Table 2

Haplotype frequencies in six selected blocks inferred for the GSTA cluster*
Number of haploblock Haplotype Tver Murom Kursk CEU CHB JPT YRI
I ТС 0.604 0.630 0.590 0.594 0.905 0.872 0.701
CT 0.396 0.370 0.410 0.406 0.095 0.128 0.299
II AAA 0.682 0.686 0,670 0.652 0.500 0.523 0.311
GGG 0.245 0.234 0,217 0.279 0.042 0.105 0.021
GAA 0.073 0.079 0,107 0.107 0.458 0.372 0.641
GAG 0 0 0 0 0 0 0.027
III TT 0.469 0.479 0.479 0.551 0.214 0.163 0.810
TC 0.396 0.375 0.432 0.288 0.560 0.547 0.073
GT 0.135 0.146 0.089 0.161 0.226 0.291 0.112
IV CC 0.505 0.529 0.494 0.534 0.755 0.767 0.361
TC 0.323 0.299 0.374 0.367 0.097 0.146 0.391
TT 0.172 0.164 0.120 0.094 0.136 0.081 0.238
СТ 0 0 0,011 0 0.013 0 0
V AG 0.557 0.562 0.547 0.556 - - 0.518
AA 0.380 0.306 0.351 0.340 - - 0.422
GA 0.063 0.131 0.101 0.104 - - 0.060
VI GA 0.849 0.869 0.831 0.855 - - -
AG 0.078 0.046 0.089 0.055 - - -
GG 0.073 0.079 0.074 0.091 - - -

*Because some haploblocks are absent in some populations (CHB, JPT, and YRI), the corresponding lines in the columns are marked by dashes.

Filippova et al.

Filippova et al. BMC Genetics 2012 13:89   doi:10.1186/1471-2156-13-89

Open Data