82

83

86

82

91


AGG

Arg (R)

0

0

0

0

1


CGU

Arg (R)

12

9

9

9

10


Total R

94

93

98

91

103


CUA

Leu (L)

19

13

16

13

14


CUC

Leu (L)

1

0

0

0

0


CUG

Leu (L)

1

0

1

1

1


UUA

Leu (L)

655

666

658

673

705


UUG

Leu (L)

10

13

12

7

9


CUU

Leu (L)

43

41

53

34

42


Total L

729

733

740

728

771


GAA

Glu (E)

97

104

105

104

125


GAG

Glu (E)

7

7

4

6

8


Total E

104

111

109

110

133


GAC

Asp (D)

5

2

5

4

5


GAU

Asp (D)

112

111

108

113

141


Total D

117

113

113

117

146


GCA

Ala (A)

62

63

63

64

64


GCC

Ala (A)

6

2

2

2

3


GCG

Ala (A)

2

5

0

2

1


GCU

Ala (A)

152

155

156

153

161


Total A

222

225

221

221

229


GGA

Gly (G)

44

39

36

45

54


GGC

Gly (G)

0

0

1

1

1


GGG

Gly (G)

1

2

1

1

2


GGU

Gly (G)

251

252

253

250

256


Total G

296

293

291

297

313


GUA

Val (V)

125

124

113

125

140


GUC

Val (V)

1

1

2

1

1


GUG

Val (V)

8

12

6

3

2


GUU

Val (V)

130

122

133

122

124


Total V

264

259

254

251

267


UAA

Ter (.)

13

13

12

13

14


UAG

Ter (.)

1

1

2

1

2


Total.

14

14

14

14

16


UAC

Tyr (Y)

13

25

14

18

22


UAU

Tyr (Y)

227

217

229

224

248


Total Y

240

242

243

242

270


UCA

Ser (S)

148

142

133

148

149


UCC

Ser (S)

2

2

2

1

2


UCG

Ser (S)

0

1

1

1

3


UCU

Ser (S)

127

136

140

133

138


Total S

277

281

276

283

292


UGA

Trp (W)

61

62

60

61

63


UGG

Trp (W)

1

0

2

1

1


Total W

62

62

62

62

64


UGC

Cys (C)

1

0

0

0

0


UGU

Cys (C)

31

32

35

30

37


Total C

32

32

35

30

37


UUU

Phe (F)

339

323

358

346

377


UUC

Phe (F)

65

71

42

54

65


Total F

404

394

400

400

442


Wu et al. BMC Genomics 2009 10:238   doi:10.1186/1471-2164-10-238

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