Table 2 |
||||||||||||||||||
|
Haplotypes of the male-specific region of the Y-chromosome of Rupicapra (generated through the combination of the sequence of the SRY promoter and microsatellites UMN2303 and SRYM18), and frequencies across subspecies |
||||||||||||||||||
|
Haplotype description |
Frequency |
|||||||||||||||||
|
|
|
|||||||||||||||||
|
SRY promoter |
UMN2303 |
SRYM18 |
R. pyrenaica |
R. rupicapra |
||||||||||||||
|
|
|
|
||||||||||||||||
|
Haplotype |
A/G |
Size |
Size |
[TTC]m |
SNP A/T |
[T]n |
par |
pyr |
orn |
cat |
rupW |
rupC |
rupE |
tat |
cap |
bal |
asi |
cau |
|
|
||||||||||||||||||
|
Y-Rpyr1 |
A |
130 |
102 |
2 |
A |
9 |
17 (3) |
9 (4) |
||||||||||
|
Y-Rpyr2 |
A |
125 |
102 |
2 |
A |
9 |
1 (1) |
7 (3) |
||||||||||
|
Y-Rpyr3 |
A |
125 |
105 |
2 |
A |
12 |
6 (1) |
|||||||||||
|
Y-RrupA1 |
G |
125 |
109 |
3 |
T |
13 |
1 (1) |
6 (1) |
1 |
1 (1) |
||||||||
|
Y-RrupA2 |
G |
125 |
110 |
3 |
T |
14 |
1 (1) |
2 (1) |
2 (1) |
5 (4) |
6 (4) |
3 (2) |
||||||
|
Y-RrupA3 |
G |
125 |
111 |
3 |
T |
15 |
5 (1) |
4 (1) |
||||||||||
|
Y-RrupA4 |
G |
125 |
112 |
3 |
T |
16 |
4 (1) |
1 (1) |
||||||||||
|
Y-RrupB1 |
G |
125 |
111 |
4 |
T |
12 |
3 (3) |
|||||||||||
|
Y-RrupB2 |
G |
125 |
113 |
4 |
T |
14 |
1 (1) |
|||||||||||
|
Y-RrupC |
G |
125 |
112 |
5 |
T |
10 |
1 (1) |
|||||||||||
|
|
||||||||||||||||||
|
The abbreviated name of the subspecies are: par, parva; pyr, pyrenaica; orn, ornata; cat, cartusiana; rupW, rupicapraW; rupC, rupicapraC; rupE, rupicapraE; tat, tatrica; cap, carpatica; bal, balcanica; asi, asiatica; and cau, caucasica. Number of samples sequenced for SRYM18 are given in parenthesis. |
||||||||||||||||||
|
Pérez et al. BMC Evolutionary Biology 2011 11:272 doi:10.1186/1471-2148-11-272 |
||||||||||||||||||
