Table 1

A summary of statistics for the SNPs that passed quality control (QC)
Chromosome NumSNP Average Distance between SNPs (kb) Average MAF Average Heterozygosity Rate cM/Mb Average D’ Average r2 Average r2 (<100Kb)
1 4,987 55.38 0.287 0.352 1.55 0.127 0.006 0.151
2 4,676 53.45 0.284 0.345 1.5 0.138 0.008 0.171
3 4,164 53.78 0.288 0.351 1.64 0.132 0.008 0.164
4 2,246 52.76 0.287 0.352 1.75 0.151 0.010 0.163
5 1,978 54.26 0.290 0.349 1.71 0.161 0.012 0.157
6 2,190 53.22 0.291 0.354 2.04 0.166 0.013 0.166
7 1,887 52.84 0.293 0.354 1.72 0.144 0.009 0.139
8 1,717 52.91 0.282 0.346 1.62 0.151 0.011 0.170
9 1,836 51.47 0.283 0.346 1.71 0.148 0.009 0.150
10 1,523 54.86 0.294 0.356 1.61 0.155 0.012 0.180
11 963 64.12 0.292 0.355 2.12 0.154 0.012 0.151
12 1,456 54.36 0.296 0.358 1.64 0.148 0.011 0.145
13 1,402 59.14 0.283 0.347 1.85 0.150 0.009 0.155
14 959 64.89 0.277 0.344 2.15 0.162 0.010 0.142
15 1,374 58.59 0.291 0.356 1.54 0.139 0.010 0.163
16 1,312 54.33 0.282 0.346 1.86 0.158 0.011 0.144
17 1,178 61.54 0.291 0.354 1.88 0.158 0.011 0.160
18 1,192 56.35 0.292 0.358 1.83 0.152 0.010 0.146
19 1,032 58.76 0.279 0.344 2.05 0.158 0.009 0.147
20 910 55.46 0.301 0.361 2.37 0.170 0.015 0.145
21 724 66.68 0.277 0.339 1.94 0.164 0.010 0.138
22 942 53.60 0.284 0.353 2.06 0.158 0.010 0.126
23 934 66.93 0.296 0.358 1.82 0.167 0.013 0.149
24 598 69.71 0.303 0.366 2.22 0.152 0.013 0.153
25 846 52.05 0.295 0.355 2.02 0.173 0.014 0.134
26 758 57.91 0.281 0.347 2.05 0.169 0.014 0.148

García-Gámez et al.

García-Gámez et al. BMC Genetics 2012 13:43   doi:10.1186/1471-2156-13-43

Open Data