Table 4

Transformed ODEs for scaffold with on controlling domain. Transformed model equations for a scaffold protein with one controlling domain. The levels of occupancy (z1 to z3) are only influenced by the states z4 and z5 but not by z6 and z7.

ż0 = 0     (54a)

ż1 = k1 (z0 - z1) E1 - k-1z1     (54b)

ż2 = k2 (z0 - z1 - z2 + z4) E2 - k-2 (z2 - z4) + k3 (z1 - z4) E2 - k-3z4     (54c)

ż3 = k4 (z0 - z1 - z3 + z5) E3 - k-4 (z3 - z5) + k5 (z1 - z5) E3 - k-5z5     (54d)

ż4 = k1E1 (z2 - z4) - k-1z4 + k3E2 (z1 - z4) - k-3z4     (54e)

ż5 = k1E1 (z3 - z5) - k-1z5 + k5E3 (z1 - z5) - k-5z5     (54f)

ż6 = k2 (z3 - z5 - z6 + z7) E2 - k-2 (z6 - z7) + k4 (z2 - z4 - z6 + z7) E3 - k-4 (z6 - z7) + k3 (z5 - z7) E2 + k5 (z4 - z7) E3 - (k-3 + k-5) z7     (54g)

ż7 = k1 (z6 - z7) E1 - k-1z7 + k3 (z5 - z7) E3 - k-3z7 + k5 (z4 - z7) - k-5z7     (54h)


Conzelmann et al. BMC Bioinformatics 2006 7:34   doi:10.1186/1471-2105-7-34

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