|
Content of the three NUCOCOG databases |
|||
| NUCOCOG |
arNUCOCOG |
NUCOCOG_2 |
|
|
|
|||
| domain sequences |
144,320 |
81,616 |
204,890 |
| Nucleotides |
142,675,176 |
72,324,636 |
195,633,198 |
| stop codons |
94 |
62 |
115 |
| a. a. a.: B |
41 |
- |
41 |
| a. a. a.: U |
24 |
27 |
42 |
| a. a. a.: X |
1,243 |
89 |
1,288 |
| a. a. a.: Z |
12 |
- |
12 |
| a. n.: b |
9 |
- |
9 |
| a. n.: d |
9 |
- |
9 |
| a. n.: h |
4 |
- |
4 |
| a. n.: k |
189 |
- |
189 |
| a. n.: m |
163 |
3 |
164 |
| a. n.: n |
195 |
110 |
301 |
| a. n.: r |
328 |
1 |
328 |
| a. n.: s |
258 |
- |
258 |
| a. n.: v |
7 |
- |
7 |
| a. n.: w |
113 |
- |
113 |
| a. n.: y |
660 |
3 |
660 |
|
The abbreviations used are a. a. a. for ambiguous amino acids and a. n. for ambiguous nucleotides. | |||
Meereis and Kaufmann BMC Bioinformatics 2008 9:479 doi:10.1186/1471-2105-9-479 |
|||