Table 1

Haplotypes (for HVRI, HVRII and the four coding segments typed in possible H samples) and haplogroup classification in El Jadida.

Sample

HVRI

HVRII

Haplogroup

Other polymorphisms


J1

0

263 309.1 315.1

H*


J2

129 184

146 263 309.2 315.1

H*


J3

304

263 309.1 315.1

H*


J4

0

263 315.1

H1

3010


J5

0

263 309.1 315.1

H1

3010


J6

0

263 309.2 315.1

H1

3010


J7

0

263 309.1 315.1

H1

3010


J8

0

263 309.2 315.1

H1

3010


J9

209

114 146 263 309.1 315.1

H1

3010


J10

212

263 309.1 315.1

H1

3010


J11

218

263 309.2 315.1

H1

3010


J12

318A/C

114 263 309.2 315.1

H1

3010


J13

355

263 315.1

H1

3010


J14

0

263 309.1 315.1

H7

4793


J15

67

263 309.1 315.1

HV1


J16

93 298 311

72 263 315.1

V


J17

153 193 298

72 195 263 309.1 315.1

V


J18

153 298

72 195 263 315.1

V


J19

193

72 93 263 309.1 315.1

V


J20

298

72 195 263 309.1 315.1

V


J21

298

72 263 309.1 315.1

V


J22

298

72 263 309.1 315.1

V


J23

298

72 195 263 309.2 315.1

V


J24

126 291 362

58 64 152 263 315.1

R0a

7028


J25

126 291 362

58 64 152 263 315.1

R0a

7028


J26

126 362

58 64 263 315.1

R0a


J27

93 224 311

73 263 309.1 315.1

K


J28

224 287 311

73 146 263 309.1 315.1

K


J29

224 287 311

73 146 263 309.1 315.1

K


J30

224 287 311

73 146 263 309.1 315.1

K


J31

224 287 311

73 146 263 309.1 315.1

K


J32

224 287 311

73 146 263 309.1 315.1

K


J33

224 311

73 263 280G/C 315.1

K


J34

224 311

73 263 280C/G 315.1

K


J35

69 126

73 185 228 263 295 315.1

J


J36

69 126

73 185 225 228 263 295 315.1

J


J37

69 126 193 300 309

73 263 309.1 315.1

J


J38

69 126 193 265A/T

73 146 150 152 263 295 315.1

J2


J39

69 126 193 278 291

73 150 152 263 295 309.1 315.1

J2


J40

69 126 193 195 278

73 150 152 196insT 263 295 309.1 315.1

J2


J41

126 220 292 294

73 146 152 195 263 279 315.1

T


J42

126 163 186 189 193del 294

73 263 309.1 315.1

T1


J43

173 183A/C 189 223 278

73 146 153 195 225 226 263 309.1 315.1

X


J44

145 176C/G 223 311 390

73 152 204 263 315.1

N1b


J45

0

73 195 263 315.1

U

7028


J46

0

73 195 263 315.1

U

7028


J47

311

263 309.1 315.1

U

7028


J48

287 356

73 195 263 309.1 315.1

U4


J49

189 270

73 146 195 263 315.1

U5b


J50

172 189 219 261 278

73 263 309.1 315.1

U6a


J51

172 219 278 300

73 242 263 309.1 315.1

U6a


J52

129 183A/C 189 223 235 249 311

73 152 195 263 315.3

M1


J53

183A/C 189 249 265A/C 280 311

73 146 195 263 315.1

M1


J54

183A/C 189 249 265A/C 280 311

73 146 195 263 315.1

M1


J55

129 189 223 249 311 359

263 309.1 309.2 315.1

M1a


J56

129 189 223 249 311 359

73 195 198 263 315.1

M1a


J57

126 187 189 215A/T 223 264 270 278 293 311

73 152 182 185G/C 195 247 263 309.1 315.1 357

L1b1


J58

126 187 189 223 264 270 278 293 311

73 152 182 185G/T 189 195 207 247 263 309.1 315.1 357

L1b1


J59

126 187 189 223 264 270 278 293 311

73 152 182 185G/C 195 247 263 315.1 357

L1b1


J60

126 187 189 223 264 270 278 293 311 355

73 152 182 185G/T 195 247 263 315.1 357

L1b1


J61

126 187 189 223 264 270 278 293 311 355

73 152 182 185G/T 195 247 263 315.1 357

L1b1


J62

17 148 163 187 189 223 278 293 294 311 360

73 89 93 151 182 186C/A 189A/C 247 263 315.1 316

L1c4


J63

86 223 278 294 309 390

73 143 146 152 195 198 263 315.1

L2a1


J64

167 192 223 278 294 309 390

73 143 146 152 195 263 309.1 315.1

L2a1


J65

145 213 223 278 294 390

73 146 152 195 263 315.1

L2a1


J66

189 192 223 278 294 309 357 390

73 143 146 152 195 263 315.1

L2a1


J67

189 192 223 278 294 309

73 143 146 152 195 263 315.1

L2a1


J68

51 172 223 266 278 362

73 263 315.1

L2c1


J69

129 183A/C 189 278 300 354 357 390

73 146 150 195 263 309.2 315.1

L2d1


J70

209 223

73 152 235 263 309.1 315.1

L3f1a


J71

124 223 278 362

73 263 309.1 315.1

L3b1


J72

124 223 336

73 152 242 263 315.1

L3d


J73

124 223 256

73 152 189 195 263 315.1

L3d1'2'3'


J74

124 192 223 256

73 152 189 195 263 309.1 315.1

L3d1'2'3'


J75

223 320 399

73 152 195 198 263 315.1

L3e2a


J76

223 311 320

73 150 195 198 263 315.1

L3e2a


J77

172 183A/C 187 189 223 320

73 150 195 236 263 309.1 315.1 316

L3e2b


J78

172 209 223 292 311

73 189 200 263 315.1

L3f1b


J79

188 223 292 295 311

73 189 200 263 309.1 315.1

L3f1


J80

209 223 292 311 390

73 189 200 263 315.1

L3f1b


J81

129 223 256C/A 278 311 362

73 151 152 189A/C 195 263 294 309.1 315.1

L3h1b


Variant positions from the rCRS are shown between 16017 and 16399 in HVRI (minus 16000), 72 and 357 for HVRII and the four coding region fragments (3001-3360, 3661-4050, 4281-4820, and 6761-7050). Substitutions are transitions unless the base change or a deletion is explicitly indicated. Insertions of one and two cytosines are shown by appending '1' and '2', respectively.

Harich et al. BMC Evolutionary Biology 2010 10:138   doi:10.1186/1471-2148-10-138

Open Data